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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7skd | ||||||
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タイトル | Myocilin OLF mutant S331L | ||||||
![]() | Myocilin, C-terminal fragment | ||||||
![]() | CELL ADHESION / olfactomedin / beta-propeller | ||||||
機能・相同性 | ![]() skeletal muscle hypertrophy / clustering of voltage-gated sodium channels / myosin light chain binding / non-canonical Wnt signaling pathway / myelination in peripheral nervous system / node of Ranvier / frizzled binding / negative regulation of stress fiber assembly / negative regulation of Rho protein signal transduction / negative regulation of cell-matrix adhesion ...skeletal muscle hypertrophy / clustering of voltage-gated sodium channels / myosin light chain binding / non-canonical Wnt signaling pathway / myelination in peripheral nervous system / node of Ranvier / frizzled binding / negative regulation of stress fiber assembly / negative regulation of Rho protein signal transduction / negative regulation of cell-matrix adhesion / positive regulation of mitochondrial depolarization / ERBB2-ERBB3 signaling pathway / positive regulation of focal adhesion assembly / regulation of MAPK cascade / fibronectin binding / positive regulation of substrate adhesion-dependent cell spreading / rough endoplasmic reticulum / positive regulation of stress fiber assembly / positive regulation of JNK cascade / bone development / mitochondrial intermembrane space / receptor tyrosine kinase binding / cilium / osteoblast differentiation / neuron projection development / cytoplasmic vesicle / collagen-containing extracellular matrix / mitochondrial outer membrane / mitochondrial inner membrane / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / positive regulation of cell migration / Golgi apparatus / endoplasmic reticulum / signal transduction / extracellular space / extracellular exosome / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Scelsi, H.S. / Barlow, B.M. / Lieberman, R.L. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Quantitative differentiation of benign and misfolded glaucoma-causing myocilin variants on the basis of protein thermal stability. 著者: Scelsi, H.F. / Hill, K.R. / Barlow, B.M. / Martin, M.D. / Lieberman, R.L. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 84.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 49 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 428.5 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 429.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 12.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 16.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 7sibC ![]() 7sijC ![]() 7sjtC ![]() 7sjuC ![]() 7sjvC ![]() 7sjwC ![]() 7skeC ![]() 7skfC ![]() 7skgC ![]() 7t8dC ![]() 6pkeS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 31223.062 Da / 分子数: 1 / 断片: Olfactomedin Domain / 変異: S331L / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() |
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#2: 化合物 | ChemComp-CA / |
#3: 化合物 | ChemComp-NA / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.99 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.28 % |
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結晶化 | 温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.2 / 詳細: 10% PEG 8000, 0.05M magnesium chloride |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年4月20日 |
放射 | モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.712→35.13 Å / Num. obs: 21742 / % possible obs: 80.84 % / 冗長度: 6.1 % / Biso Wilson estimate: 18.33 Å2 / CC1/2: 0.992 / CC star: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.09655 / Rpim(I) all: 0.04307 / Rrim(I) all: 0.1062 / Net I/σ(I): 10.58 |
反射 シェル | 解像度: 1.712→1.773 Å / 冗長度: 4.3 % / Rmerge(I) obs: 0.314 / Mean I/σ(I) obs: 2.24 / Num. unique obs: 1000 / CC1/2: 0.934 / CC star: 0.983 / Rpim(I) all: 0.1665 / Rrim(I) all: 0.3573 / % possible all: 37.78 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 6pke 解像度: 1.712→35.13 Å / SU ML: 0.2531 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 36.6324 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 24.48 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.712→35.13 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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