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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7ska | ||||||||||||
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タイトル | Sub-tomogram averaged structure of HIV-1 Envelope protein in native membrane | ||||||||||||
![]() | (Envelope glycoprotein ...) x 2 | ||||||||||||
![]() | VIRAL PROTEIN / HIV-1 / envelope protein / glycoprotein / Env / membrane bound | ||||||||||||
機能・相同性 | ![]() virus-mediated perturbation of host defense response => GO:0019049 / : / stimulatory C-type lectin receptor signaling pathway / positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / positive regulation of establishment of T cell polarity / host cell endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / membrane => GO:0016020 / viral protein processing ...virus-mediated perturbation of host defense response => GO:0019049 / : / stimulatory C-type lectin receptor signaling pathway / positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / positive regulation of establishment of T cell polarity / host cell endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / membrane => GO:0016020 / viral protein processing / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / structural molecule activity / virion membrane / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 9.1 Å | ||||||||||||
![]() | Mangala Prasad, V. / Lee, K.K. | ||||||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Cryo-ET of Env on intact HIV virions reveals structural variation and positioning on the Gag lattice. 著者: Vidya Mangala Prasad / Daniel P Leaman / Klaus N Lovendahl / Jacob T Croft / Mark A Benhaim / Edgar A Hodge / Michael B Zwick / Kelly K Lee / ![]() 要旨: HIV-1 Env mediates viral entry into host cells and is the sole target for neutralizing antibodies. However, Env structure and organization in its native virion context has eluded detailed ...HIV-1 Env mediates viral entry into host cells and is the sole target for neutralizing antibodies. However, Env structure and organization in its native virion context has eluded detailed characterization. Here, we used cryo-electron tomography to analyze Env in mature and immature HIV-1 particles. Immature particles showed distinct Env positioning relative to the underlying Gag lattice, providing insights into long-standing questions about Env incorporation. A 9.1-Å sub-tomogram-averaged reconstruction of virion-bound Env in conjunction with structural mass spectrometry revealed unexpected features, including a variable central core of the gp41 subunit, heterogeneous glycosylation between protomers, and a flexible stalk that allows Env tilting and variable exposure of neutralizing epitopes. Together, our results provide an integrative understanding of HIV assembly and structural variation in Env antigen presentation. | ||||||||||||
履歴 |
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ムービー |
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構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 365.9 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 325.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
-Envelope glycoprotein ... , 2種, 6分子 ANYBOZ
#1: タンパク質 | 分子量: 52170.992 Da / 分子数: 3 / 断片: UNP residues 33-497 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: env / 発現宿主: ![]() #2: タンパク質 | 分子量: 16420.559 Da / 分子数: 3 / 断片: UNP residues 519-662 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: env / 発現宿主: ![]() |
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-糖 , 11種, 69分子 ![](data/chem/img/NAG.gif)
![](data/chem/img/FUC.gif)
![](data/chem/img/FUC.gif)
#3: 多糖 | alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2- ...alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose #4: 多糖 | タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1072.964 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 #5: 多糖 | 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose #6: 多糖 | alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose #7: 多糖 | beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose #8: 多糖 | タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1098.016 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 #9: 多糖 | タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1479.349 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 #10: 多糖 | #11: 多糖 | #12: 糖 | ChemComp-NAG / #13: 糖 | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: サブトモグラム平均法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: Human immunodeficiency virus 1 / タイプ: VIRUS / 詳細: Env glycoprotein displayed on surface of HIV-1 / Entity ID: #1-#2 / 由来: RECOMBINANT |
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分子量 | 値: 0.43 MDa / 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
由来(組換発現) | 生物種: ![]() |
ウイルスについての詳細 | 中空か: NO / エンベロープを持つか: YES / 単離: STRAIN / タイプ: VIRUS-LIKE PARTICLE |
緩衝液 | pH: 7.4 |
緩衝液成分 | 濃度: 1 X / 名称: Phosphate buffer saline |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 400 divisions/in. / グリッドのタイプ: C-flat-1.2/1.3 |
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 58000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 5000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 2500 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 50 µm / アライメント法: COMA FREE |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 電子線照射量: 2 e/Å2 / Avg electron dose per subtomogram: 68 e/Å2 / 検出モード: COUNTING フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) |
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解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.18.2_3874: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||
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EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C3 (3回回転対称) | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 9.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 32802 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
EM volume selection | 手法: volumes picked semi-automatically / Num. of tomograms: 423 / Num. of volumes extracted: 63592 | ||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: RIGID BODY FIT 詳細: 6ulc model was rigid body fitted into EM map. The flexible terminal Gp41 stalk region alone was fitted into density using COOT | ||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | PDB-ID: 6ULC | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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