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Yorodumi- PDB-7sir: Crystal Structure of UDP-N-acetylmuramoylalanine-D-glutamate liga... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7sir | ||||||
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Title | Crystal Structure of UDP-N-acetylmuramoylalanine-D-glutamate ligase from Acinetobacter baumannii AB5075-UW | ||||||
Components | UDP-N-acetylmuramoylalanine--D-glutamate ligase | ||||||
Keywords | LIGASE / SSGCID / MurD / UDP-N-acetylmuramoylalanine-D-glutamate ligase / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease | ||||||
Function / homology | Function and homology information UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanine-D-glutamate ligase / UDP-N-acetylmuramoylalanine-D-glutamate ligase activity / cell cycle / peptidoglycan biosynthetic process / cell wall organization / regulation of cell shape / cell division / ATP binding / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Acinetobacter baumannii (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.65 Å | ||||||
Authors | Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID) | ||||||
Funding support | United States, 1items
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Citation | Journal: to be published Title: Crystal Structure of UDP-N-acetylmuramoylalanine-D-glutamate ligase from Acinetobacter baumannii AB5075-UW Authors: Abendroth, J. / Horanyi, P.S. / Lorimer, D.D. / Edwards, T.E. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 7sir.cif.gz | 221.7 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb7sir.ent.gz | 144.4 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 7sir.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/si/7sir ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/si/7sir | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 5a5fS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 49016.160 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Acinetobacter baumannii (strain AB307-0294) (bacteria) Strain: AB307-0294 / Gene: murD, ABBFA_003287 / Plasmid: AcbaC.17938.a.B1 / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) References: UniProt: B7H1N2, UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanine-D-glutamate ligase | ||||
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#2: Chemical | #3: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | N | |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.46 Å3/Da / Density % sol: 50 % |
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Crystal grow | Temperature: 287 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7.5 Details: Rigaku Reagens JCSG+ screen, condition A5: 200mM Magnesiumformate, 20% (w/V) PEG 3350: AcbaC.17938.a.B1 at 40mg/ml: tray 321638 a4b: cryo: 20% EG: puck pxu9-10. |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 21-ID-F / Wavelength: 0.9787 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: RAYONIX MX-300 / Detector: CCD / Date: Sep 16, 2021 / Details: Beryllium Lenses | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: Diamond [111] / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9787 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.65→50 Å / Num. obs: 58267 / % possible obs: 99.2 % / Redundancy: 7.233 % / Biso Wilson estimate: 31.511 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.053 / Rrim(I) all: 0.057 / Χ2: 0.941 / Net I/σ(I): 20.98 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 5a5f in three domains as per Morda Resolution: 1.65→47.15 Å / SU ML: 0.1458 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / Phase error: 18.613 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 29.84 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.65→47.15 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A
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