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- PDB-3zh9: Bacillus subtilis DNA clamp loader delta protein (YqeN) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3zh9
タイトルBacillus subtilis DNA clamp loader delta protein (YqeN)
要素DELTA
キーワードHYDROLASE / REPLICATION
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA polymerase III complex / nucleoid / DNA-templated DNA replication / DNA-directed DNA polymerase / DNA-directed DNA polymerase activity / DNA binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / DNA polymerase III delta subunit, C-terminal domain / DNA polymerase III, delta subunit / DNA polymerase III delta, N-terminal / : / DNA polymerase III, delta subunit / Zinc Finger, Delta Prime; domain 3 - #10 / Zinc Finger, Delta Prime; domain 3 / DNA polymerase III, clamp loader complex, gamma/delta/delta subunit, C-terminal / Helicase, Ruva Protein; domain 3 - #60 ...: / DNA polymerase III delta subunit, C-terminal domain / DNA polymerase III, delta subunit / DNA polymerase III delta, N-terminal / : / DNA polymerase III, delta subunit / Zinc Finger, Delta Prime; domain 3 - #10 / Zinc Finger, Delta Prime; domain 3 / DNA polymerase III, clamp loader complex, gamma/delta/delta subunit, C-terminal / Helicase, Ruva Protein; domain 3 - #60 / Helicase, Ruva Protein; domain 3 / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Up-down Bundle / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA polymerase III subunit delta
類似検索 - 構成要素
生物種BACILLUS SUBTILIS (枯草菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Suwannachart, C. / Sedelnikova, S. / Soultanas, P. / Oldham, N.J. / Rafferty, J.B.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2013
タイトル: Insights Into the Structure and Assembly of the Bacillus Subtilis Clamp-Loader Complex and its Interaction with the Replicative Helicase.
著者: Afonso, J.P. / Chintakayala, K. / Suwannachart, C. / Sedelnikova, S. / Giles, K. / Hoyes, J.B. / Soultanas, P. / Rafferty, J.B. / Oldham, N.J.
履歴
登録2012年12月20日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02013年4月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年5月22日Group: Database references
改定 1.22024年5月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: DELTA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,87715
ポリマ－40,5601
非ポリマー1,31714
水2,558142
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)81.600, 81.600, 157.670
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

#1: タンパク質 DELTA


分子量: 40559.961 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) BACILLUS SUBTILIS (枯草菌) / 株: 168 / 遺伝子: YQEN / プラスミド: PET28AYQEN / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P54459, DNA-directed DNA polymerase
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 142 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 62 % / 解説: NONE
結晶化pH: 5.5
詳細: 1.0 M AMMONIUM SULPHATE, 0.1 M BIS-TRIS, PH 5.5, 6 % W/V PEG3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.9795
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年9月25日 / 詳細: MIRRORS
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→56.7 Å / Num. obs: 31753 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 6.7 % / Biso Wilson estimate: 38.18 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 11.5
反射 シェル解像度: 2.1→2.4 Å / 冗長度: 6.8 % / Rmerge(I) obs: 0.72 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
iMOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 2.1→40.8 Å / SU ML: 0.31 / σ(F): 0 / 位相誤差: 21.68 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2389 1572 5 %
Rwork0.1915 --
obs0.1938 31315 98.26 %
溶媒の処理減衰半径: 0.83 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 63.325 Å2 / ksol: 0.37 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 52 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.8067 Å20 Å20 Å2
2---0.8067 Å20 Å2
3---1.6134 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→40.8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2689 0 77 142 2908
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0072797
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9883777
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.4541028
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.065437
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004471
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.1001-2.17520.32651610.27372814X-RAY DIFFRACTION96
2.1752-2.26230.31691450.25292872X-RAY DIFFRACTION96
2.2623-2.36520.30981510.2382903X-RAY DIFFRACTION97
2.3652-2.48990.30611560.22192900X-RAY DIFFRACTION98
2.4899-2.64590.24461630.20832959X-RAY DIFFRACTION99
2.6459-2.85010.23521410.19612990X-RAY DIFFRACTION99
2.8501-3.13680.2571800.19262993X-RAY DIFFRACTION100
3.1368-3.59050.24161630.18123038X-RAY DIFFRACTION100
3.5905-4.52270.19861590.15943090X-RAY DIFFRACTION100
4.5227-40.80770.21581530.18773184X-RAY DIFFRACTION97
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.35550.8804-0.80081.5142-0.5321.926-0.1519-0.22520.2289-0.0427-0.22310.255-0.0959-0.29750.3520.21830.0196-0.03920.2786-0.1660.404828.636445.52434.1729
22.41371.7890.04473.4814-2.03721.98860.2227-0.0405-0.20340.005-0.1906-0.18490.24670.043-0.03370.3565-0.014-0.01270.2151-0.02070.239348.619666.5466-1.4887
31.50570.3202-1.11532.6316-0.86474.11380.01970.19340.0659-0.33710.2476-0.1738-0.2429-0.3007-0.24830.3137-0.00750.02920.3057-0.03170.237941.434780.210420.1124
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(CHAIN B AND RESID 1:143)
2X-RAY DIFFRACTION2(CHAIN B AND RESID 144:214)
3X-RAY DIFFRACTION3(CHAIN B AND RESID 215:338)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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