PDB-7sir: Crystal Structure of UDP-N-acetylmuramoylalanine-D-glutamate liga...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7sir

タイトル

Crystal Structure of UDP-N-acetylmuramoylalanine-D-glutamate ligase from Acinetobacter baumannii AB5075-UW

要素

UDP-N-acetylmuramoylalanine--D-glutamate ligase

キーワード

LIGASE (リガーゼ) / SSGCID / MurD /

UDP-N-acetylmuramoylalanine-D-glutamate ligase /

Structural Genomics (構造ゲノミクス) / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease

機能・相同性

機能・相同性情報

UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanine-D-glutamate ligase /

UDP-N-acetylmuramoylalanine-D-glutamate ligase activity / peptidoglycan biosynthetic process / cell wall organization / regulation of cell shape /

細胞周期 /

細胞分裂 /

ATP binding /

細胞質
類似検索 - 分子機能

生物種

Acinetobacter baumannii (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.65 Å

データ登録者

Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: to be published
タイトル: Crystal Structure of UDP-N-acetylmuramoylalanine-D-glutamate ligase from Acinetobacter baumannii AB5075-UW
著者: Abendroth, J. / Horanyi, P.S. / Lorimer, D.D. / Edwards, T.E.

履歴

登録	2021年10月14日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2021年11月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月18日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7sir.cif.gz	221.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7sir.ent.gz	144.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7sir.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/si/7sir ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/si/7sir	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5a5fS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3zh9-d 6p9j-2 3vn3-d 3elz-d 7liy-d 5d0n-d 3nfg-4 7olz-d 3es6-1 1slv-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: UDP-N-acetylmuramoylalanine--D-glutamate ligase

ヘテロ分子

49.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	59.170, 86.240, 94.300
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁
Space group name Hall	P2ac2ab
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/2,-y+1/2,-z #3: -x,y+1/2,-z+1/2 #4: -x+1/2,-y,z+1/2

#1: タンパク質	UDP-N-acetylmuramoylalanine--D-glutamate ligase / D-glutamic acid-adding enzyme / UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanyl-D-glutamate synthetase 分子量: 49016.160 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Acinetobacter baumannii (strain AB307-0294) (バクテリア) 株: AB307-0294 / 遺伝子: murD, ABBFA_003287 / プラスミド: AcbaC.17938.a.B1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) 参照: UniProt: B7H1N2, UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanine-D-glutamate ligase
#2: 化合物	ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸 / ギ酸分子量: 46.025 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH₂O₂
#3: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 424 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.46 Å³/Da / 溶媒含有率: 50 %
結晶化	温度: 287 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: Rigaku Reagens JCSG+ screen, condition A5: 200mM Magnesiumformate, 20% (w/V) PEG 3350: AcbaC.17938.a.B1 at 40mg/ml: tray 321638 a4b: cryo: 20% EG: puck pxu9-10.

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.9787 Å

検出器

タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2021年9月16日 / 詳細: Beryllium Lenses

放射

モノクロメーター: Diamond [111] / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9787 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.65→50 Å / Num. obs: 58267 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 7.233 % / B_iso Wilson estimate: 31.511 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.053 / R_rim(I) all: 0.057 / Χ²: 0.941 / Net I/σ(I): 20.98

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
1.65-1.69	6.279	0.513	3.29	4163	0.875	0.559	96.8
1.69-1.74	7.284	0.416	4.51	4157	0.931	0.448	98.8
1.74-1.79	7.431	0.327	5.89	3989	0.959	0.351	98.9
1.79-1.84	7.434	0.239	7.9	3908	0.975	0.257	98.9
1.84-1.91	7.431	0.183	10.12	3821	0.986	0.197	99.2
1.91-1.97	7.427	0.14	13.11	3681	0.992	0.15	99
1.97-2.05	7.42	0.107	16.4	3556	0.995	0.115	99.3
2.05-2.13	7.402	0.088	19.65	3432	0.996	0.095	99.4
2.13-2.22	7.386	0.074	23.03	3317	0.997	0.079	99.5
2.22-2.33	7.376	0.065	25.69	3161	0.997	0.07	99.5
2.33-2.46	7.364	0.059	28.56	3016	0.997	0.063	99.5
2.46-2.61	7.324	0.053	31.04	2884	0.998	0.057	99.6
2.61-2.79	7.284	0.048	33.33	2685	0.998	0.052	99.7
2.79-3.01	7.243	0.046	35.74	2523	0.998	0.05	99.8
3.01-3.3	7.19	0.043	39.01	2329	0.998	0.047	99.7
3.3-3.69	7.155	0.041	41.17	2130	0.998	0.044	99.8
3.69-4.26	7.097	0.04	42.58	1894	0.998	0.043	99.8
4.26-5.22	6.991	0.04	42.69	1609	0.998	0.044	99.9
5.22-7.38	6.825	0.041	41.57	1281	0.998	0.045	99.8
7.38-50	6.029	0.044	39.66	731	0.997	0.048	97.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.20rc1	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
MoRDa		位相決定
PHENIX		モデル構築
Coot		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5a5f in three domains as per Morda

5a5f

解像度: 1.65→47.15 Å / SU ML: 0.1458 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 18.613
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1921	2028	3.48 %	0
R_work	0.1677	56231	-	-
obs	0.1685	58259	99.14 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 29.84 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.65→47.15 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3196	0	6	424	3626

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0069	3268
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.9209	4440
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0621	531
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0071	580
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.6406	1198

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.65-1.69	0.2602	147	0.2126	3881	X-RAY DIFFRACTION	96.71
1.69-1.74	0.2179	157	0.1905	3920	X-RAY DIFFRACTION	98.81
1.74-1.79	0.2297	151	0.1794	3930	X-RAY DIFFRACTION	98.84
1.79-1.85	0.2049	120	0.1822	3980	X-RAY DIFFRACTION	98.87
1.85-1.91	0.24	131	0.186	3998	X-RAY DIFFRACTION	99.25
1.91-1.99	0.2107	142	0.1732	3967	X-RAY DIFFRACTION	99.13
1.99-2.08	0.2056	157	0.1705	3969	X-RAY DIFFRACTION	99.3
2.08-2.19	0.2239	153	0.1702	4023	X-RAY DIFFRACTION	99.4
2.19-2.33	0.2038	140	0.1672	4015	X-RAY DIFFRACTION	99.57
2.33-2.51	0.2066	141	0.1762	4020	X-RAY DIFFRACTION	99.47
2.51-2.76	0.2188	142	0.1798	4060	X-RAY DIFFRACTION	99.79
2.76-3.16	0.1983	151	0.1792	4068	X-RAY DIFFRACTION	99.62
3.16-3.98	0.1558	149	0.156	4122	X-RAY DIFFRACTION	99.77
3.98-47.15	0.1696	147	0.1516	4278	X-RAY DIFFRACTION	99.37

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.93321180113	0.426534248658	-0.220186804123	1.11084339418	0.707405883636	3.99558918434	-0.129991401673	0.122553271124	-0.300059849025	0.046928578092	0.0253999518048	-0.069463837913	0.681003141526	-0.0604426614744	0.0525462463847	0.255805922358	-0.0256025488016	0.0405526151188	0.12471265616	-0.00579651712331	0.184967295313	5.97978948565	-22.2191336847	0.776639337754
2	1.07797459923	0.0216401373721	0.895297709794	2.04715247312	0.701141619372	4.77266891482	-0.0360336852935	0.0522456272902	-0.0387361153187	-0.193328991117	-0.00238341950598	-0.0609275591853	0.0266471122707	0.0548049926873	0.0415690669349	0.113934835616	-0.00713491085444	0.030012869289	0.151220622413	-0.0216276190926	0.164181763514	8.33690258426	-11.0764551656	18.3702321766
3	2.52495087761	0.0180518667967	0.661007259543	1.8801482172	0.299739683493	2.25741341647	-0.0865023853764	-0.0991833090646	0.105424103911	0.0631504095342	-0.010841326127	-0.0417993255051	-0.241814606265	-0.0466766253349	0.0510224035773	0.157984760788	-0.0105970289712	0.0176537243215	0.10986253997	-0.0295465832178	0.122031661824	14.2739963877	-3.46561830013	33.2666933885
4	4.59139538244	-0.776327753908	-0.697194559197	1.97148335487	0.903502271609	2.64270699229	-0.133767136723	-0.481367564517	0.0771489211465	0.196100779999	0.135786775229	-0.00974985928573	0.103393263109	0.402497756357	-0.036135516271	0.151595703468	0.0246412692313	-0.00578779131943	0.231862114556	-0.0335369301899	0.145831269054	39.0717633938	-15.1180271045	32.8345655611

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 5 through 115 )	5 - 115	1 - 111
2	2	chain 'A' and (resid 116 through 217 )	116 - 217	112 - 200
3	3	chain 'A' and (resid 218 through 307 )	218 - 307	201 - 290
4	4	chain 'A' and (resid 308 through 448 )	308 - 448	291 - 431

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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