PDB-7sh3: Crystal Structure of a VirB8-like Protein of Type IV Secretion Sy...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7sh3

タイトル

Crystal Structure of a VirB8-like Protein of Type IV Secretion System from Rickettsia typhi in Complex with a Synthetic VirB8 Miniprotein Binder

要素

Synthetic VirB8 Miniprotein Binder
VirB8-like protein of type IV secretion system

キーワード

PROTEIN TRANSPORT / SSGCID / synthetic / miniprotein binder / minibinder / VirB8 / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease

機能・相同性

Bacterial virulence protein VirB8 / VirB8 protein / NTF2-like domain superfamily / membrane / VirB8-like protein of type IV secretion system

機能・相同性情報

生物種

synthetic construct (人工物)

Rickettsia typhi (発疹熱リケッチア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3 Å

データ登録者

Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)

資金援助

1件

引用

ジャーナル: to be published
タイトル: Crystal Structure of a VirB8-like Protein of Type IV Secretion System from Rickettsia typhi in Complex with a Synthetic VirB8 Miniprotein Binder
著者: DeBouver, N.D. / Bera, A.K. / Lorimer, D.D. / Horanyi, P.S. / Edwards, T.E.

履歴

登録	2021年10月7日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2021年10月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月18日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7sh3.cif.gz	96 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7sh3.ent.gz	71.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7sh3.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7sh3_validation.pdf.gz	429.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7sh3_full_validation.pdf.gz	432.2 KB	表示
XML形式データ	7sh3_validation.xml.gz	8.9 KB	表示
CIF形式データ	7sh3_validation.cif.gz	11 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sh/7sh3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sh/7sh3	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4o3vS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5lhy-4 4uyr-d 1yd8-1 4tse-2 5oqd-2 3sl9-3 5v8w-1 5fv5-d 4mf7-d 5a4p-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: RityA.18390.a.B2 TargetTrack: SycoA.20508.e.PG1

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#44 - 2003年8月カルモジュリン (Calmodulin) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Synthetic VirB8 Miniprotein Binder

B: VirB8-like protein of type IV secretion system

28.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	57.260, 71.480, 155.110
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	24
Space group name H-M	I2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Synthetic VirB8 Miniprotein Binder 分子量: 7615.714 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 遺伝子: synthetic / プラスミド: SycoA.20508.e.PG1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
#2: タンパク質	VirB8-like protein of type IV secretion system 分子量: 21209.270 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Rickettsia typhi (strain ATCC VR-144 / Wilmington) (発疹熱リケッチア) 株: ATCC VR-144 / Wilmington / 遺伝子: RT0278 / プラスミド: RityA.18390.a.B2 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q68X84

#1: タンパク質

Synthetic VirB8 Miniprotein Binder

分子量: 7615.714 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 遺伝子: synthetic / プラスミド: SycoA.20508.e.PG1 / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)

#2: タンパク質

VirB8-like protein of type IV secretion system

分子量: 21209.270 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Rickettsia typhi (strain ATCC VR-144 / Wilmington) (発疹熱リケッチア)
株: ATCC VR-144 / Wilmington / 遺伝子: RT0278 / プラスミド: RityA.18390.a.B2 / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q68X84

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.75 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.32 %
結晶化	温度: 287 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6 詳細: RityA.18390.a.B2 + SycoA.20508.e.PG1 [Barcode: 320527g9, PuckID: oce7-3, Cryo: 15% EG, Concentration: 9.9 mg/mL] 100mM Sodium acetate/Hydrochloric acid pH 4.6, 25% (w/v) PEG 4000, 200mM Ammonium sulfate

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.9787 Å

検出器

タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2021年4月15日 / 詳細: Beryllium Lenses

放射

モノクロメーター: Diamond [111] / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9787 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 3→44.69 Å / Num. obs: 6672 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 5.897 % / B_iso Wilson estimate: 86.87 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.074 / R_rim(I) all: 0.082 / Χ²: 0.889 / Net I/σ(I): 13.47 / Num. measured all: 39344

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. possible	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
3-3.08	6.095	0.677	2.52	2944	484	483	0.938	0.74	99.8
3.08-3.16	6.127	0.56	3.03	2855	469	466	0.962	0.613	99.4
3.16-3.25	6.086	0.478	3.57	2745	452	451	0.983	0.524	99.8
3.25-3.35	6.073	0.348	4.66	2763	455	455	0.986	0.381	100
3.35-3.46	6.026	0.241	5.75	2579	428	428	0.997	0.264	100
3.46-3.59	6.047	0.225	6.96	2582	428	427	0.994	0.247	99.8
3.59-3.72	6.008	0.163	8.37	2313	385	385	0.995	0.178	100
3.72-3.87	5.949	0.126	10.37	2427	408	408	0.997	0.139	100
3.87-4.05	5.927	0.122	11.61	2187	369	369	0.995	0.134	100
4.05-4.24	5.802	0.093	13.9	2083	360	359	0.997	0.102	99.7
4.24-4.47	5.781	0.064	16.96	2029	351	351	0.999	0.07	100
4.47-4.74	5.79	0.056	20.89	1905	329	329	0.999	0.061	100
4.74-5.07	5.74	0.054	22.13	1745	304	304	0.999	0.059	100
5.07-5.48	5.794	0.052	22.38	1657	286	286	0.999	0.057	100
5.48-6	5.788	0.057	21.75	1586	274	274	0.999	0.063	100
6-6.71	5.755	0.054	24.88	1387	241	241	0.998	0.059	100
6.71-7.75	5.65	0.042	30.06	1260	223	223	0.999	0.047	100
7.75-9.49	5.607	0.029	37.93	1071	191	191	0.998	0.033	100
9.49-13.42	5.364	0.025	40.67	810	151	151	0.999	0.028	100
13.42-44.69	4.571	0.024	36.89	416	98	91	0.999	0.028	92.9

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定
PHENIX	dev-4274	精密化
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4O3V

4o3v

解像度: 3→44.69 Å / SU ML: 0.41 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 43.04 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.3061	676	10.24 %
R_work	0.2385	5924	-
obs	0.2453	6600	98.76 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 218.91 Å² / B_iso mean: 129.2413 Å² / B_iso min: 91.9 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 3→44.69 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1534	0	0	0	1534
残基数	-	-	-	-	188

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 5

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
3-3.23	0.4573	135	0.4025	1137	1272	98
3.23-3.56	0.3821	138	0.3152	1150	1288	98
3.56-4.07	0.3437	128	0.2473	1182	1310	99
4.07-5.13	0.2567	136	0.1975	1184	1320	100
5.13-44.69	0.2777	139	0.2159	1271	1410	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	6.7836	2.4666	0.3083	6.2225	-1.4892	3.8502	0.8603	-0.5959	-0.7363	-0.502	-0.7584	-0.7551	-0.3862	0.3463	-0.3138	1.1202	-0.2311	0.042	2.5606	-0.2344	0.6988	3.8519	0.5558	24.4836
2	9.2735	-1.8569	-6.5094	7.0528	1.416	7.7565	1.0679	-0.9536	0.1434	-0.1919	-0.5767	-1.1213	-1.5196	0.6145	-0.585	1.2632	-0.1799	-0.0572	2.1342	-0.0444	0.9525	8.0659	4.1815	30.5232
3	4.7129	-4.8997	-3.2128	9.5397	1.9084	3.9812	-0.8045	-0.6982	-2.2553	-0.5715	-0.6808	1.0998	-0.3716	0.254	0.5756	0.8069	-0.1256	-0.0089	1.5442	-0.1582	1.04	-0.2511	-8.3275	-1.5994
4	5.8069	-1.658	0.8008	3.9287	2.8751	6.1529	0.2931	-0.5262	0.3505	0.2184	-0.6691	-0.6259	-0.3806	0.4508	0.5321	0.8337	-0.0817	0.0091	1.2637	-0.0572	0.8499	2.2626	-0.9828	14.3661
5	4.9912	-0.2156	-0.524	1.0667	1.4123	7.8114	-0.6956	0.6338	0.4858	0.0806	0.0475	0.5539	0.6433	-1.0169	0.2824	0.7925	-0.0293	0.0316	1.6729	-0.1544	0.9889	-7.827	2.9513	8.9101
6	8.8412	-2.3153	-1.1308	8.1885	1.3602	5.8959	0.3652	0.8513	0.9431	-0.1238	-0.4676	-0.2275	0.0866	1.1313	0.3824	0.6496	-0.0983	-0.0792	1.5002	-0.0195	0.6139	-1.765	1.2752	1.404

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 4 through 25 )	A	4 - 25
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 26 through 66 )	A	26 - 66
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'B' and (resid 31 through 49 )	B	31 - 49
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 50 through 86 )	B	50 - 86
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 87 through 106 )	B	87 - 106
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 107 through 162 )	B	107 - 162

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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