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- PDB-7sdp: Replication Initiator Protein REPE54 and cognate DNA sequence wit... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7sdp
タイトルReplication Initiator Protein REPE54 and cognate DNA sequence with terminal three prime phosphates.
要素
  • (Unknown polymer ...) x 2
  • DNA (5'-D(*CP*CP*TP*GP*TP*GP*AP*CP*AP*AP*AP*TP*TP*GP*CP*CP*CP*TP*CP*AP*GP*A)-3')
  • DNA (5'-D(*CP*TP*GP*AP*GP*GP*GP*CP*AP*AP*TP*TP*TP*GP*TP*CP*AP*CP*AP*GP*GP*A)-3')
  • RepB family plasmid replication initiator protein
キーワードDNA BINDING PROTEIN/DNA / Replication Initiator RepE Complex Co-Crystal / DNA BINDING PROTEIN-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA replication initiation / DNA-directed DNA polymerase activity
類似検索 - 分子機能
Initiator Rep protein / Initiator Replication protein, WH1 / Initiator Rep protein, WH2 / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / RepB family plasmid replication initiator protein
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
Eschericia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.01 Å
データ登録者Ward, A.R. / Snow, C.D.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Science Foundation (NSF, United States)2003748 米国
引用
ジャーナル: Acs Nano / 年: 2023
タイトル: Modular Protein-DNA Cocrystals as Precise, Programmable Assembly Scaffolds.
著者: Orun, A.R. / Shields, E.T. / Dmytriw, S. / Vajapayajula, A. / Slaughter, C.K. / Snow, C.D.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2012
タイトル: Towards automated crystallographic structure refinement with phenix.refine.
著者: Afonine, P.V. / Grosse-Kunstleve, R.W. / Echols, N. / Headd, J.J. / Moriarty, N.W. / Mustyakimov, M. / Terwilliger, T.C. / Urzhumtsev, A. / Zwart, P.H. / Adams, P.D.
#2: ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2019
タイトル: Macromolecular structure determination using X-rays, neutrons and electrons: recent developments in Phenix.
著者: Dorothee Liebschner / Pavel V Afonine / Matthew L Baker / Gábor Bunkóczi / Vincent B Chen / Tristan I Croll / Bradley Hintze / Li Wei Hung / Swati Jain / Airlie J McCoy / Nigel W Moriarty / ...著者: Dorothee Liebschner / Pavel V Afonine / Matthew L Baker / Gábor Bunkóczi / Vincent B Chen / Tristan I Croll / Bradley Hintze / Li Wei Hung / Swati Jain / Airlie J McCoy / Nigel W Moriarty / Robert D Oeffner / Billy K Poon / Michael G Prisant / Randy J Read / Jane S Richardson / David C Richardson / Massimo D Sammito / Oleg V Sobolev / Duncan H Stockwell / Thomas C Terwilliger / Alexandre G Urzhumtsev / Lizbeth L Videau / Christopher J Williams / Paul D Adams /
要旨: Diffraction (X-ray, neutron and electron) and electron cryo-microscopy are powerful methods to determine three-dimensional macromolecular structures, which are required to understand biological ...Diffraction (X-ray, neutron and electron) and electron cryo-microscopy are powerful methods to determine three-dimensional macromolecular structures, which are required to understand biological processes and to develop new therapeutics against diseases. The overall structure-solution workflow is similar for these techniques, but nuances exist because the properties of the reduced experimental data are different. Software tools for structure determination should therefore be tailored for each method. Phenix is a comprehensive software package for macromolecular structure determination that handles data from any of these techniques. Tasks performed with Phenix include data-quality assessment, map improvement, model building, the validation/rebuilding/refinement cycle and deposition. Each tool caters to the type of experimental data. The design of Phenix emphasizes the automation of procedures, where possible, to minimize repetitive and time-consuming manual tasks, while default parameters are chosen to encourage best practice. A graphical user interface provides access to many command-line features of Phenix and streamlines the transition between programs, project tracking and re-running of previous tasks.
履歴
登録2021年9月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年10月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.22023年11月1日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA (5'-D(*CP*CP*TP*GP*TP*GP*AP*CP*AP*AP*AP*TP*TP*GP*CP*CP*CP*TP*CP*AP*GP*A)-3')
B: DNA (5'-D(*CP*TP*GP*AP*GP*GP*GP*CP*AP*AP*TP*TP*TP*GP*TP*CP*AP*CP*AP*GP*GP*A)-3')
C: RepB family plasmid replication initiator protein
F: Unknown polymer fragment
D: Unknown polymer fragment
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,9427
ポリマ－44,8945
非ポリマー492
水84747
1
A: DNA (5'-D(*CP*CP*TP*GP*TP*GP*AP*CP*AP*AP*AP*TP*TP*GP*CP*CP*CP*TP*CP*AP*GP*A)-3')
B: DNA (5'-D(*CP*TP*GP*AP*GP*GP*GP*CP*AP*AP*TP*TP*TP*GP*TP*CP*AP*CP*AP*GP*GP*A)-3')
C: RepB family plasmid replication initiator protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,3105
ポリマ－44,2623
非ポリマー492
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
F: Unknown polymer fragment


  • 登録者が定義した集合体
  • 273 Da, 1 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2731
ポリマ－2731
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
D: Unknown polymer fragment


  • 登録者が定義した集合体
  • 358 Da, 1 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3581
ポリマ－3581
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)109.142, 83.089, 74.593
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 122.691, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Space group name HallC2y
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y,-z
#3: x+1/2,y+1/2,z
#4: -x+1/2,y+1/2,-z

-
要素

-
DNA鎖 , 2種, 2分子 AB

#1: DNA鎖 DNA (5'-D(*CP*CP*TP*GP*TP*GP*AP*CP*AP*AP*AP*TP*TP*GP*CP*CP*CP*TP*CP*AP*GP*A)-3')


分子量: 6696.342 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Escherichia coli (大腸菌)
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*CP*TP*GP*AP*GP*GP*GP*CP*AP*AP*TP*TP*TP*GP*TP*CP*AP*CP*AP*GP*GP*A)-3')


分子量: 6816.416 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Escherichia coli (大腸菌)

-
タンパク質 , 1種, 1分子 C

#3: タンパク質 RepB family plasmid replication initiator protein / RepE / RepE protein / Replication initiation protein / Replication initiation protein FIA / ...RepE / RepE protein / Replication initiation protein / Replication initiation protein FIA / Replication initiation protein RepE / Replication initiation protein of repFIA / FIA / FIA replicon / Replication protein


分子量: 30749.053 Da / 分子数: 1 / Mutation: R118P / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌)
遺伝子: repE, RepE, repE_1, repE_2, A9P13_27925, ACN81_13795, AKG29_00005, AM270_25025, AM446_00510, AM465_27515, APX88_12585, B9N33_25510, BANRA_05159, BANRA_05459, BANRA_05682, BANRA_05685, ...遺伝子: repE, RepE, repE_1, repE_2, A9P13_27925, ACN81_13795, AKG29_00005, AM270_25025, AM446_00510, AM465_27515, APX88_12585, B9N33_25510, BANRA_05159, BANRA_05459, BANRA_05682, BANRA_05685, BE930_02070, BE963_00170, BFD68_26000, BIU72_26315, BK334_12915, BON69_00085, BON86_02490, BTQ06_15345, BvCmsKSNP073_00547, BvCmsKSNP081_03109, C5F73_28740, C6669_28055, CCZ17_26065, CDL37_25390, CUB99_27055, D0X26_27580, D2188_23935, D6C57_20535, D6T60_26250, D9G11_25395, D9J60_24770, DL545_01395, DLU82_26460, DM102_26130, DMZ50_25125, DN808_25760, DNQ45_17165, DP277_27365, E0L04_25075, E4K51_24545, E5P24_21725, E5S56_18100, EA191_27055, EA214_24280, EA233_23655, EA834_24495, EC3234A_223c00190, ECTO124_05352, EGT48_00285, EIZ93_24320, EJC75_00275, ELT22_23490, ELT31_24090, ELT31_26285, ELT33_22145, ELU82_24155, ELU85_22525, ELV00_24275, ELV13_22345, ELV22_21715, ELV22_26415, ELV24_23180, ELV24_26400, ELX56_23450, ELX56_26570, ELX68_22815, ELX68_25985, ELX70_23725, ELX70_27680, ELX79_25360, ELX79_27900, ELX83_21670, ELX83_26905, ELY23_22635, ELY23_25820, ELY24_18745, ELY24_28685, ELY48_20420, ELY48_27905, ELY50_22820, ELY50_26360, EPS70_23590, EQ823_22980, EQ830_17775, ERS085362_04815, ERS150873_04643, EVY14_01415, ExPECSC065_01123, F0L67_01685, F7O57_26240, FAF34_003215, FKO60_21690, FVA71_27640, G3565_27065, G4276_24945, G4280_26215, G5603_23890, G5632_20220, G5697_22865, G5V60_25015, GE057_22565, GE087_25865, GE096_23180, GE400_25540, GE558_24730, GKE29_21080, GKE58_20235, GKE60_20510, GKE79_19945, GKE87_19350, GQY14_24020, GRC73_23425, HGR17_18615, HGR87_25030, HGR88_23710, HGS97_17250, HH117_25695, HH456_004544, HH814_004957, HIO03_005020, HIZ44_004944, HJ359_004520, HJI79_004024, HJL93_004672, HJM89_004053, HJT66_004466, HKA14_004545, HL186_24195, HLI97_004832, HMT01_25475, HMT08_23785, HNV94_24925, HNX16_24825, HNX34_21985, HPE39_26560, HR075_24855, HV055_25390, HV303_25935, HVW09_26465, HVW60_23575, HVW98_24555, HVX24_22925, HVX51_24935, HVY93_24645, HVZ71_26895, IB283_25495, IPF_37, pCTXM15_EC8_00107, RCS105_pI0165, RCS57_p0140, RCS59_P0063, SAMEA4370330_00165, SAMEA4370365_00054, SY51_26335, WP4S17E03_P11650, WP4S18E08_P10410, YDC107_5106
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q0E856

-
Unknown polymer ... , 2種, 2分子 FD

#4: タンパク質・ペプチド Unknown polymer fragment


分子量: 273.330 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Eschericia coli (大腸菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#5: タンパク質・ペプチド Unknown polymer fragment


分子量: 358.434 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Eschericia coli (大腸菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)

-
非ポリマー , 2種, 49分子

#6: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 47 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.6 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 100 mM MgCl2, 7% PEG 400, 220 mM Tris HCl pH 8.0

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 4.2.2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RDI CMOS_8M / 検出器: CMOS / 日付: 2021年4月16日
放射モノクロメーター: SI (111) Double Crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.01→37.68 Å / Num. obs: 11131 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 57 Å2 / CC1/2: 0.993 / Rmerge(I) obs: 0.14 / Rpim(I) all: 0.086 / Rrim(I) all: 0.165 / Χ2: 0.48 / Net I/σ(I): 7.2
反射 シェル解像度: 3.01→3.19 Å / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.895 / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / Num. unique obs: 1781 / CC1/2: 0.74 / Rpim(I) all: 0.556 / % possible all: 97.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18.2_3874精密化
Coot0.8.9.3-pre ELモデル構築
XDSJan 31, 2020データ削減
XSCALEJan 31, 2020データスケーリング
SCALA3.3.22データスケーリング
PHASER2.8.2位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7rva

7rva


解像度: 3.01→37.68 Å / SU ML: 0.4527 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 25.722
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2351 586 5.3 %
Rwork0.182 10474 -
obs0.1848 11060 98.42 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 62.28 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.01→37.68 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1841 863 32 47 2783
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01242927
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.35494137
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.066446
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0087386
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d25.2204689
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.01-3.310.34071400.27462562X-RAY DIFFRACTION96.47
3.31-3.790.26961500.21412602X-RAY DIFFRACTION98.67
3.79-4.770.22931550.16262626X-RAY DIFFRACTION99.64
4.78-37.680.18431410.14812684X-RAY DIFFRACTION98.91
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
16.36271875615.395104527780.6502893922545.68570606018-2.068732044818.858958979150.3949523284460.833289285959-0.486388420480.581790710244-0.06384865677920.4204717295530.121180701975-0.262426497592-0.3927760803770.5796366555960.162764120884-0.01666258222970.4314762407290.08779785094670.54244100938237.4901241464-28.20737163113.7261468508
25.61592880563-0.312516264802-1.331196533620.2500127231130.727177197092.02212263055-0.5900720752420.207713200346-0.8867212174640.7619138291970.3582228013011.01252269826-0.768471618773-0.4614842926380.2517699329390.7282345850480.343947688890.1473840060750.7532990405310.2603244305721.0030086308910.5036420566-6.1191174393315.2674169178
31.810385726110.3128501808870.1889285413260.06851901864260.242916465924.493079323930.4267311947850.503143620089-0.725119792453-0.06997325821230.0110443280970.6321965715910.321044736895-0.32572595775-0.5272654457950.6005918316480.5549483656240.1228877384550.9352152001110.4233564744120.9791790557827.621621434843.0584855783215.7792638821
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58.46113835897-0.0324996451212.058130279027.18826065576-1.650341931761.567736721910.2099881886970.441138889048-0.6953665768070.199360473219-0.5034800228770.810785831860.3728599981490.3448118679770.3194328060550.4592648661470.08056112054260.08646813961080.6708385505070.02392169924790.57173862472929.5057105608-19.247283242313.2703222101
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精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 1 through 10 )AA1 - 10
22chain 'A' and (resid 11 through 22 )AA11 - 22
33chain 'B' and (resid 23 through 27 )BB23 - 27
44chain 'B' and (resid 28 through 32 )BB28 - 32
55chain 'B' and (resid 33 through 37 )BB33 - 37
66chain 'B' and (resid 38 through 44 )BB38 - 44
77chain 'C' and (resid 11 through 89 )CC11 - 891 - 79
88chain 'C' and (resid 90 through 132 )CC90 - 13280 - 114
99chain 'C' and (resid 133 through 208 )CC133 - 208115 - 193
1010chain 'C' and (resid 209 through 247 )CC209 - 247194 - 235

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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