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- PDB-7uv6: Isoreticular, interpenetrating co-crystal of Replication Initiato... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7uv6 | ||||||
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Title | Isoreticular, interpenetrating co-crystal of Replication Initiator Protein REPE54 and scaffold duplex (21mer) containing the cognate REPE54 sequence and an insert duplex (10mer) with guest TAMRA-labelled thymine and G-C rich sequence. | ||||||
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![]() | DNA BINDING PROTEIN/DNA / Replication Initiator RepE Complex Co-Crystal / DNA BINDING PROTEIN-DNA complex | ||||||
Function / homology | ![]() plasmid maintenance / DNA replication initiation / DNA-directed DNA polymerase activity / DNA binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Orun, A.R. / Snow, C.D. | ||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: Modular Protein-DNA Cocrystals as Precise, Programmable Assembly Scaffolds. Authors: Orun, A.R. / Shields, E.T. / Dmytriw, S. / Vajapayajula, A. / Slaughter, C.K. / Snow, C.D. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 212.2 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 138.1 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 7sdpC ![]() 7sozC ![]() 7u6kSC ![]() 7u7oC ![]() 7ufxC ![]() 7uogC ![]() 7ur0C ![]() 7uv7C ![]() 7uxyC ![]() 8d86C S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homology ![]() |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
-DNA chain , 4 types, 4 molecules ABEF
#1: DNA chain | Mass: 6367.136 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) ![]() ![]() |
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#2: DNA chain | Mass: 6478.195 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) ![]() ![]() |
#4: DNA chain | Mass: 3071.005 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) ![]() ![]() |
#5: DNA chain | Mass: 3061.991 Da / Num. of mol.: 1 / Mutation: TAMRA-labelled thymine2 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) ![]() ![]() |
-Protein , 1 types, 1 molecules C
#3: Protein | Mass: 30749.053 Da / Num. of mol.: 1 / Mutation: R118P Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() |
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-Non-polymers , 2 types, 38 molecules ![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#6: Chemical | ChemComp-MG / #7: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Details
Has ligand of interest | N |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.28 Å3/Da / Density % sol: 66.71 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 8 / Details: 300 mM MgCl2, 15% PEG 400, and 100 mM Tris HCl |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: RDI CMOS_8M / Detector: CMOS / Date: Oct 1, 2021 |
Radiation | Monochromator: SI (111) DOUBLE CRYSTAL / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.72→38.93 Å / Num. obs: 17957 / % possible obs: 99.35 % / Redundancy: 7.3 % / Biso Wilson estimate: 74.98 Å2 / CC1/2: 0.999 / CC star: 1 / Rmerge(I) obs: 0.06592 / Rpim(I) all: 0.02637 / Rrim(I) all: 0.07107 / Net I/σ(I): 20.25 |
Reflection shell | Resolution: 2.72→2.817 Å / Redundancy: 7.4 % / Rmerge(I) obs: 1.13 / Mean I/σ(I) obs: 1.77 / Num. unique obs: 1779 / CC1/2: 0.739 / Rpim(I) all: 0.4476 / Rrim(I) all: 1.216 / % possible all: 99.72 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 7u6k Resolution: 2.72→38.93 Å / SU ML: 0.4435 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 27.4939 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 91.19 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.72→38.93 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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