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Yorodumi- PDB-7s96: Structure of the Light Harvesting Complex PC577 from Hemiselmis p... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7s96 | ||||||
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Title | Structure of the Light Harvesting Complex PC577 from Hemiselmis pacifica | ||||||
Components |
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Keywords | PHOTOSYNTHESIS / phycobiliprotein / thylakoid lumen | ||||||
Function / homology | Function and homology information phycobilisome / plastid / chloroplast thylakoid membrane / photosynthesis Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Hemiselmis pacifica (eukaryote) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / MOLECULAR REPLACEMENT / molecular replacement / Resolution: 1.8 Å | ||||||
Authors | Jeffrey, P.D. / Spangler, L.C. / Scholes, G.D. | ||||||
Funding support | 1items
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Citation | Journal: Acs Cent.Sci. / Year: 2022 Title: Controllable Phycobilin Modification: An Alternative Photoacclimation Response in Cryptophyte Algae. Authors: Spangler, L.C. / Yu, M. / Jeffrey, P.D. / Scholes, G.D. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 7s96.cif.gz | 124.8 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb7s96.ent.gz | 95.2 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 7s96.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 7s96_validation.pdf.gz | 2.7 MB | Display | wwPDB validaton report |
---|---|---|---|---|
Full document | 7s96_full_validation.pdf.gz | 2.7 MB | Display | |
Data in XML | 7s96_validation.xml.gz | 30 KB | Display | |
Data in CIF | 7s96_validation.cif.gz | 42.9 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s9/7s96 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s9/7s96 | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 7s97C 7tjaC 7tlfC 4lm6S S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 6465.388 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: isolated from a natural source / Source: (natural) Hemiselmis pacifica (eukaryote) / References: UniProt: A0A067XP79 #2: Protein | Mass: 18186.617 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: isolated from a natural source / Source: (natural) Hemiselmis pacifica (eukaryote) / References: UniProt: A0A067XP89 #3: Chemical | ChemComp-CYC / #4: Chemical | #5: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.51 Å3/Da / Density % sol: 51.09 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / Details: 25% 3350 PEG, 50 mM HEPES, 100 mM MgCl2 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ROTATING ANODE / Type: RIGAKU MICROMAX-007 HF / Wavelength: 1.5418 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 R 300K / Detector: PIXEL / Date: Jun 24, 2021 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: Osmic / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1.5418 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.8→30 Å / Num. obs: 46623 / % possible obs: 98.9 % / Redundancy: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.08 / Rpim(I) all: 0.044 / Rrim(I) all: 0.092 / Χ2: 1.067 / Net I/σ(I): 7.7 / Num. measured all: 184915 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Phasing
Phasing | Method: molecular replacement |
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 4LM6 Resolution: 1.8→29.71 Å / SU ML: 0.22 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / Phase error: 22.98 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 82.79 Å2 / Biso mean: 22.1783 Å2 / Biso min: 7.5 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.8→29.71 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 17
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