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- PDB-7s8s: Crystal Structure of HLA A*1101 in complex with RVLVNGTFLK, an 10... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7s8s
タイトルCrystal Structure of HLA A*1101 in complex with RVLVNGTFLK, an 10-mer epitope from Influenza B
要素
  • Beta-2-microglobulin
  • HLA class I histocompatibility antigen, A alpha chain
  • Non-structural protein 1 peptide RVLVNGTFLK
キーワードIMMUNE SYSTEM / HLA A*1101 / influenza B / TCR / T cell
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont-mediated suppression of host PKR/eIFalpha signaling / positive regulation of ferrous iron binding / positive regulation of transferrin receptor binding / positive regulation of receptor binding / early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / negative regulation of receptor binding / DAP12 interactions / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-independent / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class Ib ...symbiont-mediated suppression of host PKR/eIFalpha signaling / positive regulation of ferrous iron binding / positive regulation of transferrin receptor binding / positive regulation of receptor binding / early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / negative regulation of receptor binding / DAP12 interactions / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-independent / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class Ib / cellular response to iron ion / Endosomal/Vacuolar pathway / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / cellular response to iron(III) ion / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / negative regulation of forebrain neuron differentiation / regulation of erythrocyte differentiation / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / ER to Golgi transport vesicle membrane / regulation of iron ion transport / response to molecule of bacterial origin / MHC class I peptide loading complex / HFE-transferrin receptor complex / T cell mediated cytotoxicity / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / positive regulation of T cell cytokine production / MHC class I protein complex / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / negative regulation of neurogenesis / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / MHC class II protein complex / cellular response to nicotine / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / specific granule lumen / recycling endosome membrane / phagocytic vesicle membrane / peptide antigen binding / positive regulation of cellular senescence / negative regulation of epithelial cell proliferation / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / Interferon gamma signaling / positive regulation of immune response / Modulation by Mtb of host immune system / positive regulation of T cell activation / sensory perception of smell / negative regulation of neuron projection development / positive regulation of protein binding / tertiary granule lumen / DAP12 signaling / MHC class II protein complex binding / early endosome membrane / late endosome membrane / iron ion transport / ER-Phagosome pathway / T cell differentiation in thymus / protein refolding / symbiont-mediated suppression of host ISG15-protein conjugation / protein homotetramerization / intracellular iron ion homeostasis / amyloid fibril formation / host cell cytoplasm / learning or memory / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / immune response / Amyloid fiber formation / Golgi membrane / endoplasmic reticulum lumen / external side of plasma membrane / lysosomal membrane / focal adhesion / signaling receptor binding / host cell nucleus / Neutrophil degranulation / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / structural molecule activity / Golgi apparatus / endoplasmic reticulum / protein homodimerization activity / RNA binding / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding / membrane / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Influenza B non-structural protein (NS1) / Influenza non-structural protein (NS1) / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / : / Beta-2-Microglobulin / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / : ...Influenza B non-structural protein (NS1) / Influenza non-structural protein (NS1) / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / : / Beta-2-Microglobulin / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / : / S15/NS1, RNA-binding / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Non-structural protein 1 / Beta-2-microglobulin / MHC class I antigen
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Influenza B virus (B型インフルエンザウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.87 Å
データ登録者Nguyen, A.T. / Szeto, C. / Gras, S.
資金援助 オーストラリア, 1件
組織認可番号国
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia)1159272 オーストラリア
引用ジャーナル: Plos Pathog. / 年: 2022
タイトル: HLA-A*11:01-restricted CD8+ T cell immunity against influenza A and influenza B viruses in Indigenous and non-Indigenous people.
著者: Habel, J.R. / Nguyen, A.T. / Rowntree, L.C. / Szeto, C. / Mifsud, N.A. / Clemens, E.B. / Loh, L. / Chen, W. / Rockman, S. / Nelson, J. / Davies, J. / Miller, A. / Tong, S.Y.C. / Rossjohn, J. ...著者: Habel, J.R. / Nguyen, A.T. / Rowntree, L.C. / Szeto, C. / Mifsud, N.A. / Clemens, E.B. / Loh, L. / Chen, W. / Rockman, S. / Nelson, J. / Davies, J. / Miller, A. / Tong, S.Y.C. / Rossjohn, J. / Gras, S. / Purcell, A.W. / Hensen, L. / Kedzierska, K. / Illing, P.T.
履歴
登録2021年9月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年2月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年3月30日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HLA class I histocompatibility antigen, A alpha chain
B: Beta-2-microglobulin
C: Non-structural protein 1 peptide RVLVNGTFLK
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,2664
ポリマ－45,1703
非ポリマー961
水4,143230
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4730 Å2
ΔGint-33 kcal/mol
Surface area19180 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)50.875, 82.262, 57.027
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 113.040, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 HLA class I histocompatibility antigen, A alpha chain


分子量: 32142.363 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HLA-A / プラスミド: pET / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: U5YJK1
#2: タンパク質 Beta-2-microglobulin


分子量: 11879.356 Da / 分子数: 1 / Fragment: UNP residues 21-119 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: B2M, CDABP0092, HDCMA22P / プラスミド: pET / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P61769
#3: タンパク質・ペプチド Non-structural protein 1 peptide RVLVNGTFLK / NS1 / NS1A


分子量: 1148.398 Da / 分子数: 1 / Fragment: UNP residues 186-195 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: peptide from Influenza B
由来: (合成) Influenza B virus (B型インフルエンザウイルス)
参照: UniProt: P12601
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 230 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.41 % / Mosaicity: 0.18 °
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 26% PEG 3350, 0.1M BisTris pH 6.3, 0.2M Lithium Sulfate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 12M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年10月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.82→46.82 Å / Num. obs: 38748 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.8 % / Biso Wilson estimate: 26.21 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.125 / Rpim(I) all: 0.052 / Rrim(I) all: 0.135 / Net I/σ(I): 9.9 / Num. measured all: 265223 / Scaling rejects: 113
反射 シェル解像度: 1.82→1.86 Å / 冗長度: 7 % / Rmerge(I) obs: 1.183 / Num. unique obs: 2267 / CC1/2: 0.682 / Rpim(I) all: 0.481 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.3精密化
Aimless0.7.4データスケーリング
XDSdata processing
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
Cootモデル構築
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4MJ5

4mj5


解像度: 1.87→25.39 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.927 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.912 / SU R Cruickshank DPI: 0.142 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.143 / SU Rfree Blow DPI: 0.13 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.13
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.225 1904 5.33 %RANDOM
Rwork0.194 ---
obs0.196 35694 99.8 %-
原子変位パラメータBiso max: 98.71 Å2 / Biso mean: 29.98 Å2 / Biso min: 12.28 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.0143 Å20 Å26.9701 Å2
2--8.1121 Å20 Å2
3----6.0978 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.25 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.87→25.39 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3153 0 5 230 3388
Biso mean--44.61 35.5 -
残基数----384
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1133SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes568HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it3261HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion403SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact3843SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d3261HARMONIC20.01
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg4429HARMONIC21.04
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.6
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion17.16
LS精密化 シェル解像度: 1.87→1.88 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 50
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3021 40 5.6 %
Rwork0.1995 674 -
all0.2055 714 -
obs--99.71 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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