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- PDB-7s80: Crystal structure of iAChSnFR Acetylcholine Sensor precursor bind... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7s80
タイトルCrystal structure of iAChSnFR Acetylcholine Sensor precursor binding protein
要素iAchSnFR Fluorescent Acetylcholine Sensor precursor binding protein
キーワードFLUORESCENT PROTEIN / Acetylcholine / periplasmic binding protein / nicotine-binding protein / fluorescent sensor / pharmacokinetic sensor / CHOLINE-BINDING PROTEIN
機能・相同性MALONATE ION
機能・相同性情報
生物種Thermoanaerobacter sp. X513 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.4 Å
データ登録者Fan, C. / Borden, P.M. / Looger, L.L. / Lester, H.A. / Rees, D.C.
資金援助 米国, 6件
組織認可番号国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI) 米国
National Institutes of Health/National Institute on Drug Abuse (NIH/NIDA)DA037161 米国
National Institutes of Health/National Institute on Drug Abuse (NIH/NIDA)DA043829 米国
National Institutes of Health/National Institute on Drug Abuse (NIH/NIDA)GM123582 米国
Tobacco-Related Disease Research Program (TRDRP)23XT-0007 米国
Tobacco-Related Disease Research Program (TRDRP)27IP-0057 米国
引用ジャーナル: Ph.D.Thesis,California Institute of Technology
年: 2020
タイトル: Structure, Function, and Application of Bacterial ABC Transporters
著者: Fan, C.
履歴
登録2021年9月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年10月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年11月3日Group: Structure summary / カテゴリ: struct / struct_keywords
Item: _struct.title / _struct_keywords.pdbx_keywords / _struct_keywords.text
改定 1.22022年4月27日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.32023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: iAchSnFR Fluorescent Acetylcholine Sensor precursor binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,1653
ポリマ－33,0011
非ポリマー1642
水3,081171
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)41.536, 60.816, 58.657
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 100.519, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

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要素

#1: タンパク質 iAchSnFR Fluorescent Acetylcholine Sensor precursor binding protein


分子量: 33000.836 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermoanaerobacter sp. X513 (バクテリア)
発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
#2: 化合物 ChemComp-MLI / MALONATE ION / マロナ-ト


分子量: 102.046 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H2O4
#3: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 171 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.27 %
結晶化温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5 / 詳細: 25% PEG 1,500 0.1M MIB, pH 5.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年6月20日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.4→33.9 Å / Num. obs: 55565 / % possible obs: 98.09 % / 冗長度: 6.7 % / Biso Wilson estimate: 21.36 Å2 / CC1/2: 0.998 / CC star: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.06134 / Rpim(I) all: 0.02555 / Rrim(I) all: 0.06659 / Net I/σ(I): 12.83
反射 シェル解像度: 1.4→1.45 Å / 冗長度: 6.6 % / Rmerge(I) obs: 1.209 / Mean I/σ(I) obs: 1.23 / Num. unique obs: 5503 / CC1/2: 0.776 / CC star: 0.935 / Rpim(I) all: 0.504 / Rrim(I) all: 1.312 / % possible all: 97.79

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1_3660精密化
PHASER位相決定
Aimlessデータスケーリング
XDSデータ削減
Blu-Iceデータ収集
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7S7T

7s7t


解像度: 1.4→33.9 Å / SU ML: 0.1475 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 25.8006
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1953 2000 3.6 %
Rwork0.1696 --
obs0.1705 55498 98.06 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 37.06 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.4→33.9 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2212 0 11 171 2394
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00452303
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.74633124
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0743353
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0052400
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.2848865
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.4-1.430.35381410.32113779X-RAY DIFFRACTION96.84
1.43-1.470.28751420.28523805X-RAY DIFFRACTION98.48
1.47-1.520.24941440.23383804X-RAY DIFFRACTION97.82
1.52-1.570.24941400.23763X-RAY DIFFRACTION97.53
1.57-1.620.22721380.18313687X-RAY DIFFRACTION95.1
1.62-1.690.19641440.15833862X-RAY DIFFRACTION99.16
1.69-1.760.19051440.16023835X-RAY DIFFRACTION99.08
1.76-1.860.22021430.17293831X-RAY DIFFRACTION98.54
1.86-1.970.24281420.17783820X-RAY DIFFRACTION97.71
1.97-2.120.19891410.16713780X-RAY DIFFRACTION97.56
2.13-2.340.2111460.16813896X-RAY DIFFRACTION99.36
2.34-2.680.20591440.17773840X-RAY DIFFRACTION98.69
2.68-3.370.18441430.18453858X-RAY DIFFRACTION98.16
3.37-33.90.16731480.14473938X-RAY DIFFRACTION98.81

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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