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- PDB-5od5: Periplasmic binding protein CeuE complexed with a synthetic catalyst -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5od5
タイトルPeriplasmic binding protein CeuE complexed with a synthetic catalyst
要素Enterochelin ABC transporter substrate-binding protein
キーワードTRANSPORT PROTEIN / CeuE / mettalloenzeyme / Synthetic catalyst / sidephore
機能・相同性
機能・相同性情報


iron coordination entity transport / outer membrane-bounded periplasmic space / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
FatB domain / : / ABC transporter periplasmic binding domain / Periplasmic binding protein / Iron siderophore/cobalamin periplasmic-binding domain profile. / Nitrogenase molybdenum iron protein domain / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
2,5,8,11,14,17,20,23-OCTAOXAPENTACOSAN-25-OL / Azotochelin / Chem-9RT / : / : / PHOSPHATE ION / Chem-RIR / Enterochelin ABC transporter substrate-binding protein / Enterochelin uptake periplasmic binding protein
類似検索 - 構成要素
生物種Campylobacter jejuni (カンピロバクター)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Duhme-Klair, A.K. / Raines, D.J. / Clarke, J.E. / Blagova, E.V. / Dodson, E.J. / Wilson, K.S.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Engineering and Physical Sciences Research CouncilEP/L024829/1 英国
引用ジャーナル: Nat Catal / 年: 2018
タイトル: Redox-switchable siderophore anchor enables reversible artificial metalloenzyme assembly
著者: Raines, A.D.J. / Clarke, J.E. / Blagova, E. / Dodson, E.J. / Wilson, K.S. / Duhme-Klair, A.K.
履歴
登録2017年7月4日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年8月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年9月26日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年5月8日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / struct_conn / struct_conn_type
Item: _citation.country / _citation.journal_id_ISSN ..._citation.country / _citation.journal_id_ISSN / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn_type.id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Enterochelin ABC transporter substrate-binding protein
B: Enterochelin ABC transporter substrate-binding protein
C: Enterochelin ABC transporter substrate-binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)99,60722
ポリマ－95,5703
非ポリマー4,03719
水2,108117
1
A: Enterochelin ABC transporter substrate-binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,2237
ポリマ－31,8571
非ポリマー1,3666
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Enterochelin ABC transporter substrate-binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,9697
ポリマ－31,8571
非ポリマー1,1126
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Enterochelin ABC transporter substrate-binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,4158
ポリマ－31,8571
非ポリマー1,5587
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)56.692, 62.759, 68.195
Angle α, β, γ (deg.)87.380, 76.900, 79.270
Int Tables number1
Space group name H-MP1
詳細biological unit is the same as asym.

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要素

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タンパク質 , 1種, 3分子 ABC

#1: タンパク質 Enterochelin ABC transporter substrate-binding protein / Ceue with Redox-switchable siderophore


分子量: 31856.744 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Campylobacter jejuni (カンピロバクター)
遺伝子: AD53_07815, BKM79_06765 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A1E7P069, UniProt: Q0P8Q4*PLUS

-
非ポリマー , 8種, 136分子

#2: 化合物 ChemComp-FE / FE (III) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#3: 化合物
ChemComp-IR / IRIDIUM ION


分子量: 192.217 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ir
#4: 化合物 ChemComp-95B / Azotochelin / アゾトケリン


分子量: 418.397 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H22N2O8
#5: 化合物 ChemComp-9RT / 4-(aminomethyl)-~{N}-(pyridin-2-ylmethyl)benzenesulfonamide


分子量: 277.342 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C13H15N3O2S
#6: 化合物 ChemComp-RIR / [(1,2,3,4,5-Eta)-1,2,3,4,5-Pentamethylcyclopentadienyl]iridium(III) / 1,2,3,4,5-ペンタメチル-2,4-シクロペンタジエニルイリジウム(I)


分子量: 327.443 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15Ir
#7: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#8: 化合物 ChemComp-7PG / 2,5,8,11,14,17,20,23-OCTAOXAPENTACOSAN-25-OL / オクタエチレングリコ-ルモノメチルエ-テル


分子量: 384.462 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H36O9
#9: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 117 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 49 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 9
詳細: 0.1M succinic acid, sodium dihydrogen phosphate, glycine. 25% PEG1500

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9762 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 R CdTe 300K / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年4月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9762 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→66.42 Å / Num. obs: 83133 / % possible obs: 97.9 % / 冗長度: 5.3 % / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.113 / Net I/σ(I): 7.4
反射 シェル解像度: 1.8→1.83 Å / 冗長度: 6.4 % / Rmerge(I) obs: 1.622 / CC1/2: 0.502 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0158精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.9→66.42 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.969 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.95 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.145 / ESU R Free: 0.14
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2232 3437 4.9 %RANDOM
Rwork0.1766 ---
obs0.1789 70601 99.59 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 163.14 Å2 / Biso mean: 44.1571 Å2 / Biso min: 19.62 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.44 Å2-0.43 Å20.27 Å2
2--2.29 Å20.23 Å2
3----0.96 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→66.42 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6729 0 164 117 7010
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0180.0197019
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d00.026852
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8511.9879424
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg3.712.98315976
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.6085863
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.63326.033300
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.256151330
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.1191512
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1180.21077
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.0217568
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0120.021206
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.8284.0863458
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other3.8284.0853457
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it5.1286.1084319
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.949 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.314 270 -
Rwork0.268 4943 -
all-5213 -
obs--99.81 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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