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- PDB-7s7m: Complex of tissue inhibitor of metalloproteinases-1 (TIMP-1) muta... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7s7m
タイトルComplex of tissue inhibitor of metalloproteinases-1 (TIMP-1) mutant (L34G/M66D/T98G/P131S/Q153N) with matrix metalloproteinase-3 catalytic domain (MMP-3cd)
要素
  • Metalloproteinase inhibitor 1
  • Stromelysin-1
キーワードHYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / metalloproteinase / metalloproteinase inhibitor / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of integrin-mediated signaling pathway / negative regulation of metallopeptidase activity / stromelysin 1 / negative regulation of trophoblast cell migration / negative regulation of membrane protein ectodomain proteolysis / connective tissue replacement involved in inflammatory response wound healing / metalloendopeptidase inhibitor activity / TGFBR3 PTM regulation / negative regulation of catalytic activity / cellular response to UV-A ...regulation of integrin-mediated signaling pathway / negative regulation of metallopeptidase activity / stromelysin 1 / negative regulation of trophoblast cell migration / negative regulation of membrane protein ectodomain proteolysis / connective tissue replacement involved in inflammatory response wound healing / metalloendopeptidase inhibitor activity / TGFBR3 PTM regulation / negative regulation of catalytic activity / cellular response to UV-A / cellular response to peptide / negative regulation of endopeptidase activity / peptidase inhibitor activity / regulation of neuroinflammatory response / cartilage development / Assembly of collagen fibrils and other multimeric structures / Interleukin-10 signaling / Activation of Matrix Metalloproteinases / response to amyloid-beta / Collagen degradation / negative regulation of reactive oxygen species metabolic process / collagen catabolic process / basement membrane / extracellular matrix disassembly / response to hormone / Degradation of the extracellular matrix / extracellular matrix organization / EGFR Transactivation by Gastrin / extracellular matrix / response to cytokine / cellular response to nitric oxide / negative regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / regulation of cell migration / platelet alpha granule lumen / cytokine activity / cellular response to reactive oxygen species / Post-translational protein phosphorylation / cellular response to amino acid stimulus / positive regulation of protein-containing complex assembly / growth factor activity / protein catabolic process / metalloendopeptidase activity / response to peptide hormone / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / metallopeptidase activity / Platelet degranulation / peptidase activity / cellular response to lipopolysaccharide / protease binding / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / endopeptidase activity / Extra-nuclear estrogen signaling / endoplasmic reticulum lumen / innate immune response / serine-type endopeptidase activity / positive regulation of cell population proliferation / negative regulation of apoptotic process / mitochondrion / proteolysis / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / zinc ion binding / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Protease inhibitor I35 (TIMP) / Proteinase inhibitor I35b (TIMP), C-terminal / Tissue inhibitor of metalloproteinase, conserved site / Tissue inhibitor of metalloproteinase / Tissue inhibitors of metalloproteinases signature. / Tissue inhibitor of metalloproteinase family. / Netrin domain / NTR domain profile. / Tissue inhibitor of metalloproteinases-like, OB-fold / Hemopexin, conserved site ...Protease inhibitor I35 (TIMP) / Proteinase inhibitor I35b (TIMP), C-terminal / Tissue inhibitor of metalloproteinase, conserved site / Tissue inhibitor of metalloproteinase / Tissue inhibitors of metalloproteinases signature. / Tissue inhibitor of metalloproteinase family. / Netrin domain / NTR domain profile. / Tissue inhibitor of metalloproteinases-like, OB-fold / Hemopexin, conserved site / Hemopexin domain signature. / Hemopexin-like domain / Peptidoglycan binding-like / Peptidase M10A, cysteine switch, zinc binding site / Matrixins cysteine switch. / Hemopexin-like repeats / Hemopexin-like domain superfamily / Hemopexin / Putative peptidoglycan binding domain / Hemopexin repeat profile. / Hemopexin-like repeats. / Peptidase M10A / Peptidase M10A, catalytic domain / Peptidase M10, metallopeptidase / Matrixin / PGBD-like superfamily / Peptidase, metallopeptidase / Zinc-dependent metalloprotease / Metallopeptidase, catalytic domain superfamily / Neutral zinc metallopeptidases, zinc-binding region signature.
類似検索 - ドメイン・相同性
Metalloproteinase inhibitor 1 / Stromelysin-1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Coban, M. / Raeeszadeh-Sarmazdeh, M. / Sankaran, B. / Hockla, A. / Radisky, E.S.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)CA205471 米国
Department of Defense (DOD, United States)W81XWH-16-2-0030 米国
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2022
タイトル: Engineering of tissue inhibitor of metalloproteinases TIMP-1 for fine discrimination between closely related stromelysins MMP-3 and MMP-10.
著者: Raeeszadeh-Sarmazdeh, M. / Coban, M. / Mahajan, S. / Hockla, A. / Sankaran, B. / Downey, G.P. / Radisky, D.C. / Radisky, E.S.
履歴
登録2021年9月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年3月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.22024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Stromelysin-1
B: Metalloproteinase inhibitor 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,2607
ポリマ－40,0092
非ポリマー2515
水90150
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: homology
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2200 Å2
ΔGint-76 kcal/mol
Surface area15460 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)69.280, 69.280, 318.980
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number179
Space group name H-MP6522
Space group name HallP652(x,y,z+1/12)
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x-y,x,z+5/6
#3: y,-x+y,z+1/6
#4: -y,x-y,z+2/3
#5: -x+y,-x,z+1/3
#6: x-y,-y,-z
#7: -x,-x+y,-z+1/3
#8: -x,-y,z+1/2
#9: y,x,-z+2/3
#10: -y,-x,-z+1/6
#11: -x+y,y,-z+1/2
#12: x,x-y,-z+5/6

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要素

#1: タンパク質 Stromelysin-1 / SL-1 / Matrix metalloproteinase-3 / MMP-3 / Transin-1


分子量: 19416.529 Da / 分子数: 1 / 断片: Catalytic domain (UNP residues 100-272) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MMP3, STMY1 / 細胞株 (発現宿主): HEK-293 FreeStyle / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P08254, stromelysin 1
#2: タンパク質 Metalloproteinase inhibitor 1 / Erythroid-potentiating activity / EPA / Fibroblast collagenase inhibitor / Collagenase inhibitor / ...Erythroid-potentiating activity / EPA / Fibroblast collagenase inhibitor / Collagenase inhibitor / Tissue inhibitor of metalloproteinases 1 / TIMP-1


分子量: 20592.516 Da / 分子数: 1 / Mutation: L34G, M66D, T98G, P131S, Q153N / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TIMP1, CLGI, TIMP / 細胞株 (発現宿主): HEK-293 FreeStyle / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P01033
#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 50 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.95 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.32 %
結晶化温度: 310 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 0.1 M ammonium acetate, 0.1 M Bis-Tris-HCl, pH 5.5, 17% w/v PEG10000

-
データ収集

回折平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.1 / 波長: 0.999995 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2019年6月12日
放射モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.999995 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→15.63 Å / Num. obs: 9900 / % possible obs: 94.7 % / 冗長度: 3.1 % / Biso Wilson estimate: 77.47 Å2 / CC1/2: 0.943 / Rmerge(I) obs: 0.125 / Rpim(I) all: 0.084 / Rrim(I) all: 0.152 / Net I/σ(I): 6.7
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) all% possible all
6.33-15.634.10.04916.316840.9980.0270.05699.7
5.08-6.3330.079.617280.990.0460.08499.8
4.46-5.082.80.07810.616930.9840.0540.09699.8
4.06-4.462.70.1148.316860.9650.080.1499.88
3.77-4.062.60.216.714930.5140.1620.26886.25
3.55-3.772.80.2525.214300.7510.180.31284.57
3.38-3.552.910.4073.613460.6180.2870.50178.99
3.23-3.383.20.4012.416980.780.2610.48199.07
3.11-3.233.40.5821.616820.6760.3710.69399.06
3-3.113.40.7721.216650.4690.4850.91599.64

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.15rc3_3435精密化
iMOSFLM7.2.2データ削減
Aimless0.7.2データスケーリング
MOLREP11.7.01位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1UEA

1uea


解像度: 3→15.63 Å / SU ML: 0.4212 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.4598
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2484 465 5.02 %random
Rwork0.2023 ---
obs0.2047 9263 94.57 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1 Å
原子変位パラメータBiso mean: 79.87 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→15.63 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2505 0 5 50 2560
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00772576
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.98023519
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0594392
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0072454
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.80261482
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3-3.430.36651560.28462958X-RAY DIFFRACTION98.92
3.43-4.310.27221380.23282596X-RAY DIFFRACTION84.93
4.31-15.630.20631710.16283244X-RAY DIFFRACTION99.68
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.705410395350.9850312162740.1209179280995.651341783271.813033113914.43272133187-0.04381048992940.04049573136370.07930855653580.0866077272308-0.06215037323010.5734971602660.570657567664-0.7518420271310.139105794850.516434644219-0.05108468169230.1209094202030.663267184740.1440806681150.63298414233610.009029847532.7486420859170.150895285
23.916610283071.29220881446-0.7533019857492.356842269392.118854840773.18180693471-0.240683060455-0.8577122033070.8420470367620.7209746832750.475296331211-0.09067649665930.945197848827-0.0771018746183-0.492361838030.724709587861-0.06221073359570.03480697203351.035873902060.1900901787790.62959691045423.118763764940.3385661924183.016635082
34.77888441706-5.475631351050.1751511995456.66884439743-0.8530312419131.12109348553-0.03537993652340.7429166945431.585942288270.633083240170.452555075154-0.701460023851-0.8530074170340.6620927764660.7502838931391.052525967640.08056869648490.1360381083650.5003548347860.2179572451710.54173194869526.057896174942.626477224174.474951287
44.800758270530.7660613895981.964702921539.17095647456-2.303212824943.849924271590.1420523572830.2267370138560.5487649537940.649724910233-0.104844015996-0.352398202313-0.241680455566-0.640648418239-0.01291729165710.606482735520.06321208916490.2235787254930.6023408714350.06249173530380.455213936618.450356790139.8301166693171.849255615
53.91809118763-3.214095359851.36811366159.57086134252-2.938685284360.980539657821-0.255095738167-0.04055174283350.5388176381730.8076132397690.886421201889-0.407535568190.623427454345-0.991928550123-0.4638804251480.744030998230.03894387453910.1441089124670.44191752310.2579332640270.37230700271718.864945725534.084341463166.952166102
64.090644047244.10912005202-1.393918311597.610899306281.088968540953.00102571532-0.9798529506411.561288011310.169686988359-0.2424066906250.758775176604-0.146482382782-0.521111549944-0.4165391957270.06926026373490.7856955360330.02228482878440.1811935616620.6886340789880.311173065850.83353626532328.314283785829.1061069716163.108571643
75.93157624973.45464673995-2.17952902862.85897113695-1.957767177711.39750363361.56085808869-0.3234226001660.152173844637-1.12483426203-0.368152736949-0.0995924196584-0.9039788460190.119244824938-0.5765477067141.04443251322-0.03893802599150.06869274099080.5167558023020.1482955811680.7010769560426.932363192537.7078937736161.518984831
84.44109761102-1.882244376332.719061794423.088221821.376763859349.38556468909-0.2120982348041.360477336310.326438547412-0.5182309684190.217740487973-0.2192022383391.00091499539-0.37239278238-0.260222340070.572990128144-0.1565826839630.05961298592610.7044125811310.1725897581720.86508603239420.073371760126.6668402121158.351298977
95.146268344330.9775186245951.794977369674.72170424562-1.892294425865.265420936350.161959915562-0.203334394388-0.3733638624180.5913621571310.0915803054761-0.2543006106170.09613147503950.049416583082-0.1253986767460.8611150614780.0210607639223-0.04047640271290.4418394061070.1000287267450.43823155825641.330284469436.1329737745179.598663448
102.04307584339-4.941894223-4.258543576165.162348370964.406519482313.88770508898-0.3418468961120.680104562105-1.19002638831.46633782461-0.1594562751210.6119540521330.235291779525-0.1603077188490.7365971732011.19720623139-0.245067266073-0.0861485114520.4272103618130.1824195366330.53728608713943.042127867739.6539479065179.692695076
114.034893977482.7365051658-1.785491081268.50956990712-6.397666882939.475898370740.286933273812-0.1027402489240.3355096462920.303195946304-0.4694988447530.5171734117060.861122485611-0.994257558274-1.13437932040.813517798623-0.172662672145-0.03674823430450.5115711936510.1510732501560.50582059864337.272927856839.2410116365180.523798437
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精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 88 through 147 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 148 through 157 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 158 through 167 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 168 through 194 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 195 through 207 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 208 through 217 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 218 through 227 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 228 through 247 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 1 through 81 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 82 through 90 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 91 through 101 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 102 through 117 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 118 through 158 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 159 through 170 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'B' and (resid 171 through 179 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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