PDB-7s6p: The crystal structure of human ISG15

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7s6p

タイトル

The crystal structure of human ISG15

要素

Ubiquitin-like protein ISG15

キーワード

SIGNALING PROTEIN / ISG15 / ubiquitin / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID

機能・相同性

機能・相同性情報

ISG15-protein conjugation / positive regulation of protein oligomerization / regulation of type II interferon production / NS1 Mediated Effects on Host Pathways / protein localization to mitochondrion / response to type I interferon / Modulation of host responses by IFN-stimulated genes / negative regulation of type I interferon-mediated signaling pathway / negative regulation of viral genome replication / RSV-host interactions ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.15 Å

データ登録者

Osipiuk, J. / Tesar, C. / Jedrzejczak, R. / Endres, M. / Wydorski, P. / Joachimiak, L. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

資金援助

米国, 2件

組織	認可番号	国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)	HHSN272201200026C	米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)	HHSN272201700060C	米国

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023
タイトル: Dual domain recognition determines SARS-CoV-2 PLpro selectivity for human ISG15 and K48-linked di-ubiquitin.
著者: Wydorski, P.M. / Osipiuk, J. / Lanham, B.T. / Tesar, C. / Endres, M. / Engle, E. / Jedrzejczak, R. / Mullapudi, V. / Michalska, K. / Fidelis, K. / Fushman, D. / Joachimiak, A. / Joachimiak, L.A.

履歴

登録	2021年9月14日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2021年9月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年5月31日	Group: Database references / Refinement description カテゴリ: citation / citation_author / struct_ncs_dom_lim Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.2	2023年10月25日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.3	2024年11月13日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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その他	その他のダウンロード

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文書・詳細版	7s6p_full_validation.pdf.gz	483.9 KB	表示
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CIF形式データ	7s6p_validation.cif.gz	45 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s6/7s6p ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s6/7s6p	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	7rbrC 7rbsC 7s6oC 7uv5C 1z2mS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	7s6p-4 7s6p-5 5ltl-d 5chw-10 7s6p-3 7s6p-2 5chf-3 1z2m-d 5chw-8 4s22-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#60 - 2004年12月ユビキチン (Ubiquitin) 類似性 (1) #205 - 2017年1月核膜孔複合体 (Nuclear Pore Complex) 類似性 (1) #85 - 2007年1月インポーチン (Importins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Ubiquitin-like protein ISG15

B: Ubiquitin-like protein ISG15

C: Ubiquitin-like protein ISG15

D: Ubiquitin-like protein ISG15

E: Ubiquitin-like protein ISG15

F: Ubiquitin-like protein ISG15

104 kDa, 6 ポリマー
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1

A: Ubiquitin-like protein ISG15

登録者が定義した集合体
17.3 kDa, 1 ポリマー
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2

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3

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4

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5

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6

F: Ubiquitin-like protein ISG15

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単位格子

Length a, b, c (Å)	52.210, 134.862, 78.016
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 108.420, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: TRP / Beg label comp-ID: TRP / Refine code: _

Dom-ID	Ens-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	LEU	LEU	A	A	3 - 152	5 - 154
2	1	LEU	LEU	B	B	3 - 152	5 - 154
1	2	ARG	ARG	A	A	3 - 153	5 - 155
2	2	ARG	ARG	C	C	3 - 153	5 - 155
1	3	ASN	ASN	A	A	3 - 151	5 - 153
2	3	ASN	ASN	D	D	3 - 151	5 - 153
1	4	ARG	ARG	A	A	3 - 153	5 - 155
2	4	ARG	ARG	E	E	3 - 153	5 - 155
1	5	ARG	ARG	A	A	3 - 153	5 - 155
2	5	ARG	ARG	F	F	3 - 153	5 - 155
1	6	LEU	LEU	B	B	3 - 152	5 - 154
2	6	LEU	LEU	C	C	3 - 152	5 - 154
1	7	ASN	ASN	B	B	3 - 151	5 - 153
2	7	ASN	ASN	D	D	3 - 151	5 - 153
1	8	LEU	LEU	B	B	3 - 152	5 - 154
2	8	LEU	LEU	E	E	3 - 152	5 - 154
1	9	ARG	ARG	B	B	3 - 153	5 - 155
2	9	ARG	ARG	F	F	3 - 153	5 - 155
1	10	ASN	ASN	C	C	3 - 151	5 - 153
2	10	ASN	ASN	D	D	3 - 151	5 - 153
1	11	ARG	ARG	C	C	3 - 153	5 - 155
2	11	ARG	ARG	E	E	3 - 153	5 - 155
1	12	ARG	ARG	C	C	3 - 153	5 - 155
2	12	ARG	ARG	F	F	3 - 153	5 - 155
1	13	ASN	ASN	D	D	3 - 151	5 - 153
2	13	ASN	ASN	E	E	3 - 151	5 - 153
1	14	LEU	LEU	D	D	3 - 152	5 - 154
2	14	LEU	LEU	F	F	3 - 152	5 - 154
1	15	ARG	ARG	E	E	3 - 153	5 - 155
2	15	ARG	ARG	F	F	3 - 153	5 - 155

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4
5
6
7
8
9
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15

#1: タンパク質	Ubiquitin-like protein ISG15 / Interferon-induced 15 kDa protein / Interferon-induced 17 kDa protein / IP17 / Ubiquitin cross- ...Interferon-induced 15 kDa protein / Interferon-induced 17 kDa protein / IP17 / Ubiquitin cross-reactive protein / hUCRP 分子量: 17304.764 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ISG15, G1P2, UCRP / プラスミド: pMCSG53 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P05161
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 119 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.51 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.99 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.04 M potassium phosphate, 16% PEG8000, 20% glycerol

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9792 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS3 X 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年7月23日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9792 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.15→46.54 Å / Num. obs: 54460 / % possible obs: 98.3 % / 冗長度: 3.4 % / CC_1/2: 0.991 / CC star: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.07 / R_pim(I) all: 0.044 / R_rim(I) all: 0.083 / Χ²: 1.274 / Net I/av σ(I): 21.2 / Net I/σ(I): 7.6

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	CC star	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
2.15-2.19	2.8	0.946	1.12	2545	0.511	0.822	0.64	1.147	0.912	91.6
2.19-2.23	3	0.871		2683	0.567		0.577	1.049	0.911	97.1
2.23-2.27	3.1	0.742		2725	0.689		0.488	0.892	0.925	98.1
2.27-2.32	3.3	0.67		2687	0.766		0.428	0.798	0.915	98.5
2.32-2.37	3.3	0.578		2773	0.816		0.368	0.688	0.967	98.4
2.37-2.42	3.2	0.455		2615	0.842		0.3	0.548	0.97	96.7
2.42-2.48	3.5	0.424		2763	0.884		0.266	0.502	0.958	99.4
2.48-2.55	3.5	0.344		2731	0.926		0.213	0.406	1	99.7
2.55-2.62	3.5	0.263		2761	0.947		0.164	0.311	1.088	99.6
2.62-2.71	3.5	0.232		2742	0.956		0.146	0.274	1.136	99.1
2.71-2.81	3.5	0.179		2727	0.97		0.113	0.212	1.162	98.7
2.81-2.92	3.3	0.143		2704	0.975		0.093	0.172	1.297	98
2.92-3.05	3.3	0.111		2726	0.986		0.071	0.133	1.446	98.3
3.05-3.21	3.6	0.094		2766	0.988		0.058	0.111	1.607	99.7
3.21-3.41	3.5	0.079		2738	0.992		0.049	0.093	1.711	99.5
3.41-3.68	3.5	0.067		2744	0.992		0.042	0.08	1.833	98.8
3.68-4.05	3.3	0.054		2700	0.994		0.034	0.064	1.59	97.5
4.05-4.63	3.6	0.048		2794	0.996		0.03	0.057	1.707	99.9
4.63-5.83	3.4	0.045		2726	0.995		0.029	0.053	1.656	98
5.83-46.54	3.5	0.042		2810	0.997		0.027	0.05	1.363	98.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-3000		データスケーリング
REFMAC	5.8.0267	精密化
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 1Z2M

1z2m

解像度: 2.15→46.54 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.963 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.941 / SU B: 21.209 / SU ML: 0.237 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.268 / ESU R Free: 0.218 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2677	2625	4.8 %	RANDOM
R_work	0.2205	-	-	-
obs	0.2228	51806	98.11 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 132.57 Å² / B_iso mean: 54.089 Å² / B_iso min: 30.79 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.6 Å²	-0 Å²	-3.23 Å²
2-	-	-0.05 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.5 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.15→46.54 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6965	0	0	119	7084
B_iso mean	-	-	-	44.77	-
残基数	-	-	-	-	903

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.013	7129
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	7004
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.607	1.631	9673
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.251	1.577	16145
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.464	5	908
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.57	23.483	333
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.268	15	1282
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.443	15	36
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.065	0.2	903
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	8020
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1540

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	4293	0.1
1	2	B	4293	0.1
2	1	A	4362	0.1
2	2	C	4362	0.1
3	1	A	4283	0.1
3	2	D	4283	0.1
4	1	A	4325	0.12
4	2	E	4325	0.12
5	1	A	4206	0.11
5	2	F	4206	0.11
6	1	B	4353	0.1
6	2	C	4353	0.1
7	1	B	4292	0.11
7	2	D	4292	0.11
8	1	B	4298	0.11
8	2	E	4298	0.11
9	1	B	4240	0.11
9	2	F	4240	0.11
10	1	C	4265	0.1
10	2	D	4265	0.1
11	1	C	4346	0.1
11	2	E	4346	0.1
12	1	C	4244	0.1
12	2	F	4244	0.1
13	1	D	4290	0.11
13	2	E	4290	0.11
14	1	D	4170	0.12
14	2	F	4170	0.12
15	1	E	4222	0.11
15	2	F	4222	0.11

LS精密化シェル

解像度: 2.152→2.207 Å / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.431	188	-
R_work	0.412	3546	-
all	-	3734	-
obs	-	-	91.12 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.3391	0.0767	1.1486	1.1394	0.7629	4.155	-0.1364	0.0305	0.0438	-0.0764	0.014	-0.0544	-0.3716	0.0568	0.1225	0.3188	-0.1406	0.0181	0.0784	0.0134	0.0755	31.8752	67.4276	52.7934
2	0.6637	0.1105	1.3512	1.3183	-0.5041	3.1759	-0.2575	-0.0196	0.111	-0.1754	0.0636	0.0846	-0.4333	-0.0369	0.1938	0.333	0.0446	-0.0086	0.1047	0.0021	0.0798	9.3354	67.3398	60.0249
3	0.8541	0.8955	1.377	2.2091	1.7019	2.2823	-0.0026	-0.0451	-0.0209	0.2771	-0.0003	-0.026	0.0193	-0.0616	0.0029	0.4035	-0.0608	0.006	0.0183	-0.0047	0.1047	17.4447	34.9791	77.6323
4	0.065	0.3656	0.0831	5.059	0.4027	0.1135	0.1151	-0.0204	0.0091	0.2999	-0.1628	-0.4128	0.1364	-0.0355	0.0477	0.2754	-0.0277	-0.0246	0.0505	0.0114	0.2456	38.1667	32.8233	67.1807
5	0.1691	-0.7894	0.2125	3.808	-0.7602	0.9258	0.0701	0.0037	-0.0362	-0.2813	-0.0001	0.2582	0.2203	0.0108	-0.07	0.2243	0.0285	-0.0842	0.0433	0.0012	0.2716	2.266	34.1316	43.2777
6	0.7441	-0.8521	1.41	3.6604	-1.7415	2.6944	-0.0557	0.0634	0.0281	-0.3646	-0.0167	0.1577	-0.0561	0.1521	0.0723	0.275	0.0849	0.0151	0.098	0.0394	0.0738	23.4534	36.0769	33.3508

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	3 - 153
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	2 - 153
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	3 - 153
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	3 - 152
5	X-RAY DIFFRACTION	5	E	3 - 153
6	X-RAY DIFFRACTION	6	F	3 - 153

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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