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- PDB-7s5h: PCSK9(deltaCRD) in complex with cyclic peptide 35 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7s5h
タイトルPCSK9(deltaCRD) in complex with cyclic peptide 35
要素
  • Pro-peptide from Proprotein convertase subtilisin/kexin type 9
  • Proprotein convertase subtilisin/kexin type 9
  • Z50-DNP-DAL-PHE-FTR-PRO-THR-0A1-3WX
キーワードPROTEIN BINDING / HYDROLASE / Cholesterol / LDL Receptor / EGFA Domain
機能・相同性
機能・相同性情報


low-density lipoprotein particle receptor catabolic process / : / negative regulation of receptor-mediated endocytosis involved in cholesterol transport / extrinsic component of external side of plasma membrane / PCSK9-LDLR complex / PCSK9-AnxA2 complex / : / negative regulation of receptor recycling / apolipoprotein receptor binding / very-low-density lipoprotein particle binding ...low-density lipoprotein particle receptor catabolic process / : / negative regulation of receptor-mediated endocytosis involved in cholesterol transport / extrinsic component of external side of plasma membrane / PCSK9-LDLR complex / PCSK9-AnxA2 complex / : / negative regulation of receptor recycling / apolipoprotein receptor binding / very-low-density lipoprotein particle binding / negative regulation of low-density lipoprotein particle clearance / low-density lipoprotein particle binding / positive regulation of low-density lipoprotein particle receptor catabolic process / LDL clearance / lipoprotein metabolic process / very-low-density lipoprotein particle receptor binding / negative regulation of receptor internalization / : / regulation of signaling receptor activity / endolysosome membrane / sodium channel inhibitor activity / signaling receptor inhibitor activity / lysosomal transport / triglyceride metabolic process / low-density lipoprotein particle receptor binding / COPII-coated ER to Golgi transport vesicle / protein autoprocessing / positive regulation of receptor internalization / apolipoprotein binding / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; セリンエンドペプチターゼ / regulation of neuron apoptotic process / phospholipid metabolic process / neurogenesis / cholesterol metabolic process / VLDLR internalisation and degradation / cholesterol homeostasis / liver development / cellular response to starvation / kidney development / Post-translational protein phosphorylation / cellular response to insulin stimulus / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / neuron differentiation / positive regulation of neuron apoptotic process / late endosome / early endosome / lysosome / endoplasmic reticulum lumen / lysosomal membrane / serine-type endopeptidase activity / apoptotic process / perinuclear region of cytoplasm / cell surface / endoplasmic reticulum / Golgi apparatus / extracellular space / RNA binding / extracellular region / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Proprotein convertase subtilisin/kexin type 9, C-terminal domain 3 / Proprotein convertase subtilisin/kexin type 9, C-terminal domain 2 / Proprotein convertase subtilisin/kexin type 9, C-terminal domain 1 / Proprotein convertase subtilisin-like/kexin type 9 C-terminal domain / Proprotein convertase subtilisin-like/kexin type 9 C-terminal domain / Proprotein convertase subtilisin-like/kexin type 9 C-terminal domain / Proteinase K-like catalytic domain / Peptidase S8 propeptide/proteinase inhibitor I9 / Peptidase inhibitor I9 / Peptidase S8 propeptide/proteinase inhibitor I9 superfamily ...Proprotein convertase subtilisin/kexin type 9, C-terminal domain 3 / Proprotein convertase subtilisin/kexin type 9, C-terminal domain 2 / Proprotein convertase subtilisin/kexin type 9, C-terminal domain 1 / Proprotein convertase subtilisin-like/kexin type 9 C-terminal domain / Proprotein convertase subtilisin-like/kexin type 9 C-terminal domain / Proprotein convertase subtilisin-like/kexin type 9 C-terminal domain / Proteinase K-like catalytic domain / Peptidase S8 propeptide/proteinase inhibitor I9 / Peptidase inhibitor I9 / Peptidase S8 propeptide/proteinase inhibitor I9 superfamily / : / Peptidase S8, subtilisin-related / Serine proteases, subtilase domain profile. / Peptidase S8/S53 domain superfamily / Subtilase family / Peptidase S8/S53 domain
類似検索 - ドメイン・相同性
(2E)-but-2-ene-1,4-diol / Proprotein convertase subtilisin/kexin type 9
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.272 Å
データ登録者Orth, P.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2021
タイトル: A Series of Novel, Highly Potent, and Orally Bioavailable Next-Generation Tricyclic Peptide PCSK9 Inhibitors.
著者: Tucker, T.J. / Embrey, M.W. / Alleyne, C. / Amin, R.P. / Bass, A. / Bhatt, B. / Bianchi, E. / Branca, D. / Bueters, T. / Buist, N. / Ha, S.N. / Hafey, M. / He, H. / Higgins, J. / Johns, D.G. ...著者: Tucker, T.J. / Embrey, M.W. / Alleyne, C. / Amin, R.P. / Bass, A. / Bhatt, B. / Bianchi, E. / Branca, D. / Bueters, T. / Buist, N. / Ha, S.N. / Hafey, M. / He, H. / Higgins, J. / Johns, D.G. / Kerekes, A.D. / Koeplinger, K.A. / Kuethe, J.T. / Li, N. / Murphy, B. / Orth, P. / Salowe, S. / Shahripour, A. / Tracy, R. / Wang, W. / Wu, C. / Xiong, Y. / Zokian, H.J. / Wood, H.B. / Walji, A.
履歴
登録2021年9月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年11月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年12月8日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.32023年11月15日Group: Data collection / Derived calculations / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / struct_conn
Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2 / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 2.02024年4月24日Group: Atomic model / Author supporting evidence ...Atomic model / Author supporting evidence / Data collection / Database references / Derived calculations / Experimental preparation / Non-polymer description / Polymer sequence / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / entity / entity_poly / entity_poly_seq / entity_src_gen / exptl_crystal / pdbx_entity_instance_feature / pdbx_entity_src_syn / pdbx_poly_seq_scheme / pdbx_struct_sheet_hbond / pdbx_validate_main_chain_plane / pdbx_validate_peptide_omega / struct_conn / struct_ref_seq / struct_sheet_range
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.group_PDB / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_seq_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _entity_src_gen.gene_src_common_name / _entity_src_gen.host_org_common_name / _entity_src_gen.pdbx_host_org_vector_type / _exptl_crystal.density_Matthews / _pdbx_entity_instance_feature.auth_comp_id / _pdbx_entity_instance_feature.comp_id / _pdbx_entity_src_syn.pdbx_end_seq_num / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_seq_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_seq_id / _struct_ref_seq.db_align_end / _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end / _struct_ref_seq.seq_align_end / _struct_sheet_range.beg_auth_seq_id / _struct_sheet_range.beg_label_seq_id / _struct_sheet_range.end_auth_seq_id / _struct_sheet_range.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Pro-peptide from Proprotein convertase subtilisin/kexin type 9
B: Proprotein convertase subtilisin/kexin type 9
C: Z50-DNP-DAL-PHE-FTR-PRO-THR-0A1-3WX
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,0794
ポリマ－47,9913
非ポリマー881
水3,693205
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3700 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area14450 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)44.250, 72.487, 105.112
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Pro-peptide from Proprotein convertase subtilisin/kexin type 9


分子量: 13791.463 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PCSK9, NARC1, PSEC0052
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q8NBP7
#2: タンパク質 Proprotein convertase subtilisin/kexin type 9 / Neural apoptosis-regulated convertase 1 / NARC-1 / Proprotein convertase 9 / PC9 / Subtilisin/kexin- ...Neural apoptosis-regulated convertase 1 / NARC-1 / Proprotein convertase 9 / PC9 / Subtilisin/kexin-like protease PC9


分子量: 32836.910 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PCSK9, NARC1, PSEC0052
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q8NBP7, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; セリンエンドペプチターゼ
#3: タンパク質・ペプチド Z50-DNP-DAL-PHE-FTR-PRO-THR-0A1-3WX


分子量: 1362.614 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#4: 化合物 ChemComp-89N / (2E)-but-2-ene-1,4-diol / (E)-2-ブテン-1,4-ジオ-ル


分子量: 88.105 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H8O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 205 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.76 Å3/Da / 溶媒含有率: 30.01 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6 / 詳細: 20% PEG3350, 200mM CaCl2, 100mM MES pH 6

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年5月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.272→59.673 Å / Num. obs: 81048 / % possible obs: 95.3 % / 冗長度: 6.5 % / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 11.9
反射 シェル解像度: 1.272→1.332 Å / Num. unique obs: 4052 / CC1/2: 0.606

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.11.8 (11-DEC-2020)精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
STARANISOデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2w2m

2w2m


解像度: 1.272→59.67 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.937 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.952 / SU R Cruickshank DPI: 0.053 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.054 / SU Rfree Blow DPI: 0.051 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.05
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2089 1656 2.04 %RANDOM
Rwork0.2056 ---
obs0.2057 81048 90.6 %-
原子変位パラメータBiso max: 58.13 Å2 / Biso mean: 21.53 Å2 / Biso min: 10.63 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.0726 Å20 Å20 Å2
2---0.0654 Å20 Å2
3----0.0072 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.18 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.272→59.67 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2492 0 100 205 2797
Biso mean--17.54 28.69 -
残基数----322
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d855SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes437HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it2548HARMONIC10
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion333SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact2458SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d2549HARMONIC20.008
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg3453HARMONIC20.96
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.96
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion13.07
LS精密化 シェル解像度: 1.272→1.31 Å / Rfactor Rfree error: 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3139 32 1.97 %
Rwork0.2699 1589 -
obs--24.4 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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