PDB-7s5f: Crystal structure of mannose-6-phosphate reductase from celery (A...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7s5f

タイトル

Crystal structure of mannose-6-phosphate reductase from celery (Apium graveolens) leaves with NADP+ and mannonic acid bound

要素

Manose-6-phosphate reductase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / aldo/keto reductase superfamily / aldose-6-phosphate reductase / Apium graveolens / celery / mannose-6-phosphate reductase / peach / Prunus persica

機能・相同性

機能・相同性情報

aldose-6-phosphate reductase (NADPH) activity / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Apium graveolens (オランダミツバ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.72 Å

データ登録者

Zheng, Y. / Bhayani, J.A. / Romina, I.M. / Hartman, M.D. / Cereijo, A.E. / Ballicora, M.A. / Iglesias, A.A. / Figueroa, C.M. / Liu, D.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Plant Cell.Physiol. / 年: 2022
タイトル: Structural Determinants of Sugar Alcohol Biosynthesis in Plants: The Crystal Structures of Mannose-6-Phosphate and Aldose-6-Phosphate Reductases.
著者: Minen, R.I. / Bhayani, J.A. / Hartman, M.D. / Cereijo, A.E. / Zheng, Y. / Ballicora, M.A. / Iglesias, A.A. / Liu, D. / Figueroa, C.M.

履歴

登録	2021年9月10日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2022年3月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年3月23日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.2	2022年5月25日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title
改定 1.3	2023年10月18日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7s5f.cif.gz	539.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7s5f.ent.gz	444.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7s5f.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s5/7s5f ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s5/7s5f	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	7s5iC 2ikiS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	7s5f-2 5zcm-1 1z9a-2 7s5i-d 1ye6-1 1ub2-d 1ye6-2 5vrb-3 1mi3-2 5jd5-5 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#92 - 2007年8月タンパク質同化性ステロイド (Anabolic Steroids) 類似性 (8)

登録構造単位

B: Manose-6-phosphate reductase

A: Manose-6-phosphate reductase

C: Manose-6-phosphate reductase

D: Manose-6-phosphate reductase

ヘテロ分子

145 kDa, 4 ポリマー
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1

B: Manose-6-phosphate reductase

ヘテロ分子

D: Manose-6-phosphate reductase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
72.3 kDa, 2 ポリマー
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2

A: Manose-6-phosphate reductase

C: Manose-6-phosphate reductase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
72.3 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	152.202, 61.779, 148.063
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 107.670, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	B-594- HOH
2	1	B-936- HOH

#1: タンパク質	Manose-6-phosphate reductase 分子量: 35230.426 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Apium graveolens (オランダミツバ) 遺伝子: M6PR / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A1U9WT24
#2: 化合物	ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE 分子量: 743.405 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₈N₇O₁₇P₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-CS2 / D-MANNONIC ACID / D-MANNONATE / D-マンノン酸分子量: 196.155 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₂O₇ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1668 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.35 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.73 %
結晶化	温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.6 / 詳細: 0.2 M ammonium formate, 20% (w/v) PEG 3500

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 1.008 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2019年6月15日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.008 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.72→50 Å / Num. obs: 132086 / % possible obs: 95.8 % / 冗長度: 6 % / CC_1/2: 0.997 / R_merge(I) obs: 0.081 / Net I/σ(I): 15
反射シェル	解像度: 1.72→1.76 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique obs: 6719 / CC_1/2: 0.71

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データ削減
PHASER		位相決定
PHENIX	1.19.2_4158	精密化
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
HKL-3000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2iki

2iki

解像度: 1.72→38.07 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 19.86 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2106	6461	5.01 %
R_work	0.1808	122574	-
obs	0.1823	129035	93.33 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 90.02 Å² / B_iso mean: 25.9943 Å² / B_iso min: 8.09 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.72→38.07 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9835	0	244	1668	11747
B_iso mean	-	-	21.78	33.73	-
残基数	-	-	-	-	1236

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.005	10367
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.96	14060
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	22.001	1463
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.07	1596
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	1748

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.72-1.74	0.3147	139	0.258	3044	3183	69
1.74-1.76	0.2951	222	0.2418	3699	3921	85
1.76-1.79	0.2736	213	0.2263	3881	4094	90
1.79-1.81	0.2468	221	0.2193	4044	4265	93
1.81-1.83	0.2618	213	0.2119	4092	4305	95
1.83-1.86	0.2471	215	0.209	4173	4388	96
1.86-1.88	0.2629	213	0.2092	4227	4440	97
1.88-1.91	0.2272	227	0.1974	4214	4441	97
1.91-1.94	0.2397	232	0.2012	4224	4456	97
1.94-1.97	0.2431	212	0.1922	4249	4461	98
1.97-2.01	0.2192	234	0.1906	4243	4477	97
2.01-2.04	0.2295	194	0.1891	4262	4456	97
2.04-2.08	0.2385	194	0.1906	4269	4463	97
2.08-2.13	0.2412	248	0.1963	4243	4491	98
2.13-2.17	0.2188	228	0.1833	4271	4499	98
2.17-2.22	0.1913	251	0.1784	4248	4499	98
2.22-2.28	0.2147	234	0.1837	4257	4491	98
2.28-2.34	0.2123	214	0.182	4229	4443	97
2.34-2.41	0.2323	204	0.1783	4229	4433	97
2.41-2.49	0.2028	216	0.1736	4208	4424	96
2.49-2.58	0.2016	210	0.1717	4211	4421	96
2.58-2.68	0.2043	211	0.1762	4143	4354	95
2.68-2.8	0.2138	224	0.1806	4132	4356	95
2.8-2.95	0.206	212	0.1766	4057	4269	93
2.95-3.13	0.1949	190	0.1753	4005	4195	91
3.13-3.38	0.1962	227	0.169	4057	4284	92
3.38-3.71	0.18	244	0.1574	4139	4383	94
3.71-4.25	0.1809	233	0.1538	3902	4135	89
4.25-5.35	0.1755	197	0.1585	3698	3895	83
5.35-38.07	0.2433	189	0.2101	3924	4113	86

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.4463	-0.4485	1.6261	2.9991	1.01	2.774	0.0612	0.1636	-0.2581	-0.1994	0.1292	-0.3851	0.0428	0.2736	-0.1733	0.1803	0.0424	0.028	0.1537	-0.0219	0.0743	-19.7822	44.6198	40.9627
2	1.687	-0.5002	-0.1833	1.4798	0.4638	1.2195	0.196	0.3113	0.1049	-0.2818	-0.0666	-0.2807	0.1038	0.1729	-0.1142	0.1681	0.061	0.0406	0.2162	0.013	0.1493	-18.8228	51.8875	33.794
3	1.8906	-0.0433	0.1667	2.0784	0.375	1.7224	0.0818	0.2173	0.1474	-0.1427	-0.1001	-0.0519	0.0504	0.0738	0.0297	0.1173	0.0398	0.0215	0.1351	0.0399	0.1047	-32.0887	59.8799	38.2573
4	3.0781	0.0341	1.087	1.2258	0.1066	1.1183	0.037	-0.0147	-0.0951	0.128	0.0192	-0.0912	0.0131	0.0437	-0.059	0.1331	0.0057	0.0056	0.089	0.0075	0.0715	-28.2598	49.2668	51.9528
5	1.5274	-0.3725	-0.1205	2.0175	-1.106	2.5875	0.0458	-0.0157	-0.13	0.1921	-0.0684	-0.3023	0.1138	0.1849	0.0101	0.1736	0.0233	-0.0492	0.1049	-0.009	0.1884	-16.407	38.086	55.8554
6	1.106	0.6639	-1.9809	3.0165	-0.2675	4.5091	-0.1121	-0.064	-0.2382	-0.0206	-0.0235	-0.1432	0.4532	0.1981	0.1858	0.1842	0.0644	-0.0826	0.1599	0.0249	0.2157	-16.444	35.3663	55.8473
7	1.8638	0.2565	-0.2708	6.0289	-2.7515	2.6889	-0.0391	-0.0292	0.2269	0.2812	0.0401	-0.0352	-0.0813	0.0573	0.0051	0.1485	0.0022	-0.0009	0.1499	-0.0182	0.17	-24.424	59.9826	56.6036
8	3.31	-0.0564	1.1563	3.7149	-1.2374	2.4481	0.0875	-0.4986	-0.1754	0.2378	-0.0426	0.3325	0.2284	-0.5472	-0.0001	0.2844	-0.1376	-0.0208	0.3557	-0.0254	0.0725	-1.5726	14.2856	29.9747
9	0.3888	0.3285	-0.3441	0.2838	-0.2963	0.3119	0.1415	-0.3677	0.1427	0.2694	-0.0893	0.3195	0.1503	-0.448	-0.1233	0.2537	-0.2831	0.1139	0.7553	-0.0489	0.2056	-8.9622	16.3844	36.9291
10	1.3004	0.205	-0.2514	0.0554	-0.145	0.7061	0.2063	-0.5822	0.2497	0.2865	-0.218	0.1767	0.1546	-0.4384	-0.0964	0.259	-0.1828	0.0454	0.4833	-0.0713	0.129	2.4057	23.7732	38.597
11	1.946	0.0186	-0.0618	0.837	-0.1242	1.7754	0.1494	-0.4127	0.2347	0.2553	-0.2465	-0.0942	0.0141	-0.1521	0.0833	0.162	-0.0929	-0.0098	0.2466	-0.0514	0.1449	11.2922	28.9956	33.7742
12	2.5662	0.718	0.6886	1.4524	0.1101	0.8924	0.0852	-0.004	0.0012	-0.1538	-0.0809	0.0999	0.165	-0.1601	-0.0119	0.1758	-0.0218	0.0072	0.1616	-0.0106	0.0745	1.9301	16.5721	17.6208
13	2.0393	-0.1213	-1.1301	3.3861	-0.06	3.8348	0.0209	0.0489	-0.2929	-0.1126	-0.0836	0.1709	0.4301	-0.4269	0.0663	0.1974	-0.0923	-0.0632	0.2828	-0.0278	0.1481	-5.9056	7.2837	14.351
14	3.5669	1.1637	0.9008	5.4446	1.8386	3.5772	-0.0465	0.1019	0.591	-0.3708	-0.0243	0.1317	-0.0232	-0.1635	0.0625	0.1539	0.0032	-0.0054	0.1501	0.0036	0.2305	2.4919	31.5655	16.2592
15	1.8409	1.147	0.0207	1.162	-0.9549	2.1201	-0.2239	0.3058	0.0276	-0.3495	-0.1515	-0.5637	0.0865	0.4968	0.2854	0.3288	0.0388	0.1136	0.3495	0.2073	0.4791	31.6706	46.0602	3.5179
16	0.6504	0.0417	0.4676	0.6351	-0.0524	0.4989	-0.2139	0.3269	0.0321	-0.3074	-0.2712	-0.7271	0.0685	0.6269	0.0985	0.1172	0.1152	0.3278	0.4603	0.3402	0.696	37.0489	38.1468	10.0015
17	1.941	0.3988	0.2166	0.6411	1.4872	3.7658	0.0749	0.1954	-0.458	0.0607	0.0319	-0.4142	0.7368	0.3688	-0.0822	0.4359	0.1301	0.172	0.239	0.0705	0.4606	26.742	17.5743	14.8256
18	1.2212	0.2001	-0.3515	0.2669	0.1997	0.5968	-0.0654	-0.0504	0.0961	0.0337	-0.3067	-0.3158	0.0094	0.2744	0.2717	0.1557	-0.0024	-0.0231	0.1995	0.1648	0.3003	26.318	38.1416	22.7115
19	2.3563	0.6926	0.5695	0.619	-0.9671	4.6717	-0.1685	0.1941	0.0772	-0.2481	0.0609	-0.0338	0.3466	-0.0332	0.0971	0.2518	0.0227	0.0098	0.1023	0.0289	0.2074	15.4595	40.981	8.6908
20	2.5145	0.0773	0.1043	3.0412	-0.7172	2.8362	-0.1068	0.3154	0.0722	-0.5602	-0.0037	0.0615	0.1667	-0.1541	0.1054	0.2809	0.0146	-0.0111	0.1781	0.0399	0.1757	15.1573	47.7435	-2.1695
21	4.7008	-0.1199	-0.0967	3.2235	-0.3119	1.2996	-0.0078	0.464	0.5584	-0.4098	-0.0646	-0.0962	-0.1188	-0.115	0.0318	0.314	0.0367	-0.0523	0.2581	0.1051	0.1991	15.313	52.6412	-1.7392
22	3.4729	-2.1235	0.3242	4.0238	-0.3059	2.2165	-0.2411	0.0027	-0.0979	-0.1069	0.1042	0.3846	0.4337	0.0822	0.1291	0.3354	-0.0337	0.0862	0.173	0.0158	0.2388	14.8251	28.3313	6.8088
23	2.0024	-0.4396	-0.1415	2.9825	-0.5019	5.4814	-0	-0.1364	0.0853	0.3087	0.0819	0.2818	-0.2557	-0.1692	-0.1216	0.0424	0.0333	0.0068	0.1265	-0.0092	0.1519	24.5594	42.6067	66.1499
24	1.4001	-0.5976	-0.5083	2.1552	1.0968	1.8554	-0.088	-0.0224	0.0692	0.1	0.0409	0.1823	0.005	-0.1628	0.0607	0.076	0.0013	-0.0014	0.1289	0.0114	0.1097	16.9057	36.5537	63.1937
25	1.299	-0.6535	-0.1139	2.6651	-0.121	1.3208	0.0033	0.0788	-0.0286	-0.1076	-0.0132	0.1083	0.0419	-0.0723	0.0054	0.0876	-0.0249	-0.0042	0.1293	-0.0116	0.0873	25.1681	29.4387	51.1205
26	0.685	0.0578	0.3256	1.0528	0.5614	1.9868	-0.0024	-0.0342	0.0022	0.1391	0.0494	-0.1237	-0.0351	0.0429	-0.044	0.0937	0.0032	-0.0211	0.0632	-0.0051	0.1141	37.4713	40.329	66.4939
27	5.0009	0.1106	-0.6919	3.3133	0.3792	0.9806	0.052	-0.3023	0.3952	0.2103	0.0059	-0.0384	-0.0783	0.0816	-0.0582	0.1781	0.0094	-0.0542	0.1221	-0.0321	0.0804	37.9207	48.5296	76.0862
28	3.5798	2.3484	1.0848	4.8865	1.8227	2.4258	-0.0232	0.0224	-0.1561	0.2365	0.0422	-0.1839	0.2492	-0.0193	-0.035	0.137	0.0214	-0.0037	0.1138	0.0073	0.1301	38.8743	25.2143	64.8622

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'B' and (resid 1 through 25 )	B	1 - 25
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'B' and (resid 26 through 121 )	B	26 - 121
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'B' and (resid 122 through 163 )	B	122 - 163
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 164 through 229 )	B	164 - 229
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 230 through 264 )	B	230 - 264
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 265 through 290 )	B	265 - 290
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 291 through 309 )	B	291 - 309
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 1 through 25 )	A	1 - 25
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 26 through 62 )	A	26 - 62
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'A' and (resid 63 through 121 )	A	63 - 121
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'A' and (resid 122 through 163 )	A	122 - 163
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'A' and (resid 164 through 264 )	A	164 - 264
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'A' and (resid 265 through 290 )	A	265 - 290
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'A' and (resid 291 through 309 )	A	291 - 309
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'C' and (resid 1 through 36 )	C	1 - 36
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'C' and (resid 37 through 121 )	C	37 - 121
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'C' and (resid 122 through 137 )	C	122 - 137
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'C' and (resid 138 through 184 )	C	138 - 184
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'C' and (resid 185 through 220 )	C	185 - 220
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'C' and (resid 221 through 264 )	C	221 - 264
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'C' and (resid 265 through 290 )	C	265 - 290
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'C' and (resid 291 through 309 )	C	291 - 309
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'D' and (resid 1 through 25 )	D	1 - 25
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'D' and (resid 26 through 121 )	D	26 - 121
25	X-RAY DIFFRACTION	25	chain 'D' and (resid 122 through 163 )	D	122 - 163
26	X-RAY DIFFRACTION	26	chain 'D' and (resid 164 through 264 )	D	164 - 264
27	X-RAY DIFFRACTION	27	chain 'D' and (resid 265 through 290 )	D	265 - 290
28	X-RAY DIFFRACTION	28	chain 'D' and (resid 291 through 309 )	D	291 - 309

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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