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- PDB-7s5c: M. xanthus ferritin-like protein EncB -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7s5c
タイトルM. xanthus ferritin-like protein EncB
要素EncB
キーワードCYTOSOLIC PROTEIN / encapsulin / cargo protein / encapsulated ferritin / ferroxidase
機能・相同性EncFtn-like / encapsulin nanocompartment / Ferritin-like superfamily / intracellular iron ion homeostasis / metal ion binding / : / Encapsulin nanocompartment cargo protein EncB
機能・相同性情報
生物種Myxococcus xanthus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.86 Å
データ登録者Eren, E.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of Arthritis and Musculoskeletal and Skin Diseases (NIH/NIAMS) 米国
引用ジャーナル: Structure / 年: 2022
タイトル: Structural characterization of the Myxococcus xanthus encapsulin and ferritin-like cargo system gives insight into its iron storage mechanism.
著者: Elif Eren / Bing Wang / Dennis C Winkler / Norman R Watts / Alasdair C Steven / Paul T Wingfield /
要旨: Encapsulins are bacterial organelle-like cages involved in various aspects of metabolism, especially protection from oxidative stress. They can serve as vehicles for a wide range of medical ...Encapsulins are bacterial organelle-like cages involved in various aspects of metabolism, especially protection from oxidative stress. They can serve as vehicles for a wide range of medical applications. Encapsulin shell proteins are structurally similar to HK97 bacteriophage capsid protein and their function depends on the encapsulated cargos. The Myxococcus xanthus encapsulin system comprises EncA and three cargos: EncB, EncC, and EncD. EncB and EncC are similar to bacterial ferritins that can oxidize Fe to less toxic Fe. We analyzed EncA, EncB, and EncC by cryo-EM and X-ray crystallography. Cryo-EM shows that EncA cages can have T = 3 and T = 1 symmetry and that EncA T = 1 has a unique protomer arrangement. Also, we define EncB and EncC binding sites on EncA. X-ray crystallography of EncB and EncC reveals conformational changes at the ferroxidase center and additional metal binding sites, suggesting a mechanism for Fe oxidation and storage within the encapsulin shell.
履歴
登録2021年9月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年2月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年2月23日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22022年4月20日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title
改定 1.32023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: EncB
B: EncB
E: EncB
F: EncB
G: EncB
H: EncB
I: EncB
J: EncB
C: EncB
D: EncB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)121,32639
ポリマ－119,86410
非ポリマー1,46229
水6,125340
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area25050 Å2
ΔGint-387 kcal/mol
Surface area25920 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)63.830, 68.360, 83.390
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 103.62, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
EncB


分子量: 11986.373 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Myxococcus xanthus (バクテリア) / 遺伝子: MXAN_3557 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q1D6H3
#2: 化合物
ChemComp-FE / FE (III) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 19 / 由来タイプ: 天然 / 式: Fe
#3: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 340 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.21 %
結晶化温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.3
詳細: 20% PEG MME, 10% PEG 20000, 100 mM Tris-Bicine pH 8.5, 30 mM calcium chloride

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年12月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.86→43.34 Å / Num. obs: 56065 / % possible obs: 95.4 % / 冗長度: 6.2 % / CC1/2: 1 / Rrim(I) all: 0.09 / Net I/σ(I): 12.8
反射 シェル解像度: 1.86→1.93 Å / 冗長度: 3.2 % / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / Num. unique obs: 4286 / CC1/2: 0.59 / Rrim(I) all: 0.87 / % possible all: 71.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18.2_3874精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5N5E

5n5e


解像度: 1.86→43.34 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 24.83 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.224 1970 3.58 %
Rwork0.1886 --
obs0.1899 54977 93.62 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.86→43.34 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5117 0 29 340 5486
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0065192
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7616999
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d32.701702
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.041774
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006938
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.86-1.910.33861010.30512631X-RAY DIFFRACTION65
1.91-1.960.36371160.27063042X-RAY DIFFRACTION76
1.96-2.020.27031320.24613513X-RAY DIFFRACTION87
2.02-2.080.26681440.22423859X-RAY DIFFRACTION96
2.08-2.160.24391440.19493894X-RAY DIFFRACTION97
2.16-2.240.24011460.18133958X-RAY DIFFRACTION98
2.24-2.340.23261460.18743968X-RAY DIFFRACTION98
2.34-2.470.2051450.17973970X-RAY DIFFRACTION98
2.47-2.620.24571470.1813954X-RAY DIFFRACTION98
2.62-2.820.22551500.20614028X-RAY DIFFRACTION100
2.82-3.110.22881500.19664049X-RAY DIFFRACTION100
3.11-3.560.21811480.1884017X-RAY DIFFRACTION99
3.56-4.480.19061490.15694019X-RAY DIFFRACTION99
4.48-43.340.21081520.18824105X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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