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- PDB-7s5b: Unbound State of a De novo designed Protein Binder to the Human I... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7s5b
タイトルUnbound State of a De novo designed Protein Binder to the Human Interleukin-7 Receptor
要素Miniprotein Binder
キーワードDE NOVO PROTEIN / minibinder protein inhibitor cytokine receptor interleukin-7
生物種synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Walsh, S.T.R. / Cao, L. / Baker, D.
資金援助 米国, 6件
組織認可番号国
Department of Defense (DOD, United States)FA8750-17-C-0219 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)HHSN272201700059C 米国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI)DB 米国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)ACB-12002 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)AGM-12006, P30GM138396 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)S10 OD012289 米国
引用ジャーナル: Nature / 年: 2022
タイトル: Design of protein-binding proteins from the target structure alone.
著者: Cao, L. / Coventry, B. / Goreshnik, I. / Huang, B. / Sheffler, W. / Park, J.S. / Jude, K.M. / Markovic, I. / Kadam, R.U. / Verschueren, K.H.G. / Verstraete, K. / Walsh, S.T.R. / Bennett, N. / ...著者: Cao, L. / Coventry, B. / Goreshnik, I. / Huang, B. / Sheffler, W. / Park, J.S. / Jude, K.M. / Markovic, I. / Kadam, R.U. / Verschueren, K.H.G. / Verstraete, K. / Walsh, S.T.R. / Bennett, N. / Phal, A. / Yang, A. / Kozodoy, L. / DeWitt, M. / Picton, L. / Miller, L. / Strauch, E.M. / DeBouver, N.D. / Pires, A. / Bera, A.K. / Halabiya, S. / Hammerson, B. / Yang, W. / Bernard, S. / Stewart, L. / Wilson, I.A. / Ruohola-Baker, H. / Schlessinger, J. / Lee, S. / Savvides, S.N. / Garcia, K.C. / Baker, D.
履歴
登録2021年9月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年5月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年5月18日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / Item: _citation.title
改定 1.22022年5月25日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32024年4月3日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Miniprotein Binder
B: Miniprotein Binder


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,8872
ポリマ－12,8872
非ポリマー00
水1,35175
1
A: Miniprotein Binder


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,4431
ポリマ－6,4431
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Miniprotein Binder


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,4431
ポリマ－6,4431
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)92.226, 92.226, 108.436
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number155
Space group name H-MH32
Space group name HallR32"
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x-y,z
#3: -x+y,-x,z
#4: x-y,-y,-z
#5: -x,-x+y,-z
#6: y,x,-z
#7: x+1/3,y+2/3,z+2/3
#8: -y+1/3,x-y+2/3,z+2/3
#9: -x+y+1/3,-x+2/3,z+2/3
#10: x-y+1/3,-y+2/3,-z+2/3
#11: -x+1/3,-x+y+2/3,-z+2/3
#12: y+1/3,x+2/3,-z+2/3
#13: x+2/3,y+1/3,z+1/3
#14: -y+2/3,x-y+1/3,z+1/3
#15: -x+y+2/3,-x+1/3,z+1/3
#16: x-y+2/3,-y+1/3,-z+1/3
#17: -x+2/3,-x+y+1/3,-z+1/3
#18: y+2/3,x+1/3,-z+1/3
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-142-

HOH

21B-143-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Miniprotein Binder


分子量: 6443.422 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 75 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.2 % / 解説: prism
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 3.0 M sodium malonate pH 7.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1.03331 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年2月26日 / 詳細: KB
放射モノクロメーター: Si / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.03331 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→36.15 Å / Num. obs: 28231 / % possible obs: 98.95 % / 冗長度: 6.7 % / Biso Wilson estimate: 27.7 Å2 / CC1/2: 0.999 / CC star: 1 / Rmerge(I) obs: 0.04556 / Rpim(I) all: 0.01904 / Rrim(I) all: 0.04949 / Net I/σ(I): 16.19
反射 シェル解像度: 1.501→1.554 Å / 冗長度: 6.5 % / Rmerge(I) obs: 1.61 / Mean I/σ(I) obs: 1.37 / Num. unique obs: 2735 / CC1/2: 0.45 / CC star: 0.788 / Rpim(I) all: 0.671 / % possible all: 97.35

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18rc5_3822精密化
XDS20200131データ削減
XDS20200131データスケーリング
PHASER2.8.3位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: model

解像度: 1.5→36.15 Å / SU ML: 0.2228 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.0239
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1983 1412 5 %
Rwork0.1769 26802 -
obs0.178 28214 98.96 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 35.92 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.5→36.15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数886 0 0 75 961
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0132890
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.38851185
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0547136
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0076149
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d4.1699118
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.5-1.550.42541370.39162587X-RAY DIFFRACTION97.53
1.55-1.620.26981400.26862658X-RAY DIFFRACTION98.45
1.62-1.690.24981390.23152646X-RAY DIFFRACTION98.72
1.69-1.780.25681400.21572651X-RAY DIFFRACTION98.76
1.78-1.890.24151400.1962663X-RAY DIFFRACTION99.26
1.89-2.040.18661410.17432678X-RAY DIFFRACTION99.19
2.04-2.240.20221410.16792689X-RAY DIFFRACTION99.3
2.24-2.570.19611430.15992709X-RAY DIFFRACTION99.55
2.57-3.230.20821440.18592728X-RAY DIFFRACTION99.72
3.23-36.150.17391470.16172793X-RAY DIFFRACTION99.09

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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