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- PDB-7s4y: Serial Macromolecular Crystallography at ALBA Synchrotron Light S... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7s4y
タイトルSerial Macromolecular Crystallography at ALBA Synchrotron Light Source - Insulin
要素
  • Insulin A chain
  • Insulin B chain
キーワードHORMONE / Serial Crystallography
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of NAD(P)H oxidase activity / negative regulation of glycogen catabolic process / regulation of cellular amino acid metabolic process / positive regulation of nitric oxide mediated signal transduction / negative regulation of fatty acid metabolic process / negative regulation of feeding behavior / Signaling by Insulin receptor / IRS activation / Insulin processing / regulation of protein secretion ...negative regulation of NAD(P)H oxidase activity / negative regulation of glycogen catabolic process / regulation of cellular amino acid metabolic process / positive regulation of nitric oxide mediated signal transduction / negative regulation of fatty acid metabolic process / negative regulation of feeding behavior / Signaling by Insulin receptor / IRS activation / Insulin processing / regulation of protein secretion / positive regulation of respiratory burst / positive regulation of peptide hormone secretion / Regulation of gene expression in beta cells / negative regulation of acute inflammatory response / alpha-beta T cell activation / negative regulation of respiratory burst involved in inflammatory response / positive regulation of dendritic spine maintenance / positive regulation of glycogen biosynthetic process / Synthesis, secretion, and deacylation of Ghrelin / negative regulation of protein secretion / regulation of protein localization to plasma membrane / fatty acid homeostasis / Signal attenuation / FOXO-mediated transcription of oxidative stress, metabolic and neuronal genes / negative regulation of lipid catabolic process / negative regulation of gluconeogenesis / COPI-mediated anterograde transport / positive regulation of lipid biosynthetic process / negative regulation of oxidative stress-induced intrinsic apoptotic signaling pathway / negative regulation of reactive oxygen species biosynthetic process / positive regulation of insulin receptor signaling pathway / nitric oxide-cGMP-mediated signaling / transport vesicle / positive regulation of protein autophosphorylation / Insulin receptor recycling / neuron projection maintenance / NPAS4 regulates expression of target genes / positive regulation of protein metabolic process / positive regulation of brown fat cell differentiation / positive regulation of glycolytic process / activation of protein kinase B activity / endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / positive regulation of mitotic nuclear division / Insulin receptor signalling cascade / positive regulation of nitric-oxide synthase activity / positive regulation of cytokine production / positive regulation of long-term synaptic potentiation / Regulation of insulin secretion / acute-phase response / endosome lumen / positive regulation of protein secretion / positive regulation of glucose import / positive regulation of cell differentiation / negative regulation of proteolysis / regulation of transmembrane transporter activity / insulin-like growth factor receptor binding / wound healing / insulin receptor binding / regulation of synaptic plasticity / negative regulation of protein catabolic process / hormone activity / cognition / positive regulation of neuron projection development / positive regulation of protein localization to nucleus / Golgi lumen / vasodilation / glucose metabolic process / regulation of protein localization / insulin receptor signaling pathway / cell-cell signaling / glucose homeostasis / positive regulation of NF-kappaB transcription factor activity / PI5P, PP2A and IER3 Regulate PI3K/AKT Signaling / positive regulation of cell growth / secretory granule lumen / protease binding / positive regulation of MAPK cascade / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / positive regulation of cell migration / G protein-coupled receptor signaling pathway / Amyloid fiber formation / endoplasmic reticulum lumen / Golgi membrane / negative regulation of gene expression / positive regulation of cell population proliferation / positive regulation of gene expression / regulation of DNA-templated transcription / extracellular space / extracellular region / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Insulin / Insulin family / Insulin/IGF/Relaxin family / Insulin, conserved site / Insulin family signature. / Insulin-like / Insulin / insulin-like growth factor / relaxin family. / Insulin-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.71 Å
データ登録者Martin-Garcia, J.M. / Botha, S. / Hu, H. / Jernigan, R. / Castellvi, A. / Lisova, S. / Gil, F. / Calisto, B. / Crespo, I. / Roy-Chowdbury, S. ...Martin-Garcia, J.M. / Botha, S. / Hu, H. / Jernigan, R. / Castellvi, A. / Lisova, S. / Gil, F. / Calisto, B. / Crespo, I. / Roy-Chowdbury, S. / Grieco, A. / Ketawala, G. / Weierstall, U. / Spence, J. / Fromme, P. / Zatsepin, N. / Boer, R. / Carpena, X.
資金援助2件
組織認可番号国
National Science Foundation (NSF, United States)1231306
Other government2019-T1BMD-15552
引用ジャーナル: J.Synchrotron Radiat. / 年: 2022
タイトル: Serial macromolecular crystallography at ALBA Synchrotron Light Source.
著者: Martin-Garcia, J.M. / Botha, S. / Hu, H. / Jernigan, R. / Castellvi, A. / Lisova, S. / Gil, F. / Calisto, B. / Crespo, I. / Roy-Chowdhury, S. / Grieco, A. / Ketawala, G. / Weierstall, U. / ...著者: Martin-Garcia, J.M. / Botha, S. / Hu, H. / Jernigan, R. / Castellvi, A. / Lisova, S. / Gil, F. / Calisto, B. / Crespo, I. / Roy-Chowdhury, S. / Grieco, A. / Ketawala, G. / Weierstall, U. / Spence, J. / Fromme, P. / Zatsepin, N. / Boer, D.R. / Carpena, X.
履歴
登録2021年9月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年10月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年5月18日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Insulin A chain
B: Insulin B chain
C: Insulin A chain
D: Insulin B chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,8027
ポリマ－11,6354
非ポリマー1663
水27015
1
A: Insulin A chain
B: Insulin B chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)5,9194
ポリマ－5,8182
非ポリマー1012
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1710 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area3690 Å2
手法PISA
2
C: Insulin A chain
D: Insulin B chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)5,8833
ポリマ－5,8182
非ポリマー651
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1670 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area3680 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)81.600, 81.600, 33.600
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number146
Space group name H-MH3
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11D-101-

ZN

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要素

#1: タンパク質・ペプチド Insulin A chain


分子量: 2383.698 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: INS / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P01308
#2: タンパク質・ペプチド Insulin B chain


分子量: 3433.953 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: INS / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P01308
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.85 Å3/Da / 溶媒含有率: 33.52 %
結晶化温度: 298 K / 手法: batch mode
詳細: insulin was dissolved in 5 mM zinc chloride, 25 mM HCl at a concentration of 5-10 mg/ml. Cuboid-shaped microcrystals were obtained in 35.2 mM sodium citrate pH 7, and 5% (v/v) acetone as precipitant

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データ収集

回折平均測定温度: 298 K / Serial crystal experiment: Y
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALBA / ビームライン: XALOC / 波長: 1.27819 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年6月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.27819 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→30.3 Å / Num. obs: 9140 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 1292 % / Biso Wilson estimate: 29.1 Å2 / CC1/2: 0.9789 / CC star: 0.9947 / Net I/σ(I): 7.9
反射 シェル解像度: 1.7→1.76 Å / 冗長度: 881 % / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. unique obs: 928 / CC1/2: 0.36711 / CC star: 0.7328 / % possible all: 100
Serial crystallography sample delivery解説: LCP Injector / 手法: injection
Serial crystallography sample delivery injectionInjector diameter: 5.0E-5 µm
Serial crystallography data reductionFrames total: 433986 / Lattices indexed: 51144

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
CrystFELv0.10.0データ削減
Aimlessデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4EY9

4ey9


解像度: 1.71→24.35 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.935 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.91 / SU B: 2.882 / SU ML: 0.102 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.036 / ESU R Free: 0.03 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25774 908 10 %RANDOM
Rwork0.24014 ---
obs0.24199 8163 99.68 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.9 Å / 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 33.509 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.2 Å2-0 Å2-0 Å2
2---0.2 Å2-0 Å2
3---0.39 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.71→24.35 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数808 0 3 15 826
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0050.017830
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.02738
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0771.8651126
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.9932.7391698
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.769598
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg26.57623.8142
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.56815130
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.889152
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.050.2124
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.02940
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02200
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.6413.417404
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.6423.414403
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.0225.122498
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other1.0215.125499
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.543.45426
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other0.5393.452427
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other0.8135.17629
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined1.62640.116942
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other1.62640.153943
LS精密化 シェル解像度: 1.71→1.749 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.234 56 -
Rwork0.2048 584 -
obs--95.95 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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