ソフトウェア 名称 バージョン 分類 REFMAC5.8.0267精密化 PDB_EXTRACT3.27 データ抽出 HKL-3000データ削減 HKL-3000データスケーリング MOLREP位相決定
精密化 構造決定の手法 : 分子置換開始モデル : 2Q2R解像度 : 2.35→38.4 Å / Cor.coef. Fo :Fc : 0.957 / Cor.coef. Fo :Fc free : 0.927 / SU B : 18.396 / SU ML : 0.206 / 交差検証法 : THROUGHOUT / σ(F) : 0 / ESU R : 0.385 / ESU R Free : 0.259 / 立体化学のターゲット値 : MAXIMUM LIKELIHOOD詳細 : HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDEDRfactor 反射数 %反射 Selection details Rfree 0.255 1679 5 % RANDOM Rwork 0.2015 - - - obs 0.2041 31970 98.69 % -
溶媒の処理 イオンプローブ半径 : 0.8 Å / 減衰半径 : 0.8 Å / VDWプローブ半径 : 1.2 Å / 溶媒モデル : MASK原子変位パラメータ Biso max : 160.77 Å2 / Biso mean : 71.278 Å2 / Biso min : 40.05 Å2 Baniso -1 Baniso -2 Baniso -3 1- -2.67 Å2 0 Å2 1.31 Å2 2- - 2.15 Å2 0 Å2 3- - - 0.29 Å2
精密化ステップ サイクル : final / 解像度 : 2.35→38.4 Åタンパク質 核酸 リガンド 溶媒 全体 原子数 5627 0 49 52 5728 Biso mean - - 67.73 60.36 - 残基数 - - - - 734
拘束条件 Refine-ID タイプ Dev ideal Dev ideal target 数 X-RAY DIFFRACTION r_bond_refined_d0.012 0.013 5795 X-RAY DIFFRACTION r_bond_other_d0.035 0.017 5488 X-RAY DIFFRACTION r_angle_refined_deg1.67 1.648 7848 X-RAY DIFFRACTION r_angle_other_deg2.353 1.572 12603 X-RAY DIFFRACTION r_dihedral_angle_1_deg7.257 5 732 X-RAY DIFFRACTION r_dihedral_angle_2_deg30.739 21.667 288 X-RAY DIFFRACTION r_dihedral_angle_3_deg13.979 15 964 X-RAY DIFFRACTION r_dihedral_angle_4_deg18.318 15 41 X-RAY DIFFRACTION r_chiral_restr0.077 0.2 736 X-RAY DIFFRACTION r_gen_planes_refined0.009 0.02 6577 X-RAY DIFFRACTION r_gen_planes_other0.013 0.02 1323
Refine LS restraints NCS Ens-ID : 1 / 数 : 11026 / Refine-ID : X-RAY DIFFRACTION / タイプ : interatomic distance / Rms dev position : 0.11 Å / Weight position : 0.05
LS精密化 シェル 解像度 : 2.35→2.411 Å / Rfactor Rfree error : 0 / Total num. of bins used : 20 Rfactor 反射数 %反射 Rfree 0.289 89 - Rwork 0.286 2210 - all - 2299 - obs - - 92.55 %
精密化 TLS 手法 : refined / Refine-ID : X-RAY DIFFRACTION
大きな表を表示 (25 x 4) 大きな表を隠す ID L11 (°2 )L12 (°2 )L13 (°2 )L22 (°2 )L23 (°2 )L33 (°2 )S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2 )T12 (Å2 )T13 (Å2 )T22 (Å2 )T23 (Å2 )T33 (Å2 )Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)1 6.1441 0.7126 -3.4626 2.8324 0.0721 4.6283 0.1254 -1.2473 -0.1191 0.8158 -0.2006 -0.3775 0.6145 0.5229 0.0753 0.6633 -0.0684 -0.1323 0.3796 0.0461 0.0608 -21.276 -6.36 57.729 2 1.8282 0.7782 -0.4528 2.1408 0.355 1.6448 0.1431 -0.0443 0.5474 0.0816 -0.089 0.3681 -0.0173 -0.1462 -0.0542 0.2722 -0.0111 -0.0257 0.0183 -0.0094 0.3555 -26.016 13.148 38.197 3 4.3497 1.3526 -0.6606 1.902 0.5307 0.9235 -0.483 1.299 0.0074 -0.3467 0.3127 0.0274 0.2909 -0.3059 0.1703 0.5676 -0.18 -0.016 0.4216 -0.0256 0.1113 -28.573 -11.407 14.783 4 3.0091 0.7983 -0.3626 2.0888 0.1997 1.5582 -0.2742 0.7699 0.2592 -0.4841 0.3347 -0.3501 0.0433 0.1203 -0.0605 0.4503 -0.0929 0.0308 0.2335 0.0549 0.1945 -9.872 2.105 15.257
精密化 TLSグループ ID Refine-ID Refine TLS-ID Auth asym-ID Auth seq-ID 1 X-RAY DIFFRACTION 1 A1 - 129 2 X-RAY DIFFRACTION 2 A130 - 366 3 X-RAY DIFFRACTION 3 B1 - 215 4 X-RAY DIFFRACTION 4 B216 - 367