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- PDB-4r7w: Crystal structure of 5-methylcytosine deaminase from Klebsiella p... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4r7w | |||||||||
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Title | Crystal structure of 5-methylcytosine deaminase from Klebsiella pneumoniae liganded with phosphonocytosine | |||||||||
![]() | Cytosine deaminase | |||||||||
![]() | HYDROLASE / Amidohydrolase fold / deaminase / phosphonocytosine | |||||||||
Function / homology | ![]() cytosine catabolic process / isoguanine deaminase activity / cytosine deaminase / : / cytosine deaminase activity / metal ion binding Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | ![]() | |||||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Fedorov, A.A. / Fedorov, E.V. / Hitchcock, D.S. / Raushel, F.M. / Almo, S.C. | |||||||||
![]() | ![]() Title: Crystal structure of 5-methylcytosine deaminase from Klebsiella pneumoniae liganded with phosphonocytosine Authors: Fedorov, A.A. / Fedorov, E.V. / Hitchcock, D.S. / Raushel, F.M. / Almo, S.C. | |||||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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PDB format | ![]() | 835.6 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 539.4 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 555.5 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 98.7 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 142.9 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 4jnp S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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3 | ![]()
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4 |
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Unit cell |
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Components
-Protein , 1 types, 6 molecules ABCDEF
#1: Protein | Mass: 48067.453 Da / Num. of mol.: 6 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() References: UniProt: W8V4R8, UniProt: A0A0E1CHI1*PLUS, cytosine deaminase |
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-Non-polymers , 6 types, 1538 molecules ![](data/chem/img/FE2.gif)
![](data/chem/img/O7U.gif)
![](data/chem/img/PEG.gif)
![](data/chem/img/EDO.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/O7U.gif)
![](data/chem/img/PEG.gif)
![](data/chem/img/EDO.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: Chemical | ChemComp-FE2 / #3: Chemical | ChemComp-O7U / ( #4: Chemical | ChemComp-PEG / #5: Chemical | ChemComp-EDO / #6: Chemical | ChemComp-GOL / | #7: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.43 Å3/Da / Density % sol: 49.3 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7 Details: 20% PEG3350, 0.15M DL-MALIC ACID, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293.0K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
---|---|
Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Jan 26, 2013 |
Radiation | Monochromator: SI 111 CHANNEL / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.075 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.902→49.777 Å / Num. obs: 214497 / % possible obs: 97.63 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: PDB entry 4JNP ![]() 4jnp Resolution: 1.902→49.777 Å / SU ML: 0.25 / σ(F): 0 / Phase error: 26.52 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.902→49.777 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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