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- PDB-4r7w: Crystal structure of 5-methylcytosine deaminase from Klebsiella p... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4r7w
タイトルCrystal structure of 5-methylcytosine deaminase from Klebsiella pneumoniae liganded with phosphonocytosine
要素Cytosine deaminase
キーワードHYDROLASE / Amidohydrolase fold / deaminase / phosphonocytosine
機能・相同性
機能・相同性情報


: / cytosine catabolic process / isoguanine deaminase activity / cytosine deaminase / cytosine deaminase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / Amidohydrolase 3 / Amidohydrolase family / Urease, subunit C; domain 1 / Urease, subunit C, domain 1 / Metal-dependent hydrolase, composite domain superfamily / Metal-dependent hydrolases / Metal-dependent hydrolase / Roll / TIM Barrel ...: / Amidohydrolase 3 / Amidohydrolase family / Urease, subunit C; domain 1 / Urease, subunit C, domain 1 / Metal-dependent hydrolase, composite domain superfamily / Metal-dependent hydrolases / Metal-dependent hydrolase / Roll / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Chem-O7U / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Cytosine deaminase / Cytosine deaminase
類似検索 - 構成要素
生物種Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.902 Å
データ登録者Fedorov, A.A. / Fedorov, E.V. / Hitchcock, D.S. / Raushel, F.M. / Almo, S.C.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of 5-methylcytosine deaminase from Klebsiella pneumoniae liganded with phosphonocytosine
著者: Fedorov, A.A. / Fedorov, E.V. / Hitchcock, D.S. / Raushel, F.M. / Almo, S.C.
履歴
登録2014年8月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え2014年9月17日ID: 4JNS
改定 1.02014年9月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cytosine deaminase
B: Cytosine deaminase
C: Cytosine deaminase
D: Cytosine deaminase
E: Cytosine deaminase
F: Cytosine deaminase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)290,61730
ポリマ－288,4056
非ポリマー2,21324
水27,2751514
1
A: Cytosine deaminase
B: Cytosine deaminase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)96,83310
ポリマ－96,1352
非ポリマー6988
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5560 Å2
ΔGint-5 kcal/mol
Surface area28230 Å2
手法PISA
2
C: Cytosine deaminase
E: Cytosine deaminase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)97,07512
ポリマ－96,1352
非ポリマー94010
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6650 Å2
ΔGint2 kcal/mol
Surface area27940 Å2
手法PISA
3
D: Cytosine deaminase
F: Cytosine deaminase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)96,7098
ポリマ－96,1352
非ポリマー5746
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5700 Å2
ΔGint-0 kcal/mol
Surface area28580 Å2
手法PISA
4


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area27360 Å2
ΔGint3 kcal/mol
Surface area75300 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)102.167, 147.808, 185.336
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

-
タンパク質 , 1種, 6分子 ABCDEF

#1: タンパク質
Cytosine deaminase


分子量: 48067.453 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌) / 株: 30660/NJST258_1 / 遺伝子: KPNJ1_03949 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: W8V4R8, UniProt: A0A0E1CHI1*PLUS, cytosine deaminase

-
非ポリマー , 6種, 1538分子

#2: 化合物
ChemComp-FE2 / FE (II) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#3: 化合物
ChemComp-O7U / (2R)-2-amino-2,5-dihydro-1,5,2-diazaphosphinin-6(1H)-one 2-oxide


分子量: 147.072 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H6N3O2P
#4: 化合物
ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#5: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1514 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.3 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 20% PEG3350, 0.15M DL-MALIC ACID, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293.0K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 1.075 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年1月26日
放射モノクロメーター: SI 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.075 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.902→49.777 Å / Num. obs: 214497 / % possible obs: 97.63 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CBASSデータ収集
BALBES位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8_1069)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 4JNP

4jnp
PDB 未公開エントリ


解像度: 1.902→49.777 Å / SU ML: 0.25 / σ(F): 0 / 位相誤差: 26.52 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2422 6466 3.01 %
Rwork0.1979 --
obs0.1992 214497 97.63 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.902→49.777 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数19303 0 125 1514 20942
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00719791
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.05226784
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.8817388
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.072986
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0043548
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.902-1.92330.35472210.29126761X-RAY DIFFRACTION96
1.9233-1.9460.40382100.28146913X-RAY DIFFRACTION99
1.946-1.96970.29282320.2526953X-RAY DIFFRACTION99
1.9697-1.99460.29792350.24876899X-RAY DIFFRACTION98
1.9946-2.02090.27081990.23086905X-RAY DIFFRACTION98
2.0209-2.04860.27622080.21796892X-RAY DIFFRACTION98
2.0486-2.07780.26652240.21546880X-RAY DIFFRACTION98
2.0778-2.10880.28452090.21976844X-RAY DIFFRACTION97
2.1088-2.14180.26892070.20986905X-RAY DIFFRACTION97
2.1418-2.17690.28331940.20536893X-RAY DIFFRACTION97
2.1769-2.21440.24432130.20286793X-RAY DIFFRACTION97
2.2144-2.25470.27292200.20016853X-RAY DIFFRACTION97
2.2547-2.29810.26952220.19326825X-RAY DIFFRACTION97
2.2981-2.3450.24382030.19296875X-RAY DIFFRACTION97
2.345-2.3960.25412360.19156811X-RAY DIFFRACTION97
2.396-2.45170.28462070.19846835X-RAY DIFFRACTION97
2.4517-2.5130.27171850.19886900X-RAY DIFFRACTION97
2.513-2.5810.25591990.20216919X-RAY DIFFRACTION97
2.581-2.65690.271980.20396890X-RAY DIFFRACTION97
2.6569-2.74270.24752370.20556874X-RAY DIFFRACTION97
2.7427-2.84070.26282140.20366958X-RAY DIFFRACTION98
2.8407-2.95440.23862030.20086927X-RAY DIFFRACTION98
2.9544-3.08880.26372430.20346964X-RAY DIFFRACTION98
3.0888-3.25170.22672490.19776955X-RAY DIFFRACTION98
3.2517-3.45530.21442070.19247056X-RAY DIFFRACTION99
3.4553-3.7220.22652170.1847063X-RAY DIFFRACTION99
3.722-4.09650.19982010.18137122X-RAY DIFFRACTION99
4.0965-4.68880.19322290.17037005X-RAY DIFFRACTION97
4.6888-5.90590.22392300.18077210X-RAY DIFFRACTION99
5.9059-49.79430.21122140.19467351X-RAY DIFFRACTION97
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.5089-0.15480.03290.2563-0.11790.6538-0.00060.0035-0.0833-0.0234-0.0051-0.03420.05540.06620.00150.103-0.00070.01950.0672-0.00870.1242-11.1546-24.234-20.751
20.626-0.2764-0.08270.54030.14240.5834-0.0329-0.1514-0.01640.09940.0543-0.08310.04410.1197-0.01620.1379-0.0005-0.01060.15360.00770.0827-16.706-10.98689.2321
31.08480.1984-0.29240.3792-0.05440.695-0.03420.2579-0.1065-0.07930.02070.09690.0478-0.18710.00760.1154-0.0204-0.01920.1617-0.03090.124-57.2721-9.1992-39.6349
40.5148-0.053-0.24410.745-0.00750.74830.05290.0570.1318-0.0071-0.0381-0.0146-0.19080.09590.00850.1652-0.05980.00210.11020.02050.1008-18.181724.3844-37.6756
51.1310.06010.0170.36660.11540.6741-0.00040.0028-0.04360.03460.01340.0578-0.0395-0.1213-0.00460.10680.0120.02870.0850.01470.1139-65.4986-5.0017-7.6702
60.57030.10370.03810.8203-0.09140.6676-0.0176-0.01970.1640.05170.00780.0238-0.28420.02830.01490.2716-0.02070.01950.0622-0.02630.1606-32.592834.715-9.4747
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain A
2X-RAY DIFFRACTION2chain B
3X-RAY DIFFRACTION3chain C
4X-RAY DIFFRACTION4chain D
5X-RAY DIFFRACTION5chain E
6X-RAY DIFFRACTION6chain F

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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