PDB-7s2j: Crystal structure of sulfonamide resistance enzyme Sul2 apoenzyme

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7s2j

タイトル

Crystal structure of sulfonamide resistance enzyme Sul2 apoenzyme

要素

Sul2

キーワード

TRANSFERASE / TIM barrel / alpha beta protein / antibiotic resistance / sulfonamides / structural genomics / CSGID / Center for Structural genomics of infectious diseases / NIAID / National Institute of Allergy and Infectious Diseases

機能・相同性

DI(HYDROXYETHYL)ETHER

機能・相同性情報

生物種

uncultured bacterium (環境試料)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.85 Å

データ登録者

Stogios, P.J. / Skarina, T. / Michalska, K. / Venkatesan, M. / Di Leo, R. / Savchenko, A. / Joachimiak, A. / Satchell, K.J.F. / Center for Structural Biology of Infectious Diseases (CSBID) / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023
タイトル: Molecular mechanism of plasmid-borne resistance to sulfonamide antibiotics.
著者: Venkatesan, M. / Fruci, M. / Verellen, L.A. / Skarina, T. / Mesa, N. / Flick, R. / Pham, C. / Mahadevan, R. / Stogios, P.J. / Savchenko, A.

履歴

登録	2021年9月3日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2023年5月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年7月19日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2023年10月25日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	7s2j_validation.pdf.gz	488.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
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アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s2/7s2j ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s2/7s2j	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	7s2iC 7s2kC 7s2lC 7s2mC 7tq1C 8scdC 1aj0S C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: IDP91800

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Sul2

B: Sul2

C: Sul2

D: Sul2

ヘテロ分子

116 kDa, 4 ポリマー
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1

A: Sul2

ヘテロ分子

C: Sul2

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
57.8 kDa, 2 ポリマー
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2

B: Sul2

D: Sul2

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
57.9 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	39.819, 143.293, 85.893
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.506, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1
Space group name Hall	P2yb
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y+1/2,-z

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質	Sul2 分子量: 28501.510 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) uncultured bacterium (環境試料) / 遺伝子: Sul2 / プラスミド: pMCSG68SBPTEV / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): -Gold

-
非ポリマー , 5種, 1149分子

#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1127 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.15 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.77 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 1.6 M ammonium sulfate, 2% hexanediol, 0.1 M HEPES, pH 7.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97951 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年12月5日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97951 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.85→50 Å / Num. obs: 81585 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 6.6 % / B_iso Wilson estimate: 25.63 Å² / R_merge(I) obs: 0.105 / R_pim(I) all: 0.043 / Net I/σ(I): 19.34
反射シェル	解像度: 1.85→1.88 Å / 冗長度: 6.2 % / R_merge(I) obs: 0.69 / Mean I/σ(I) obs: 2.07 / Num. unique obs: 4084 / CC_1/2: 0.711 / R_pim(I) all: 0.328 / % possible all: 99.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.19.2_4158	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
PHENIX		位相決定
PHENIX		モデル構築
Coot		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 1AJ0

1aj0

解像度: 1.85→42.94 Å / SU ML: 0.2244 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 20.6769
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2069	3896	2.43 %
R_work	0.1612	156647	-
obs	0.1623	81545	98.64 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 36.8 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.85→42.94 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7920	0	89	1127	9136

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0062	8179
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.8952	11105
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0572	1270
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0084	1470
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.1721	2990

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.85-1.87	0.3439	128	0.2568	5360	X-RAY DIFFRACTION	94.69
1.87-1.89	0.2512	143	0.2473	5628	X-RAY DIFFRACTION	98.45
1.89-1.92	0.3112	139	0.2365	5371	X-RAY DIFFRACTION	95.51
1.92-1.95	0.2763	136	0.2231	5574	X-RAY DIFFRACTION	98.4
1.95-1.97	0.2438	149	0.215	5648	X-RAY DIFFRACTION	99.14
1.97-2	0.2433	144	0.2051	5682	X-RAY DIFFRACTION	99.13
2-2.03	0.2369	133	0.1988	5490	X-RAY DIFFRACTION	99.22
2.03-2.07	0.2635	140	0.1983	5680	X-RAY DIFFRACTION	99.08
2.07-2.1	0.248	144	0.2015	5691	X-RAY DIFFRACTION	99.1
2.1-2.14	0.2182	137	0.1747	5540	X-RAY DIFFRACTION	99.14
2.14-2.18	0.2282	148	0.1756	5566	X-RAY DIFFRACTION	98.4
2.18-2.23	0.2139	134	0.1706	5667	X-RAY DIFFRACTION	98.57
2.23-2.27	0.2648	149	0.1771	5471	X-RAY DIFFRACTION	98.39
2.28-2.33	0.2583	138	0.1706	5622	X-RAY DIFFRACTION	97.51
2.33-2.39	0.1833	141	0.1733	5580	X-RAY DIFFRACTION	99.39
2.39-2.45	0.2267	143	0.1652	5623	X-RAY DIFFRACTION	99.17
2.45-2.52	0.2234	141	0.1761	5668	X-RAY DIFFRACTION	99.32
2.52-2.6	0.2103	136	0.1617	5663	X-RAY DIFFRACTION	99.54
2.6-2.7	0.2383	136	0.1653	5637	X-RAY DIFFRACTION	99.43
2.7-2.81	0.2343	143	0.1607	5602	X-RAY DIFFRACTION	99.07
2.81-2.93	0.219	133	0.1693	5555	X-RAY DIFFRACTION	98.36
2.93-3.09	0.1963	138	0.1621	5582	X-RAY DIFFRACTION	98.23
3.09-3.28	0.1711	142	0.1532	5655	X-RAY DIFFRACTION	99.57
3.28-3.53	0.1828	140	0.1377	5619	X-RAY DIFFRACTION	99.46
3.53-3.89	0.2032	145	0.1353	5667	X-RAY DIFFRACTION	99.64
3.89-4.45	0.1602	134	0.1216	5570	X-RAY DIFFRACTION	97.96
4.45-5.61	0.164	136	0.1415	5643	X-RAY DIFFRACTION	99.66
5.61-42.94	0.1901	126	0.1569	5593	X-RAY DIFFRACTION	98.48

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.79701147101	0.902709857174	-0.219837695251	1.17145248234	0.825907883837	1.25899818037	-0.134036009614	-0.745285714193	-0.429329382494	1.06885510791	0.285708164859	0.157162845821	0.50112709047	-0.27672615968	0.0030639227103	0.672504815158	0.0152041137698	0.0498487932709	0.391665963282	0.0903868893983	0.307741630449	13.1854446255	6.4830474189	11.3048003126
2	1.28613155943	0.688721176279	-0.0659048843532	3.27085593192	1.70242869891	2.35948001531	0.0815321119534	-0.184552782704	-0.174856321124	0.880653813272	-0.216716815093	0.276101920895	0.603835705451	-0.131803867987	0.0120417762689	0.354494795917	-0.05573368322	0.0764818791665	0.248562548623	-0.0135908170116	0.253035987864	7.49734638765	3.22146000509	2.21232050165
3	0.827082443091	-0.254357244229	0.0278293177993	0.514027265362	0.378731530538	0.38238264133	-0.181022413586	0.127081391751	-0.730615489686	-0.296664498549	-0.0248278941311	-0.32437883945	0.444784601469	0.452942634075	-0.0075565503837	0.30581599259	0.0545417003919	0.0566273266587	0.370761678444	0.00458021689528	0.418463274142	27.7838537578	3.22665079967	-10.2667243189
4	0.655081127339	0.446772497885	0.499860405579	2.19684043818	1.89488656399	2.26465148645	-0.0212682109263	-0.0927020838366	0.140363577519	0.0539865917278	0.0565514195111	-0.0312498760103	-0.0944206112829	0.19024383261	0.0105088936591	0.167769929491	-0.0195633979802	0.00553010124405	0.235649908162	-0.00713853063305	0.16107595385	19.0316175124	17.7687039812	-3.61599549952
5	1.31981894704	-0.617861167004	0.551216883583	1.02824868823	0.451324876375	1.35119877582	0.0827034302371	0.157198871938	-0.018353143872	-0.108668301861	-0.0702149893776	-0.129776556363	-0.137906883505	-0.0160431360541	3.29372706982E-7	0.198368116441	0.0341821666033	0.0136556048553	0.207408904796	-0.0022936779745	0.20806769903	2.02087723176	12.737773219	-55.3215224218
6	0.382663349168	-0.591397104218	-0.186080460379	1.28811568103	0.13648923747	0.931596738466	0.122762187418	0.100519694114	-0.146470982909	-0.0970652016344	-0.00199180238331	-0.505706716793	0.0088152082716	0.0899401423034	1.02400273703E-7	0.234380470014	0.00678990054908	-0.0344934423499	0.232343835663	0.0060817089288	0.253925380461	0.295321922729	13.3856231586	-54.3348817359
7	0.837263376089	-0.429764432354	-0.455758203871	1.3272865558	-0.504601823218	0.729555894376	0.0384782818543	-0.0367471298491	-0.0490142068598	0.103931788252	0.0375392204859	0.158936602276	-0.155345359549	-0.204913270042	1.01135356735E-7	0.257086372701	0.0232518444803	-0.0154952664706	0.25615470473	0.0191346260366	0.229150488464	-6.46977931424	20.1432114216	-49.0323205627
8	0.461185063611	-0.206525785623	-0.0341369396555	0.217870835744	-0.200711085391	0.688492870511	0.00703834824622	-0.0743703908002	0.334201611356	0.138640476765	0.0637466362058	0.0720179990489	-0.176084361146	-0.0505862630806	1.66541600558E-8	0.240720670918	0.0321589577522	0.0138998802789	0.271956121017	-0.00932670668533	0.274571016184	-5.83661182475	16.6617573653	-36.6291269986
9	4.05337177567	0.00331223871614	0.085940008057	0.000483648442501	-0.00807754790699	0.715059504122	-0.00276569046126	-0.355367865606	0.861831261404	0.240537160391	0.0786027505231	-0.162499879288	-0.455786328255	0.180843550656	-0.0138200823372	0.30547304299	-0.0116668323981	-0.0172993164257	0.266857908521	-0.0280273826019	0.322249023616	14.3596964207	13.431691688	-31.6558763377
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精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 3 through 26 )	A	A	3 - 26	1 - 24
2	2	chain 'A' and (resid 27 through 128 )	A	A	27 - 128	25 - 126
3	3	chain 'A' and (resid 129 through 145 )	A	A	129 - 145	127 - 143
4	4	chain 'A' and (resid 146 through 269 )	A	A	146 - 269	144 - 267
5	5	chain 'B' and (resid 3 through 26 )	B	B	3 - 26	1 - 24
6	6	chain 'B' and (resid 27 through 60 )	B	B	27 - 60	25 - 58
7	7	chain 'B' and (resid 61 through 98 )	B	B	61 - 98	59 - 96
8	8	chain 'B' and (resid 99 through 128 )	B	B	99 - 128	97 - 126
9	9	chain 'B' and (resid 129 through 145 )	B	B	129 - 145	127 - 143
10	10	chain 'B' and (resid 146 through 202 )	B	B	146 - 202	144 - 200
11	11	chain 'B' and (resid 203 through 227 )	B	B	203 - 227	201 - 225
12	12	chain 'B' and (resid 228 through 250 )	B	B	228 - 250	226 - 248
13	13	chain 'B' and (resid 251 through 269 )	B	B	251 - 269	249 - 267
14	14	chain 'C' and (resid 1 through 26 )	C	C	1 - 26	1 - 26
15	15	chain 'C' and (resid 27 through 128 )	C	C	27 - 128	27 - 128
16	16	chain 'C' and (resid 129 through 145 )	C	C	129 - 145	129 - 145
17	17	chain 'C' and (resid 146 through 202 )	C	C	146 - 202	146 - 202
18	18	chain 'C' and (resid 203 through 227 )	C	C	203 - 227	203 - 227
19	19	chain 'C' and (resid 228 through 250 )	C	C	228 - 250	228 - 250
20	20	chain 'C' and (resid 251 through 270 )	C	C	251 - 270	251 - 270
21	21	chain 'D' and (resid 2 through 128 )	D	D	2 - 128	1 - 127
22	22	chain 'D' and (resid 129 through 145 )	D	D	129 - 145	128 - 144
23	23	chain 'D' and (resid 146 through 270 )	D	D	146 - 270	145 - 269

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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万見 (Yorodumi)