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万見
- PDB-8scd: Crystal structure of sulfonamide resistance enzyme Sul3 in comple... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8scd
タイトルCrystal structure of sulfonamide resistance enzyme Sul3 in complex with reaction intermediate
要素Sulfonamide resistance enzyme Sul3
キーワードTRANSFERASE / TIM BARREL / ALPHA BETA PROTEIN / ANTIBIOTIC RESISTANCE / SULFONAMIDES / STRUCTURAL GENOMICS / CSGID / CENTER FOR STRUCTURAL GENOMICS OF INFECTIOUS DISEASES / CSBID / CENTER FOR STRUCTURAL BIOLOGY OF INFECTIOUS DISEASES / NIAID / NATIONAL INSTITUTE OF ALLERGY AND INFECTIOUS DISEASES
機能・相同性Dihydropteroate synthase-like / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta / 4-AMINOBENZOIC ACID / PYROPHOSPHATE 2- / Chem-XHP
機能・相同性情報
生物種uncultured bacterium (環境試料)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.06 Å
データ登録者Stogios, P.J. / Venkatesan, M. / Michalska, K. / Mesa, N. / Di Leo, R. / Savchenko, A. / Joachimiak, A. / Satchell, K.J.F. / Center for Structural Biology of Infectious Diseases (CSBID) / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)75N93022C00035 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023
タイトル: Molecular mechanism of plasmid-borne resistance to sulfonamide antibiotics.
著者: Venkatesan, M. / Fruci, M. / Verellen, L.A. / Skarina, T. / Mesa, N. / Flick, R. / Pham, C. / Mahadevan, R. / Stogios, P.J. / Savchenko, A.
履歴
登録2023年4月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年5月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年7月19日Group: Database references
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_database_related
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Sulfonamide resistance enzyme Sul3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,75112
ポリマ－28,8751
非ポリマー87611
水7,638424
1
A: Sulfonamide resistance enzyme Sul3
ヘテロ分子

A: Sulfonamide resistance enzyme Sul3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,50324
ポリマ－57,7512
非ポリマー1,75222
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_555-x,-x+y,-z+2/31
Buried area5860 Å2
ΔGint-128 kcal/mol
Surface area20370 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)123.831, 123.831, 72.797
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
Space group name HallP322"
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x-y,z+2/3
#3: -x+y,-x,z+1/3
#4: x-y,-y,-z+1/3
#5: -x,-x+y,-z+2/3
#6: y,x,-z
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-805-

HOH

21A-806-

HOH

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要素

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Sulfonamide resistance enzyme Sul3


分子量: 28875.369 Da / 分子数: 1 / 変異: E142A, E143A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) uncultured bacterium (環境試料) / 遺伝子: sul3 / プラスミド: pMCSG53 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)

-
非ポリマー , 7種, 435分子

#2: 化合物 ChemComp-XHP / 2-amino-6-methylidene-6,7-dihydropteridin-4(3H)-one


分子量: 177.163 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H7N5O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-PAB / 4-AMINOBENZOIC ACID / 4-アミノ安息香酸


分子量: 137.136 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H7NO2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#7: 化合物 ChemComp-POP / PYROPHOSPHATE 2-


分子量: 175.959 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: H2O7P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 424 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 5.58 Å3/Da / 溶媒含有率: 77.96 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 2 M AMMONIUM SULFATE, 5% ISOPROPANOL, 1.7 MM 6-HYDROXYMETHYL-7,8-DIHYDROPTEROATE PYROPHOSPHATE, 10 MM PABA

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.978 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年4月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.978 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.06→50 Å / Num. obs: 39930 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 19.5 % / Biso Wilson estimate: 24.76 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.137 / Rpim(I) all: 0.032 / Net I/σ(I): 20.58
反射 シェル解像度: 2.07→2.11 Å / 冗長度: 16.9 % / Rmerge(I) obs: 3.178 / Mean I/σ(I) obs: 1.13 / Num. unique obs: 1987 / CC1/2: 0.504 / Rpim(I) all: 0.795 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20_4459精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHASER位相決定
Cootモデル構築
PHENIXモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.06→47.16 Å / SU ML: 0.1798 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 19.8627
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1881 3177 5.01 %RANDOM
Rwork0.1636 60210 --
obs0.1648 36295 82.11 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 38.06 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.06→47.16 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2027 0 50 424 2501
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00212122
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.49132864
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0431328
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005362
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.5927805
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.06-2.090.2858130.3479263X-RAY DIFFRACTION8.29
2.09-2.120.2698280.2849539X-RAY DIFFRACTION16.79
2.12-2.160.312540.2693992X-RAY DIFFRACTION31.4
2.16-2.20.2147780.25631416X-RAY DIFFRACTION44.27
2.2-2.240.2936940.23971763X-RAY DIFFRACTION55.27
2.24-2.280.23521040.2232090X-RAY DIFFRACTION64.68
2.28-2.320.22361290.2082483X-RAY DIFFRACTION78.79
2.33-2.380.23851610.20982889X-RAY DIFFRACTION91.51
2.38-2.430.26521660.20753169X-RAY DIFFRACTION98.49
2.43-2.490.19421580.19023179X-RAY DIFFRACTION99.88
2.49-2.560.22791710.2063176X-RAY DIFFRACTION99.91
2.56-2.630.23081700.19083189X-RAY DIFFRACTION100
2.63-2.720.1851700.1843189X-RAY DIFFRACTION99.91
2.72-2.820.21971740.17423187X-RAY DIFFRACTION99.94
2.82-2.930.17971660.17173183X-RAY DIFFRACTION99.97
2.93-3.060.19591730.16473183X-RAY DIFFRACTION99.94
3.06-3.220.1821690.16433175X-RAY DIFFRACTION99.88
3.22-3.430.18911660.15493209X-RAY DIFFRACTION99.91
3.43-3.690.15761690.12783193X-RAY DIFFRACTION99.97
3.69-4.060.151700.11833172X-RAY DIFFRACTION100
4.06-4.650.15011740.12533181X-RAY DIFFRACTION99.94
4.65-5.850.1711580.143190X-RAY DIFFRACTION99.94
5.86-47.160.1781620.16993200X-RAY DIFFRACTION99.76
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.55902155352-1.03921141147-0.8857073313863.5023490948-0.3656247428068.10773446437-0.0298157931539-0.1517018708680.9938621441760.0526255464072-0.06195652274510.528563273317-0.682165374461-0.6800179302530.03381827235650.160942996493-0.0154692256969-0.02900494083980.329420618698-0.1164803890060.44425676714633.0177851054-31.97979572435.6447518883
25.469313665590.271662742643-0.2648544520232.96949863547-0.2061417703233.890817897-0.227566564257-0.2661477332771.072831029940.0270479770033-0.2142958534220.38378102802-0.407413055398-0.6275640136650.02100859256660.207511242620.01713594498320.001491952133020.391526629786-0.1920551040740.4275951587832.7401752018-30.38901915338.8707069586
32.65062922550.0327903071066-0.8540683465922.906240313070.3102352749571.86888149916-0.0134536765433-0.8932565774340.5433316020280.627217776365-0.203772246620.0686742003033-0.0153577286255-0.3247256475980.1157565233450.294637885571-0.0419838788912-0.02568232088570.390835707938-0.139180419710.22948531397143.8511260385-32.225761632247.0225077666
43.367058785890.833540879034-0.5066471258913.719011610530.4691441917149.02000525378-0.1524297869240.2930597411520.1180931410380.0310296763112-0.00969746877061-0.5432092589410.1096687661490.4712284275240.195088010970.1003026476270.02068237622790.009827809370650.1681989068150.008673262702690.26912067227354.7898194018-40.969774173431.034590437
54.334571604770.5405824108560.8341995140583.201845604220.3930049146824.50054251945-0.165605747120.205047299451-0.0273579005690.0198917638878-0.0164862786149-0.1378949514470.150852220467-0.140772460380.1217206271190.106012475902-0.03513970628050.04574559444230.124626478356-0.01146962477040.12144211098943.7115261393-43.348799746529.3628836364
64.57079774308-0.9737919181531.240075280811.318558811640.5593330691072.07994630514-0.06278109923680.0902898538352-0.2132073228560.18231772915-0.1242056855950.1967710624540.373487037759-0.1832627581130.1405182800970.175068592198-0.1230317088630.06240109853690.226998661749-0.02256736934530.17183766493134.07704077-46.237311634429.932455729
79.556686292736.864291730256.211293399785.170845198565.549650990088.947422025760.36928553558-0.483432441567-0.1906494638550.7283006303910.1014034508780.036338453410.732437271644-0.0251143246262-0.3962679399230.166212895025-0.08722384972440.02974139467390.377464800215-0.001775985449930.1285009707524.7556742391-49.943361825532.4330191246
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 0 through 23 )0 - 231 - 24
22chain 'A' and (resid 24 through 57 )24 - 5725 - 58
33chain 'A' and (resid 58 through 125 )58 - 12559 - 126
44chain 'A' and (resid 126 through 161 )126 - 161127 - 162
55chain 'A' and (resid 162 through 225 )162 - 225163 - 226
66chain 'A' and (resid 226 through 248 )226 - 248227 - 249
77chain 'A' and (resid 249 through 263 )249 - 263250 - 264

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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