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Yorodumi- PDB-7tq1: Crystal structure of adaptive laboratory evolved sulfonamide-resi... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7tq1 | ||||||
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Title | Crystal structure of adaptive laboratory evolved sulfonamide-resistant Dihydropteroate Synthase (DHPS) from Escherichia coli in complex with 6-hydroxymethylpterin | ||||||
Components | Dihydropteroate synthase | ||||||
Keywords | TRANSFERASE / DHPS / DIHYDROPTEROATE SYNTHASE / FOLP / TIM BARREL / ALPHA BETA PROTEIN / SULFONAMIDES / STRUCTURAL GENOMICS / CSGID / CENTER FOR STRUCTURAL GENOMICS OF INFECTIOUS DISEASES / NIAID / NATIONAL INSTITUTE OF ALLERGY AND INFECTIOUS DISEASES / IDP98884 | ||||||
Function / homology | Function and homology information dihydropteroate synthase / dihydropteroate synthase activity / folic acid biosynthetic process / tetrahydrofolate biosynthetic process / response to xenobiotic stimulus / metal ion binding / cytoplasm / cytosol Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Escherichia coli (E. coli) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.73 Å | ||||||
Authors | Stogios, P.J. / Skarina, T. / Tan, K. / Venkatesan, M. / Fruci, M. / Joachimiak, A. / Savchenko, A. / Satchell, K.J.F. / Center for Structural Biology of Infectious Diseases (CSBID) / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID) | ||||||
Funding support | United States, 1items
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Citation | Journal: Nat Commun / Year: 2023 Title: Molecular mechanism of plasmid-borne resistance to sulfonamide antibiotics. Authors: Venkatesan, M. / Fruci, M. / Verellen, L.A. / Skarina, T. / Mesa, N. / Flick, R. / Pham, C. / Mahadevan, R. / Stogios, P.J. / Savchenko, A. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 7tq1.cif.gz | 252 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb7tq1.ent.gz | 182.1 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 7tq1.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 7tq1_validation.pdf.gz | 944 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 7tq1_full_validation.pdf.gz | 935.8 KB | Display | |
Data in XML | 7tq1_validation.xml.gz | 22.4 KB | Display | |
Data in CIF | 7tq1_validation.cif.gz | 29.8 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tq/7tq1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tq/7tq1 | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 7s2iC 7s2jC 7s2kC 7s2lC 7s2mC 8scdC 1ajzS C: citing same article (ref.) S: Starting model for refinement |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homologyF&H Search |
Other databases |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 30913.375 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Escherichia coli (E. coli) / Strain: K12 / Gene: folP, dhpS, b3177, JW3144 / Plasmid: pMCSG53 / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / Variant (production host): -Gold / References: UniProt: P0AC13, dihydropteroate synthase #2: Chemical | #3: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.34 Å3/Da / Density % sol: 47.37 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 8.5 Details: 25% (w/v) PEG 3350, 0.2 M magnesium chloride, 0.1 M Tris pH 8.5, 2 mM 6-hydroxymethyl- 7,8-dihydropterin diphosphate + 2mM para-aminobenzoic acid |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 19-ID / Wavelength: 0.97913 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Oct 28, 2021 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97913 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.73→50 Å / Num. obs: 14996 / % possible obs: 95.4 % / Redundancy: 6.6 % / Biso Wilson estimate: 58.69 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.189 / Rpim(I) all: 0.081 / Net I/σ(I): 10.05 |
Reflection shell | Resolution: 2.75→2.8 Å / Rmerge(I) obs: 0.945 / Mean I/σ(I) obs: 1.04 / Num. unique obs: 629 / CC1/2: 0.764 / Rpim(I) all: 0.764 / % possible all: 82.2 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 1ajz Resolution: 2.73→46.77 Å / SU ML: 0.4262 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 37.1147 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.1 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 76.89 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.73→46.77 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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