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- PDB-7s0z: Structures of TcdB in complex with R-Ras -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7s0z
タイトルStructures of TcdB in complex with R-Ras
要素
  • Ras-related protein R-Ras
  • Toxin B
キーワードHydrolase/Transferase / toxin / substrate / enzyme / Hydrolase-Transferase complex
機能・相同性
機能・相同性情報


leukocyte differentiation / positive regulation of endothelial cell-matrix adhesion via fibronectin / Schwann cell migration / negative regulation of Schwann cell migration / positive regulation of vasculogenesis / SEMA3A-Plexin repulsion signaling by inhibiting Integrin adhesion / face morphogenesis / Sema4D mediated inhibition of cell attachment and migration / host cell cytosol / glycosyltransferase activity ...leukocyte differentiation / positive regulation of endothelial cell-matrix adhesion via fibronectin / Schwann cell migration / negative regulation of Schwann cell migration / positive regulation of vasculogenesis / SEMA3A-Plexin repulsion signaling by inhibiting Integrin adhesion / face morphogenesis / Sema4D mediated inhibition of cell attachment and migration / host cell cytosol / glycosyltransferase activity / regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / cysteine-type peptidase activity / positive regulation of endothelial cell migration / regulation of ERK1 and ERK2 cascade / host cell endosome membrane / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / positive regulation of angiogenesis / GDP binding / toxin activity / Ras protein signal transduction / focal adhesion / GTPase activity / lipid binding / protein-containing complex binding / GTP binding / host cell plasma membrane / proteolysis / extracellular exosome / extracellular region / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
TcdA/TcdB toxin, N-terminal helical domain / TcdB toxin N-terminal helical domain / TcdA/TcdB toxin, catalytic glycosyltransferase domain / TcdA/TcdB catalytic glycosyltransferase domain / Dermonecrotic/RTX toxin, membrane localization domain / Membrane Localization Domain / TcdA/TcdB toxin, pore forming domain / TcdA/TcdB pore forming domain / CGT/MARTX, cysteine protease (CPD) domain / CGT/MARTX, cysteine protease (CPD) domain superfamily ...TcdA/TcdB toxin, N-terminal helical domain / TcdB toxin N-terminal helical domain / TcdA/TcdB toxin, catalytic glycosyltransferase domain / TcdA/TcdB catalytic glycosyltransferase domain / Dermonecrotic/RTX toxin, membrane localization domain / Membrane Localization Domain / TcdA/TcdB toxin, pore forming domain / TcdA/TcdB pore forming domain / CGT/MARTX, cysteine protease (CPD) domain / CGT/MARTX, cysteine protease (CPD) domain superfamily / Peptidase C80 family / CGT/MARTX cysteine protease (CPD) domain profile. / Choline-binding repeat / Putative cell wall binding repeat / Cell wall/choline-binding repeat / Cell wall-binding repeat profile. / Small GTPase, Ras-type / small GTPase Ras family profile. / Ran (Ras-related nuclear proteins) /TC4 subfamily of small GTPases / Nucleotide-diphospho-sugar transferases / Rho (Ras homology) subfamily of Ras-like small GTPases / Ras subfamily of RAS small GTPases / Small GTPase / Ras family / Rab subfamily of small GTPases / Small GTP-binding protein domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / alpha-D-glucopyranose / : / AMMONIUM ION / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / URIDINE-5'-DIPHOSPHATE / Glycosylating toxin TcdB / Ras-related protein R-Ras
類似検索 - 構成要素
生物種Clostridioides difficile (バクテリア)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.34 Å
データ登録者Zheng, L. / Rongsheng, J. / Peng, C.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS) 米国
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2021
タイトル: Structural basis for selective modification of Rho and Ras GTPases by Clostridioides difficile toxin B.
著者: Liu, Z. / Zhang, S. / Chen, P. / Tian, S. / Zeng, J. / Perry, K. / Dong, M. / Jin, R.
履歴
登録2021年8月31日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年9月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年3月23日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Toxin B
A: Toxin B
C: Ras-related protein R-Ras
D: Ras-related protein R-Ras
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)169,42255
ポリマ－165,1754
非ポリマー4,24751
水9,710539
1
B: Toxin B
D: Ras-related protein R-Ras
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)84,54023
ポリマ－82,5872
非ポリマー1,95321
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8150 Å2
ΔGint-29 kcal/mol
Surface area30720 Å2
手法PISA
2
A: Toxin B
C: Ras-related protein R-Ras
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)84,88232
ポリマ－82,5872
非ポリマー2,29530
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9860 Å2
ΔGint-61 kcal/mol
Surface area30460 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)76.308, 112.112, 101.571
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 95.89, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 2種, 4分子 BACD

#1: タンパク質 Toxin B


分子量: 62642.113 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Clostridioides difficile (バクテリア)
遺伝子: tcdB, SAMEA708418_03270 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: M4NKV9, 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 六炭糖残基を移すもの
#2: タンパク質 Ras-related protein R-Ras / p23


分子量: 19945.336 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RRAS / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P10301, 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与

-
糖 , 1種, 2分子

#9: 糖 ChemComp-GLC / alpha-D-glucopyranose / alpha-D-glucose / D-glucose / glucose / α-D-グルコピラノ-ス


タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H12O6
識別子タイププログラム
DGlcpaCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
a-D-glucopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
a-D-GlcpIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 9種, 588分子

#3: 化合物 ChemComp-UDP / URIDINE-5'-DIPHOSPHATE / UDP


タイプ: RNA linking / 分子量: 404.161 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H14N2O12P2 / コメント: UDP*YM
#4: 化合物
ChemComp-NH4 / AMMONIUM ION / アンモニウム


分子量: 18.038 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: H4N
#5: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 化合物
ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#7: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#8: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#10: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#11: 化合物 ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP


タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O11P2 / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#12: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 539 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.62 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.99 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.2M ammonium acetate, 0.1M sodium citrate tribasic dihydrate, pH 4.8, and 17% PEG 4000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.97918 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年12月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.34→112.11 Å / Num. obs: 70923 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 3.4 % / CC1/2: 0.993 / Rmerge(I) obs: 0.085 / Net I/σ(I): 9.6
反射 シェル解像度: 2.34→2.39 Å / Num. unique obs: 4599 / CC1/2: 0.693

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0258精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6OQ7,2FN4

6oq7

2fn4


解像度: 2.34→76.02 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.948 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.922 / SU B: 8.499 / SU ML: 0.197 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.403 / ESU R Free: 0.248 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.241 3516 5 %RANDOM
Rwork0.201 ---
obs0.203 67379 98.8 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 37.61 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.82 Å20 Å21.94 Å2
2---2.03 Å20 Å2
3----0.18 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.34→76.02 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11614 0 265 539 12418
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0050.01312073
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.01710958
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.231.65916305
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.4591.58525529
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.18151438
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.11524.384666
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.422152126
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.0441550
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0620.21579
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0213379
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.022415
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.3064.0285776
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.3064.0285775
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.176.0317196
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.176.0317197
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.5374.1736297
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other1.5384.1746289
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other2.56.1969097
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined3.82747.73814103
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other3.80447.65214025
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.34→2.4 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.309 238 -
Rwork0.262 5019 -
obs--99.6 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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