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万見
- PDB-7s0p: Crystal structure of Porcine Factor VIII C2 Domain Bound to Phosp... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7s0p
タイトルCrystal structure of Porcine Factor VIII C2 Domain Bound to Phosphatidylserine
要素Coagulation factor VIII
キーワードLIPID BINDING PROTEIN / factor VIII / lipid / hemostasis
機能・相同性
機能・相同性情報


blood coagulation, intrinsic pathway / acute-phase response / oxidoreductase activity / copper ion binding / extracellular space
類似検索 - 分子機能
Coagulation factor 5/8-like / : / Coagulation factors 5/8 type C domain (FA58C) signature 2. / Multicopper oxidases, conserved site / Multicopper oxidases signature 1. / Coagulation factors 5/8 type C domain (FA58C) signature 1. / Coagulation factor 5/8 C-terminal domain, discoidin domain / Coagulation factors 5/8 type C domain (FA58C) profile. / Multicopper oxidase, C-terminal / Multicopper oxidase ...Coagulation factor 5/8-like / : / Coagulation factors 5/8 type C domain (FA58C) signature 2. / Multicopper oxidases, conserved site / Multicopper oxidases signature 1. / Coagulation factors 5/8 type C domain (FA58C) signature 1. / Coagulation factor 5/8 C-terminal domain, discoidin domain / Coagulation factors 5/8 type C domain (FA58C) profile. / Multicopper oxidase, C-terminal / Multicopper oxidase / F5/8 type C domain / Coagulation factor 5/8 C-terminal domain / Multicopper oxidase, type 1 / Multicopper oxidase / Multicopper oxidase, N-terminal / Multicopper oxidase / Cupredoxin / Galactose-binding-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHOSERINE / Coagulation factor VIII
類似検索 - 構成要素
生物種Sus scrofa (ブタ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.3 Å
データ登録者Peters, S.C. / Childers, K.C. / Wo, S.W. / Brison, C.M. / Swanson, C.D. / Spiegel, P.C.
資金援助 米国, 6件
組織認可番号国
National Science Foundation (NSF, United States)MRI 1429164 米国
National Institutes of Health/National Heart, Lung, and Blood Institute (NIH/NHLBI)R15HL103518 米国
National Institutes of Health/National Heart, Lung, and Blood Institute (NIH/NHLBI)U54HL141981 米国
National Institutes of Health/National Heart, Lung, and Blood Institute (NIH/NHLBI)R44HL117511 米国
National Institutes of Health/National Heart, Lung, and Blood Institute (NIH/NHLBI)R44HL110448 米国
National Institutes of Health/National Heart, Lung, and Blood Institute (NIH/NHLBI)U54HL112309 米国
引用ジャーナル: Front Mol Biosci / 年: 2022
タイトル: Stable binding to phosphatidylserine-containing membranes requires conserved arginine residues in tandem C domains of blood coagulation factor VIII.
著者: Peters, S.C. / Childers, K.C. / Mitchell, C.E. / Avery, N.G. / Reese Jr., S.S. / Mitchell, C. / Wo, S.W. / Swanson, C.D. / Brison, C.M. / Spiegel Jr., P.C.
履歴
登録2021年8月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年10月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年11月9日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.22022年11月30日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.32023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
M: Coagulation factor VIII
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,6872
ポリマ－17,5021
非ポリマー1851
水3,099172
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)49.072, 68.323, 105.987
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number23
Space group name H-MI222

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要素

#1: タンパク質 Coagulation factor VIII / Procoagulant component


分子量: 17501.822 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Sus scrofa (ブタ) / 遺伝子: F8, CF8 / 発現宿主: Escherichia coli B (大腸菌) / 参照: UniProt: P12263
#2: 化合物 ChemComp-SEP / PHOSPHOSERINE / PHOSPHONOSERINE / L-ホスホセリン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 185.072 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8NO6P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 172 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.54 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.59 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 2:1 drop ratio 0.1 M CHES (pH 7.4) 0.1M magnesium acetate 10% ethanol (v/v) Crystal soaked with 5 mM OPLS

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データ収集

回折平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.1 / 波長: 1.1158 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 1 / 検出器: CCD / 日付: 2018年2月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1158 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.3→44.531 Å / Num. obs: 42676 / % possible obs: 96.5 % / 冗長度: 13.3 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.073 / Rpim(I) all: 0.029 / Rrim(I) all: 0.078 / Net I/σ(I): 18.3
反射 シェル解像度: 1.3→1.32 Å / Rmerge(I) obs: 0.764 / Num. unique obs: 1614 / CC1/2: 0.832 / Rpim(I) all: 0.44 / Rrim(I) all: 0.892

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.11.1_2575精密化
Adxvデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
Cootモデル構築
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4MO3

4mo3


解像度: 1.3→44.531 Å / SU ML: 0.1 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 16.03 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1559 2000 4.69 %
Rwork0.1365 40666 -
obs0.1374 42666 96.54 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 314.6 Å2 / Biso mean: 22.1641 Å2 / Biso min: 9.18 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.3→44.531 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1230 0 11 172 1413
Biso mean--132.43 30.79 -
残基数----157
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0071404
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0711928
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.123220
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006246
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d22.907520
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.3-1.33250.2191080.221218274
1.3325-1.36850.26931210.1798247383
1.3685-1.40880.18511390.1618280794
1.4088-1.45430.18351440.13982960100
1.4543-1.50630.17251470.12472980100
1.5063-1.56660.16781470.11362982100
1.5666-1.63790.14871470.10752983100
1.6379-1.72420.13511470.11332985100
1.7242-1.83230.12271470.11583016100
1.8323-1.97370.1611490.12122997100
1.9737-2.17240.13281470.11983020100
2.1724-2.48670.15191500.12733025100
2.4867-3.13280.15991500.14563065100
3.1328-44.530.15631570.15463191100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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