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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7s0i | ||||||||||||
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タイトル | CRYSTAL STRUCTURE OF N1 NEURAMINIDASE FROM A/Michigan/45/2015(H1N1) | ||||||||||||
要素 | Neuraminidaseノイラミニダーゼ | ||||||||||||
キーワード | HYDROLASE (加水分解酵素) / Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス) / H1N1 (H1N1亜型) / neuraminidase (ノイラミニダーゼ) / head domain (頭) / measles virus phosphoprotein tetramerization domain | ||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 exo-alpha-(2->3)-sialidase activity / exo-alpha-(2->6)-sialidase activity / exo-alpha-(2->8)-sialidase activity / ノイラミニダーゼ / viral budding from plasma membrane / membrane => GO:0016020 / carbohydrate metabolic process / host cell plasma membrane / virion membrane / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス) | ||||||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.892 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Zhu, X. / Wilson, I.A. | ||||||||||||
資金援助 | 米国, 3件
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引用 | ジャーナル: Mbio / 年: 2021 タイトル: A Novel Recombinant Influenza Virus Neuraminidase Vaccine Candidate Stabilized by a Measles Virus Phosphoprotein Tetramerization Domain Provides Robust Protection from Virus Challenge in the Mouse Model. 著者: Strohmeier, S. / Amanat, F. / Zhu, X. / McMahon, M. / Deming, M.E. / Pasetti, M.F. / Neuzil, K.M. / Wilson, I.A. / Krammer, F. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7s0i.cif.gz | 92.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7s0i.ent.gz | 66.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7s0i.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s0/7s0i ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s0/7s0i | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 3nssS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 43264.336 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Influenza A virus (A/Michigan/45/2015(H1N1)) (A型インフルエンザウイルス) 株: A/Michigan/45/2015(H1N1) / 遺伝子: NA 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: A0A0X9QTS2, ノイラミニダーゼ | ||||
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#2: 多糖 | alpha-D-mannopyranose-(1-3)-alpha-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-alpha-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose | ||||
#3: 糖 | ChemComp-NAG / | ||||
#4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.57 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.2 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 詳細: 0.2 M calcium acetate, 20% (w/v) polyethylene glycol 3,350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1.033 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年3月5日 |
放射 | モノクロメーター: double crystal monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.033 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.892→46.1 Å / Num. obs: 9713 / % possible obs: 91.5 % / 冗長度: 6.8 % / Biso Wilson estimate: 59 Å2 / CC1/2: 0.953 / Rpim(I) all: 0.14 / Rsym value: 0.35 / Net I/σ(I): 4 |
反射 シェル | 解像度: 2.9→2.95 Å / Mean I/σ(I) obs: 1 / Num. unique obs: 478 / CC1/2: 0.81 / Rpim(I) all: 0.36 / Rsym value: 0.87 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 3NSS 解像度: 2.892→46.066 Å / SU ML: 0.37 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 27.37 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 125.27 Å2 / Biso mean: 35.3545 Å2 / Biso min: 19.82 Å2 | ||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.892→46.066 Å
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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