PDB-7rzo: Crystal structure of a dihydrofolate reductase (folA) from Stenot...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7rzo

タイトル

Crystal structure of a dihydrofolate reductase (folA) from Stenotrophomonas maltophilia

要素

Dihydrofolate reductase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / SSGCID / folA / dihydrofolate reductase / DHFR / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease

機能・相同性

機能・相同性情報

glycine biosynthetic process / dihydrofolate reductase / dihydrofolate reductase activity / tetrahydrofolate biosynthetic process / one-carbon metabolic process / NADP binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Stenotrophomonas maltophilia (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: to be published
タイトル: Crystal Structure of dihydrofolate reductase from Stenotrophomonas maltophilia K279a
著者: Mayclin, S.J. / Abendroth, J. / Lorimer, D.D. / Horanyi, P.S. / Edwards, T.E.

履歴

登録	2021年8月27日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2021年10月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月18日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7rzo.cif.gz	90.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7rzo.ent.gz	65.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7rzo.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	7rzo_validation.pdf.gz	411.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7rzo_full_validation.pdf.gz	411.8 KB	表示
XML形式データ	7rzo_validation.xml.gz	11 KB	表示
CIF形式データ	7rzo_validation.cif.gz	16.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rz/7rzo ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rz/7rzo	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5hi6S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4x5h-d 4x5g-2 1ra2-d 5ujx-2 1rx4-d 4qn8-2 1jom-d 2i6o-d 1rx5-d 6qbd-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#34 - 2002年10月ジヒドロ葉酸還元酵素 (Dihydrofolate Reductase) 類似性 (9)

登録構造単位

A: Dihydrofolate reductase

ヘテロ分子

19.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	104.170, 104.170, 87.640
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	98
Space group name H-M	I4₁22

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-531- HOH

#1: タンパク質	Dihydrofolate reductase 分子量: 19266.900 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Stenotrophomonas maltophilia (strain K279a) (バクテリア) 株: K279a / 遺伝子: folA, Smlt0814 / プラスミド: StmaA.01062.a.B1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: B2FPG1, dihydrofolate reductase
#2: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 262 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.1 Å³/Da / 溶媒含有率: 60 %
結晶化	温度: 287 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: MCSG-1 C7 (313874c7): 100 mM Tris:HCl, pH8.5, 200 mM CaCl2, 25% (w/v) PEG 4000: StmaA.01062.a.B1.PW38724 @ 26.35 mg/mL: 15% EG: puck/pin id: dqg0-6

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å

検出器

タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2020年3月5日 / 詳細: Beryllium Lenses

放射

モノクロメーター: Diamond [111] / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97872 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.8→37.66 Å / Num. obs: 22548 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 9.788 % / B_iso Wilson estimate: 32.421 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.054 / R_rim(I) all: 0.057 / Χ²: 1.014 / Net I/σ(I): 24.88 / Num. measured all: 220707 / Scaling rejects: 12

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. possible	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
1.8-1.85	9.9	0.56	4.22	16147	1644	1631	0.932	0.59	99.2
1.85-1.9	9.936	0.436	5.38	15887	1612	1599	0.954	0.459	99.2
1.9-1.95	9.962	0.331	7	15372	1558	1543	0.972	0.349	99
1.95-2.01	9.888	0.252	9.35	14901	1515	1507	0.981	0.266	99.5
2.01-2.08	9.917	0.199	11.5	14618	1480	1474	0.99	0.21	99.6
2.08-2.15	9.93	0.152	14.7	14021	1420	1412	0.992	0.16	99.4
2.15-2.23	9.892	0.128	17.37	13483	1368	1363	0.994	0.135	99.6
2.23-2.32	9.879	0.104	20.72	13248	1347	1341	0.996	0.11	99.6
2.32-2.43	9.853	0.093	22.93	12612	1281	1280	0.997	0.098	99.9
2.43-2.55	9.855	0.081	26.07	12013	1223	1219	0.998	0.085	99.7
2.55-2.68	9.872	0.07	29.25	11531	1169	1168	0.998	0.073	99.9
2.68-2.85	9.763	0.059	34.13	10876	1115	1114	0.998	0.062	99.9
2.85-3.04	9.802	0.05	39.61	10165	1037	1037	0.999	0.053	100
3.04-3.29	9.659	0.043	45.2	9466	981	980	0.999	0.045	99.9
3.29-3.6	9.63	0.036	51.87	8667	900	900	0.999	0.038	100
3.6-4.02	9.588	0.033	55.23	7881	822	822	0.999	0.035	100
4.02-4.65	9.522	0.032	57.2	6970	732	732	0.999	0.034	100
4.65-5.69	9.382	0.033	56.34	5948	635	634	0.999	0.035	99.8
5.69-8.05	9.11	0.034	54.38	4491	497	493	0.999	0.036	99.2
8.05-37.66	8.06	0.032	54.79	2410	305	299	0.998	0.035	98

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
MOLREP		位相決定
PHENIX	1.17.1-3660	精密化
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5hi6

5hi6

解像度: 1.8→37.66 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 17.88 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1867	1998	8.86 %
R_work	0.1571	20546	-
obs	0.1597	22544	99.57 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 101.16 Å² / B_iso mean: 30.5632 Å² / B_iso min: 12.63 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.8→37.66 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1279	0	9	263	1551
B_iso mean	-	-	38.98	41.67	-
残基数	-	-	-	-	164

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.8-1.84	0.2816	138	0.2405	1432	1570	99
1.84-1.89	0.2417	142	0.2062	1456	1598	99
1.89-1.95	0.2371	138	0.1764	1429	1567	99
1.95-2.01	0.1776	144	0.1735	1429	1573	99
2.01-2.09	0.2089	136	0.1747	1462	1598	99
2.09-2.17	0.2184	127	0.1605	1457	1584	100
2.17-2.27	0.1871	139	0.1629	1460	1599	100
2.27-2.39	0.2014	145	0.165	1443	1588	100
2.39-2.54	0.2161	148	0.1646	1465	1613	100
2.54-2.73	0.1964	154	0.1709	1457	1611	100
2.73-3.01	0.1964	158	0.1598	1459	1617	100
3.01-3.44	0.1632	149	0.1518	1484	1633	100
3.44-4.34	0.168	130	0.1263	1528	1658	100
4.34-37.66	0.1659	150	0.1553	1585	1735	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.9892	-4.2826	-2.5975	3.5449	2.0021	6.4249	0.0045	0.187	-0.2091	-0.3464	-0.0358	-0.2402	0.1453	0.154	0.1561	0.2148	-0.0574	0.039	0.1726	-0.0085	0.2169	11.0564	6.5811	15.4247
2	3.8753	1.7279	-0.7731	4.3045	-1.5841	2.4573	-0.0459	-0.0962	0.1189	-0.1989	-0.1492	-0.1225	-0.2369	0.1275	0.2855	0.2952	0.011	0.0003	0.1676	-0.0118	0.2478	7.9278	21.5518	23.471
3	8.3379	-6.3185	-6.9033	5.3489	6.338	8.2385	-0.3935	-0.5186	-0.3104	0.5912	0.0582	0.1827	0.2923	0.2309	0.2889	0.2373	-0.0203	0.0085	0.1919	0.0701	0.2136	10.0988	6.1138	28.0565
4	6.5461	-2.215	1.2088	3.1998	3.938	8.1456	-0.2421	0.1923	0.5457	0.2067	0.2557	-0.7724	-0.4979	0.385	0.0491	0.2492	-0.0373	-0.0083	0.2276	0.049	0.2448	21.6868	14.4024	20.928
5	4.8011	-0.5554	-0.566	2.5113	2.1961	2.4191	-0.0493	-0.2334	0.0971	0.0707	0.1443	-0.3687	-0.3298	0.5285	-0.0656	0.2304	-0.0304	0.0102	0.2389	0.0019	0.2234	26.8107	10.3791	20.8168
6	6.7408	-2.2794	-1.608	2.8679	-2.2421	5.3063	-0.198	0.1566	-0.3978	-0.0577	0.0436	0.0233	0.5286	0.148	0.1555	0.1811	-0.0284	0.0257	0.1566	-0.0178	0.2191	20.4664	2.1529	14.2105
7	6.096	1.5565	2.4005	8.6254	5.2082	3.6713	-0.2999	0.5554	0.2951	-0.5467	0.2514	-0.2519	-0.5172	0.4876	-0.0271	0.3012	-0.049	0.0266	0.2576	0.0497	0.207	14.0769	13.0812	8.4651
8	2.9125	0.716	-0.4814	6.2772	2.7147	4.4147	-0.0496	0.0944	0.2374	-0.1808	0.023	0.0717	-0.3863	-0.1056	0.028	0.1909	0.0042	-0.0231	0.1382	0.037	0.1191	5.4528	17.1793	18.3183
9	5.9494	2.3365	-0.9976	5.9105	3.5835	6.6436	-0.0414	0.3873	0.3778	-0.5245	0.1238	0.5024	0.2218	-0.2645	-0.0318	0.1307	0.0226	-0.0494	0.1504	0.0171	0.2121	-0.6367	9.768	13.4071
10	0.8828	-0.7163	-1.0901	6.9308	5.7259	4.531	-0.0736	-0.0672	-0.0226	0.2506	-0.1374	0.3359	0.2509	-0.1148	0.2139	0.1932	-0.0299	0.0203	0.1834	-0.0118	0.1913	0.2707	11.875	24.4178

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 0 through 9 )	A	0 - 9
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 10 through 25 )	A	10 - 25
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 26 through 39 )	A	26 - 39
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 40 through 51 )	A	40 - 51
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 52 through 79 )	A	52 - 79
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 80 through 100 )	A	80 - 100
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 101 through 110 )	A	101 - 110
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 111 through 129 )	A	111 - 129
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 130 through 145 )	A	130 - 145
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'A' and (resid 146 through 163 )	A	146 - 163

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)