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Yorodumi- PDB-7rzo: Crystal structure of a dihydrofolate reductase (folA) from Stenot... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7rzo | ||||||
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Title | Crystal structure of a dihydrofolate reductase (folA) from Stenotrophomonas maltophilia | ||||||
Components | Dihydrofolate reductase | ||||||
Keywords | OXIDOREDUCTASE / SSGCID / folA / dihydrofolate reductase / DHFR / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease | ||||||
Function / homology | Function and homology information glycine biosynthetic process / dihydrofolate reductase / dihydrofolate reductase activity / tetrahydrofolate biosynthetic process / one-carbon metabolic process / NADP binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Stenotrophomonas maltophilia (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / molecular replacement / Resolution: 1.8 Å | ||||||
Authors | Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID) | ||||||
Funding support | United States, 1items
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Citation | Journal: to be published Title: Crystal Structure of dihydrofolate reductase from Stenotrophomonas maltophilia K279a Authors: Mayclin, S.J. / Abendroth, J. / Lorimer, D.D. / Horanyi, P.S. / Edwards, T.E. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 7rzo.cif.gz | 90.5 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb7rzo.ent.gz | 65.8 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 7rzo.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 7rzo_validation.pdf.gz | 411.8 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 7rzo_full_validation.pdf.gz | 411.8 KB | Display | |
Data in XML | 7rzo_validation.xml.gz | 11 KB | Display | |
Data in CIF | 7rzo_validation.cif.gz | 16.3 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rz/7rzo ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rz/7rzo | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 5hi6S S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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-Components
#1: Protein | Mass: 19266.900 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Stenotrophomonas maltophilia (strain K279a) (bacteria) Strain: K279a / Gene: folA, Smlt0814 / Plasmid: StmaA.01062.a.B1 / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / References: UniProt: B2FPG1, dihydrofolate reductase | ||||||
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#2: Chemical | #3: Chemical | ChemComp-CL / | #4: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | N | |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.1 Å3/Da / Density % sol: 60 % |
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Crystal grow | Temperature: 287 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 8.5 Details: MCSG-1 C7 (313874c7): 100 mM Tris:HCl, pH8.5, 200 mM CaCl2, 25% (w/v) PEG 4000: StmaA.01062.a.B1.PW38724 @ 26.35 mg/mL: 15% EG: puck/pin id: dqg0-6 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 21-ID-F / Wavelength: 0.97872 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: RAYONIX MX-300 / Detector: CCD / Date: Mar 5, 2020 / Details: Beryllium Lenses | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: Diamond [111] / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97872 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.8→37.66 Å / Num. obs: 22548 / % possible obs: 99.6 % / Redundancy: 9.788 % / Biso Wilson estimate: 32.421 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.054 / Rrim(I) all: 0.057 / Χ2: 1.014 / Net I/σ(I): 24.88 / Num. measured all: 220707 / Scaling rejects: 12 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Phasing
Phasing | Method: molecular replacement |
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 5hi6 Resolution: 1.8→37.66 Å / SU ML: 0.2 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / Phase error: 17.88 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 101.16 Å2 / Biso mean: 30.5632 Å2 / Biso min: 12.63 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.8→37.66 Å
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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