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- PDB-7rzo: Crystal structure of a dihydrofolate reductase (folA) from Stenot... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7rzo
タイトルCrystal structure of a dihydrofolate reductase (folA) from Stenotrophomonas maltophilia
要素Dihydrofolate reductase
キーワードOXIDOREDUCTASE / SSGCID / folA / dihydrofolate reductase / DHFR / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease
機能・相同性
機能・相同性情報


dihydrofolate metabolic process / dihydrofolate reductase / dihydrofolate reductase activity / folic acid metabolic process / tetrahydrofolate biosynthetic process / one-carbon metabolic process / NADP binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Dihydrofolate reductase / Dihydrofolate reductase conserved site / Dihydrofolate reductase (DHFR) domain signature. / Dihydrofolate reductase (DHFR) domain profile. / Dihydrofolate reductase domain / Dihydrofolate reductase / Dihydrofolate reductase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Dihydrofolate reductase
類似検索 - 構成要素
生物種Stenotrophomonas maltophilia (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID) 米国
引用ジャーナル: to be published
タイトル: Crystal Structure of dihydrofolate reductase from Stenotrophomonas maltophilia K279a
著者: Mayclin, S.J. / Abendroth, J. / Lorimer, D.D. / Horanyi, P.S. / Edwards, T.E.
履歴
登録2021年8月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年10月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Dihydrofolate reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,4264
ポリマ－19,2671
非ポリマー1603
水4,720262
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)104.170, 104.170, 87.640
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number98
Space group name H-MI4122
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-531-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Dihydrofolate reductase


分子量: 19266.900 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Stenotrophomonas maltophilia (strain K279a) (バクテリア)
株: K279a / 遺伝子: folA, Smlt0814 / プラスミド: StmaA.01062.a.B1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: B2FPG1, dihydrofolate reductase
#2: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 262 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 60 %
結晶化温度: 287 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: MCSG-1 C7 (313874c7): 100 mM Tris:HCl, pH8.5, 200 mM CaCl2, 25% (w/v) PEG 4000: StmaA.01062.a.B1.PW38724 @ 26.35 mg/mL: 15% EG: puck/pin id: dqg0-6

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2020年3月5日 / 詳細: Beryllium Lenses
放射モノクロメーター: Diamond [111] / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→37.66 Å / Num. obs: 22548 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 9.788 % / Biso Wilson estimate: 32.421 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.054 / Rrim(I) all: 0.057 / Χ2: 1.014 / Net I/σ(I): 24.88 / Num. measured all: 220707 / Scaling rejects: 12
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
1.8-1.859.90.564.2216147164416310.9320.5999.2
1.85-1.99.9360.4365.3815887161215990.9540.45999.2
1.9-1.959.9620.331715372155815430.9720.34999
1.95-2.019.8880.2529.3514901151515070.9810.26699.5
2.01-2.089.9170.19911.514618148014740.990.2199.6
2.08-2.159.930.15214.714021142014120.9920.1699.4
2.15-2.239.8920.12817.3713483136813630.9940.13599.6
2.23-2.329.8790.10420.7213248134713410.9960.1199.6
2.32-2.439.8530.09322.9312612128112800.9970.09899.9
2.43-2.559.8550.08126.0712013122312190.9980.08599.7
2.55-2.689.8720.0729.2511531116911680.9980.07399.9
2.68-2.859.7630.05934.1310876111511140.9980.06299.9
2.85-3.049.8020.0539.6110165103710370.9990.053100
3.04-3.299.6590.04345.294669819800.9990.04599.9
3.29-3.69.630.03651.8786679009000.9990.038100
3.6-4.029.5880.03355.2378818228220.9990.035100
4.02-4.659.5220.03257.269707327320.9990.034100
4.65-5.699.3820.03356.3459486356340.9990.03599.8
5.69-8.059.110.03454.3844914974930.9990.03699.2
8.05-37.668.060.03254.7924103052990.9980.03598

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
MOLREP位相決定
PHENIX1.17.1-3660精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5hi6

5hi6


解像度: 1.8→37.66 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 17.88 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1867 1998 8.86 %
Rwork0.1571 20546 -
obs0.1597 22544 99.57 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 101.16 Å2 / Biso mean: 30.5632 Å2 / Biso min: 12.63 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.8→37.66 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1279 0 9 263 1551
Biso mean--38.98 41.67 -
残基数----164
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.8-1.840.28161380.24051432157099
1.84-1.890.24171420.20621456159899
1.89-1.950.23711380.17641429156799
1.95-2.010.17761440.17351429157399
2.01-2.090.20891360.17471462159899
2.09-2.170.21841270.160514571584100
2.17-2.270.18711390.162914601599100
2.27-2.390.20141450.16514431588100
2.39-2.540.21611480.164614651613100
2.54-2.730.19641540.170914571611100
2.73-3.010.19641580.159814591617100
3.01-3.440.16321490.151814841633100
3.44-4.340.1681300.126315281658100
4.34-37.660.16591500.15531585173599
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.9892-4.2826-2.59753.54492.00216.42490.00450.187-0.2091-0.3464-0.0358-0.24020.14530.1540.15610.2148-0.05740.0390.1726-0.00850.216911.05646.581115.4247
23.87531.7279-0.77314.3045-1.58412.4573-0.0459-0.09620.1189-0.1989-0.1492-0.1225-0.23690.12750.28550.29520.0110.00030.1676-0.01180.24787.927821.551823.471
38.3379-6.3185-6.90335.34896.3388.2385-0.3935-0.5186-0.31040.59120.05820.18270.29230.23090.28890.2373-0.02030.00850.19190.07010.213610.09886.113828.0565
46.5461-2.2151.20883.19983.9388.1456-0.24210.19230.54570.20670.2557-0.7724-0.49790.3850.04910.2492-0.0373-0.00830.22760.0490.244821.686814.402420.928
54.8011-0.5554-0.5662.51132.19612.4191-0.0493-0.23340.09710.07070.1443-0.3687-0.32980.5285-0.06560.2304-0.03040.01020.23890.00190.223426.810710.379120.8168
66.7408-2.2794-1.6082.8679-2.24215.3063-0.1980.1566-0.3978-0.05770.04360.02330.52860.1480.15550.1811-0.02840.02570.1566-0.01780.219120.46642.152914.2105
76.0961.55652.40058.62545.20823.6713-0.29990.55540.2951-0.54670.2514-0.2519-0.51720.4876-0.02710.3012-0.0490.02660.25760.04970.20714.076913.08128.4651
82.91250.716-0.48146.27722.71474.4147-0.04960.09440.2374-0.18080.0230.0717-0.3863-0.10560.0280.19090.0042-0.02310.13820.0370.11915.452817.179318.3183
95.94942.3365-0.99765.91053.58356.6436-0.04140.38730.3778-0.52450.12380.50240.2218-0.2645-0.03180.13070.0226-0.04940.15040.01710.2121-0.63679.76813.4071
100.8828-0.7163-1.09016.93085.72594.531-0.0736-0.0672-0.02260.2506-0.13740.33590.2509-0.11480.21390.1932-0.02990.02030.1834-0.01180.19130.270711.87524.4178
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 0 through 9 )A0 - 9
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 10 through 25 )A10 - 25
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 26 through 39 )A26 - 39
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 40 through 51 )A40 - 51
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 52 through 79 )A52 - 79
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 80 through 100 )A80 - 100
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 101 through 110 )A101 - 110
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 111 through 129 )A111 - 129
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 130 through 145 )A130 - 145
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'A' and (resid 146 through 163 )A146 - 163

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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