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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7rzl | ||||||
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タイトル | Crystal structure of putative NAD(P)H-flavin oxidoreductase from Haemophilus influenzae R2846 in complex with 4-nitrophenol | ||||||
![]() | (NAD(P)H-dependent ...) x 2 | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID | ||||||
機能・相同性 | Oxygen-insensitive NAD(P)H nitroreductase NfsB-like / Nitroreductase / Nitroreductase family / Nitroreductase-like / oxidoreductase activity / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / FORMIC ACID / P-NITROPHENOL / NAD(P)H-dependent oxidoreductase![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Maltseva, N. / Kim, Y. / Endres, M. / Crofts, T. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID) | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Crystal structure of putative NAD(P)H-flavin oxidoreductase from Haemophilus influenzae R2846 in complex with 4-nitrophenol 著者: Maltseva, N. / Kim, Y. / Endres, M. / Crofts, T. / Joachimiak, A. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 252.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 176.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.4 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.4 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 21.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 31.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | |
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類似構造データ | |
その他のデータベース |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
-NAD(P)H-dependent ... , 2種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 25946.348 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: CH638_05260 / 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: A0A3E1QXW7, NAD(P)H dehydrogenase (quinone) |
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#2: タンパク質 | 分子量: 25962.348 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: CH638_05260 / 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: A0A3E1QXW7, NAD(P)H dehydrogenase (quinone) |
-非ポリマー , 6種, 271分子 ![](data/chem/img/NPO.gif)
![](data/chem/img/EDO.gif)
![](data/chem/img/FMT.gif)
![](data/chem/img/FMN.gif)
![](data/chem/img/EPE.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/EDO.gif)
![](data/chem/img/FMT.gif)
![](data/chem/img/FMN.gif)
![](data/chem/img/EPE.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#3: 化合物 | #4: 化合物 | #5: 化合物 | ChemComp-FMT / | #6: 化合物 | #7: 化合物 | ChemComp-EPE / | #8: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.88 Å3/Da / 溶媒含有率: 34.66 % |
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結晶化 | 温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.05 M magnesium chloride, 0.1 M HEPES, pH 7.5, 30% PEG550 MME |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 X 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年2月23日 |
放射 | モノクロメーター: dauble crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9789 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.45→50 Å / Num. obs: 68981 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 11.4 % / Biso Wilson estimate: 12.15 Å2 / CC1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 25.8 |
反射 シェル | 解像度: 1.45→1.48 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. unique obs: 3288 / CC1/2: 0.547 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 17.27 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.45→40.11 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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