PDB-7ryd: Hen egg-white lysozyme with ionic liquid butylammonium nitrate 1 mol%

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7ryd

タイトル

Hen egg-white lysozyme with ionic liquid butylammonium nitrate 1 mol%

要素

Lysozyme C

キーワード

HYDROLASE / lysozyme / ionic liquid / butylammonium nitrate

機能・相同性

機能・相同性情報

Lactose synthesis / Antimicrobial peptides / Neutrophil degranulation / beta-N-acetylglucosaminidase activity / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme / lysozyme activity / defense response to Gram-negative bacterium / killing of cells of another organism / defense response to Gram-positive bacterium ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Gallus gallus (ニワトリ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.18 Å

データ登録者

Han, Q. / Darmanin, C. / Smith, K. / Drummond, C. / Greaves, T.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: J Colloid Interface Sci / 年: 2023
タイトル: Probing ion-binding at a protein interface: Modulation of protein properties by ionic liquids.
著者: Han, Q. / Su, Y. / Smith, K.M. / Binns, J. / Drummond, C.J. / Darmanin, C. / Greaves, T.L.

履歴

登録	2021年8月25日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2023年3月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年9月13日	Group: Data collection / Database references カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2023年10月25日	Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7ryd.cif.gz	202.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7ryd.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7ryd.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7ryd_validation.pdf.gz	3.9 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7ryd_full_validation.pdf.gz	3.9 MB	表示
XML形式データ	7ryd_validation.xml.gz	13.6 KB	表示
CIF形式データ	7ryd_validation.cif.gz	19.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ry/7ryd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ry/7ryd	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7rxyC 7rykC 7rz0C 7rz1C 7rz2C 7jmuS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (3) #9 - 2000年9月リゾチーム (Lysozyme) 類似性 (4) #136 - 2011年4月ナノボディ (Nanobodies) 類似性 (3) #222 - 2018年6月タンパク質とナノ粒子 (Proteins and Nanoparticles) 類似性 (3) #142 - 2011年10月 PDBの先駆者たち (PDB Pioneers) 類似性 (3)

登録構造単位

AAA: Lysozyme C

BBB: Lysozyme C

ヘテロ分子

29.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

AAA: Lysozyme C

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
14.8 kDa, 1 ポリマー

2

BBB: Lysozyme C

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
14.6 kDa, 1 ポリマー

単位格子

Length a, b, c (Å)	27.640, 62.450, 59.780
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.210, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Lysozyme C / 1 / 4-beta-N-acetylmuramidase C / Allergen Gal d IV 分子量: 14331.160 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Gallus gallus (ニワトリ) / 参照: UniProt: P00698, lysozyme
#2: 化合物	ChemComp-NO3 / NITRATE ION 分子量: 62.005 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: NO₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 173 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.8 Å³/Da / 溶媒含有率: 31.67 %
結晶化	温度: 298.15 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 8 / 詳細: butylammonium nitrate 1 mol% (ca. 7wt%) in water

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.95372 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年2月6日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.95372 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.18→43.18 Å / Num. obs: 67030 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 6.2 % / CC_1/2: 0.992 / Net I/σ(I): 5.4
反射シェル	解像度: 1.18→1.2 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / Num. unique obs: 3344 / CC_1/2: 0.036 / % possible all: 99.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
iMOSFLM		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 7JMU

7jmu

解像度: 1.18→17.09 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.968 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.957 / SU B: 2.799 / SU ML: 0.051 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.055 / ESU R Free: 0.054 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.22994	3100	4.9 %
R_work	0.19908	59883	-
obs	-	59883	93.68 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 14.338 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.36 Å²	-0 Å²	-0.069 Å²
2-	-	-0.359 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.18→17.09 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2000	0	48	173	2221

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.013	2194
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.018	1913
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.893	1.636	2970
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.657	1.589	4417
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.931	5	276
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	28.889	19.925	134
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.747	15	358
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.077	15	27
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.106	0.2	271
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.02	2585
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	540
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.228	0.2	483
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.196	0.2	1801
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.174	0.2	1083
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.089	0.2	904
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.16	0.2	113
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.061	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.176	0.2	34
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.239	0.2	109
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.193	0.2	22
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.196	1.283	1079
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.171	1.279	1078
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.577	1.931	1361
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.579	1.935	1362
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.093	1.627	1115
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.995	1.609	1104
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.726	2.316	1607
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.633	2.296	1596
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	3.708	15.868	2651
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	3.645	15.642	2618
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	2.932	3	4107

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.18-1.207	0.411	224	0.43	4734	X-RAY DIFFRACTION	99.6783
1.207-1.241	0.391	239	0.392	4567	X-RAY DIFFRACTION	99.8753
1.241-1.276	0.348	237	0.357	4438	X-RAY DIFFRACTION	99.9359
1.276-1.316	0.346	185	0.318	4438	X-RAY DIFFRACTION	100
1.316-1.359	0.33	201	0.285	4161	X-RAY DIFFRACTION	99.9771
1.359-1.407	0.276	200	0.238	4071	X-RAY DIFFRACTION	99.9766
1.407-1.46	0.253	191	0.205	3340	X-RAY DIFFRACTION	84.3325
1.46-1.519	0.222	176	0.156	3134	X-RAY DIFFRACTION	84.0315
1.519-1.587	0.234	126	0.152	3082	X-RAY DIFFRACTION	84.4878
1.587-1.664	0.199	197	0.129	3456	X-RAY DIFFRACTION	100
1.664-1.754	0.182	182	0.122	3292	X-RAY DIFFRACTION	100
1.754-1.86	0.191	159	0.119	3144	X-RAY DIFFRACTION	100
1.86-1.989	0.193	77	0.118	1747	X-RAY DIFFRACTION	58.9909
1.989-2.148	0.185	115	0.125	2467	X-RAY DIFFRACTION	89.6839
2.148-2.352	0.168	151	0.122	2181	X-RAY DIFFRACTION	87.9668
2.352-2.63	0.196	156	0.131	2243	X-RAY DIFFRACTION	100
2.63-3.035	0.16	93	0.14	1895	X-RAY DIFFRACTION	93.3772
3.035-3.715	0.204	83	0.145	1551	X-RAY DIFFRACTION	90.7274
3.715-5.244	0.166	75	0.137	1229	X-RAY DIFFRACTION	93.01

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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