PDB-7rz2: Hen egg-white lysozyme with ionic liquid ethanolammonium formate ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7rz2

タイトル

Hen egg-white lysozyme with ionic liquid ethanolammonium formate 4 mol%

要素

Lysozyme C

キーワード

HYDROLASE / lysozyme / ionic liquid / ethanolammonium formate

機能・相同性

機能・相同性情報

Lactose synthesis / Antimicrobial peptides / Neutrophil degranulation / beta-N-acetylglucosaminidase activity / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme / lysozyme activity / defense response to Gram-negative bacterium / killing of cells of another organism / defense response to Gram-positive bacterium ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Gallus gallus (ニワトリ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.07 Å

データ登録者

Han, Q. / Darmanin, C. / Drummond, C. / Greaves, T.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: J Colloid Interface Sci / 年: 2023
タイトル: Probing ion-binding at a protein interface: Modulation of protein properties by ionic liquids.
著者: Han, Q. / Su, Y. / Smith, K.M. / Binns, J. / Drummond, C.J. / Darmanin, C. / Greaves, T.L.

履歴

登録	2021年8月27日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2023年3月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年9月13日	Group: Data collection / Database references カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2023年10月25日	Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model
改定 2.0	2023年11月15日	Group: Atomic model / Data collection カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp_atom / chem_comp_bond Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_1 / _chem_comp_bond.atom_id_2

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7rz2.cif.gz	121.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7rz2.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7rz2.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7rz2_validation.pdf.gz	1.7 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7rz2_full_validation.pdf.gz	1.7 MB	表示
XML形式データ	7rz2_validation.xml.gz	9 KB	表示
CIF形式データ	7rz2_validation.cif.gz	12.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rz/7rz2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rz/7rz2	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7rxyC 7rydC 7rykC 7rz0C 7rz1C 7jmuS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (3) #9 - 2000年9月リゾチーム (Lysozyme) 類似性 (4) #136 - 2011年4月ナノボディ (Nanobodies) 類似性 (3) #222 - 2018年6月タンパク質とナノ粒子 (Proteins and Nanoparticles) 類似性 (3) #142 - 2011年10月 PDBの先駆者たち (PDB Pioneers) 類似性 (3)

登録構造単位

AAA: Lysozyme C

ヘテロ分子

14.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: SAXS

単位格子

Length a, b, c (Å)	76.760, 76.760, 38.560
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	AAA-333- HOH
2	1	AAA-341- HOH

#1: タンパク質	Lysozyme C / 1 / 4-beta-N-acetylmuramidase C / Allergen Gal d IV 分子量: 14331.160 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Gallus gallus (ニワトリ) / 参照: UniProt: P00698, lysozyme
#2: 化合物	ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸分子量: 46.025 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH₂O₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-ETA / ETHANOLAMINE / エタノ-ルアミンタイプ: L-peptide COOH carboxy terminus / 分子量: 61.083 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₇NO / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 123 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.98 Å³/Da / 溶媒含有率: 37.93 %
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: ethanolammonium formate 4mol% (ca. 20wt%) in water

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX1 / 波長: 0.9537 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2018年5月2日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.07→24.29 Å / Num. obs: 50880 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 13.4 % / CC_1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 14.3
反射シェル	解像度: 1.07→1.09 Å / Num. unique obs: 2520 / CC_1/2: 0.91 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
iMOSFLM		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 7JMU

7jmu

解像度: 1.07→24.29 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.966 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.963 / SU B: 0.778 / SU ML: 0.018 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.032 / ESU R Free: 0.031 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1697	2672	5.212 %
R_work	0.152	48595	-
all	0.153	-	-
obs	-	48595	99.94 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 10.712 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.26 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.26 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.52 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.07→24.29 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1000	0	19	123	1142

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.02	0.012	1249
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.003	0.018	1178
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.283	1.634	1709
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.825	1.597	2675
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.494	5	172
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	30.877	20	78
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.113	15	215
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	21.157	15	16
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.129	0.2	156
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.013	0.02	1554
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.003	0.02	360
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.259	0.2	280
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.237	0.2	1024
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.187	0.2	568
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.083	0.2	522
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.139	0.2	67
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.399	0.2	15
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.315	0.2	73
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.209	0.2	11
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.023	0.833	613
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.985	0.833	612
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.395	1.258	792
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.413	1.261	792
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.574	1.075	635
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.524	1.067	624
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.093	1.525	909
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.082	1.522	904
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	3.257	10.273	1492
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	3.151	9.923	1469
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	8.241	3	2425

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.07-1.098	0.199	192	0.196	3545	X-RAY DIFFRACTION	99.9465
1.098-1.128	0.14	194	0.145	3454	X-RAY DIFFRACTION	99.9726
1.128-1.161	0.151	164	0.123	3360	X-RAY DIFFRACTION	99.9716
1.161-1.196	0.121	172	0.107	3281	X-RAY DIFFRACTION	99.971
1.196-1.235	0.144	169	0.129	3164	X-RAY DIFFRACTION	100
1.235-1.279	0.138	189	0.122	3064	X-RAY DIFFRACTION	100
1.279-1.327	0.167	168	0.13	2958	X-RAY DIFFRACTION	99.968
1.327-1.381	0.148	181	0.115	2820	X-RAY DIFFRACTION	99.9667
1.381-1.443	0.138	131	0.111	2764	X-RAY DIFFRACTION	100
1.443-1.513	0.166	138	0.121	2636	X-RAY DIFFRACTION	100
1.513-1.595	0.141	129	0.121	2519	X-RAY DIFFRACTION	100
1.595-1.691	0.152	165	0.118	2348	X-RAY DIFFRACTION	100
1.691-1.808	0.151	136	0.131	2217	X-RAY DIFFRACTION	100
1.808-1.953	0.172	110	0.159	2118	X-RAY DIFFRACTION	100
1.953-2.139	0.172	105	0.153	1945	X-RAY DIFFRACTION	99.9512
2.139-2.391	0.176	96	0.163	1756	X-RAY DIFFRACTION	99.946
2.391-2.76	0.178	67	0.168	1589	X-RAY DIFFRACTION	100
2.76-3.378	0.239	63	0.183	1361	X-RAY DIFFRACTION	100
3.378-4.768	0.171	73	0.176	1060	X-RAY DIFFRACTION	99.9118

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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