PDB-7rz0: Hen egg-white lysozyme with ionic liquid ethanolammonium formate ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7rz0

タイトル

Hen egg-white lysozyme with ionic liquid ethanolammonium formate 6.7 mol%

要素

Lysozyme C

キーワード

HYDROLASE / lysozyme / ionic liquid / ethanolammonium formate

機能・相同性

機能・相同性情報

Lactose synthesis / Antimicrobial peptides / Neutrophil degranulation / beta-N-acetylglucosaminidase activity / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme / lysozyme activity / defense response to Gram-negative bacterium / killing of cells of another organism / defense response to Gram-positive bacterium ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Gallus gallus (ニワトリ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.38 Å

データ登録者

Han, Q. / Darmanin, C. / Drummond, C. / Greaves, T.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: J Colloid Interface Sci / 年: 2023
タイトル: Probing ion-binding at a protein interface: Modulation of protein properties by ionic liquids.
著者: Han, Q. / Su, Y. / Smith, K.M. / Binns, J. / Drummond, C.J. / Darmanin, C. / Greaves, T.L.

履歴

登録	2021年8月27日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2023年3月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年9月13日	Group: Data collection / Database references カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2023年10月25日	Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model
改定 2.0	2023年11月15日	Group: Atomic model / Data collection カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp_atom / chem_comp_bond Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_1 / _chem_comp_bond.atom_id_2
改定 2.1	2024年11月13日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7rz0.cif.gz	110.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7rz0.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7rz0.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rz/7rz0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rz/7rz0	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7rxyC 7rydC 7rykC 7rz1C 7rz2C 7jmuS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (3) #9 - 2000年9月リゾチーム (Lysozyme) 類似性 (4) #136 - 2011年4月ナノボディ (Nanobodies) 類似性 (3) #222 - 2018年6月タンパク質とナノ粒子 (Proteins and Nanoparticles) 類似性 (3) #142 - 2011年10月 PDBの先駆者たち (PDB Pioneers) 類似性 (3)

登録構造単位

AAA: Lysozyme C

ヘテロ分子

14.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体
根拠: SAXS

単位格子

Length a, b, c (Å)	76.790, 76.790, 38.310
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	AAA-339- HOH
2	1	AAA-353- HOH

#1: タンパク質	Lysozyme C / 1 / 4-beta-N-acetylmuramidase C / Allergen Gal d IV 分子量: 14331.160 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Gallus gallus (ニワトリ) / 参照: UniProt: P00698, lysozyme
#2: 化合物	ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸分子量: 46.025 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH₂O₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-ETA / ETHANOLAMINE / エタノ-ルアミンタイプ: L-peptide COOH carboxy terminus / 分子量: 61.083 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₇NO / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 114 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.97 Å³/Da / 溶媒含有率: 37.58 %
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: ethanolammonium formate 6.7 mol% (ca. 30wt%) in water

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX1 / 波長: 0.9537 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2018年5月2日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.38→38.42 Å / Num. obs: 23925 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13.9 % / CC_1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 16.2
反射シェル	解像度: 1.38→1.41 Å / Num. unique obs: 1195 / CC_1/2: 0.943 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
iMOSFLM		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 7JMU

7jmu

解像度: 1.38→38.42 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.965 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.957 / SU B: 2.084 / SU ML: 0.038 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.064 / ESU R Free: 0.057 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1758	1223	5.112 %
R_work	0.1439	22701	-
all	0.146	-	-
obs	-	22701	99.992 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 11.827 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.891 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	0.891 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-1.782 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.38→38.42 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1000	0	19	114	1133

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.012	1103
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.018	1016
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.055	1.632	1494
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.734	1.591	2290
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.182	5	142
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	30.758	20.441	68
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.907	15	177
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.261	15	13
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.122	0.2	137
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.012	0.02	1339
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	310
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.236	0.2	248
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.214	0.2	943
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.185	0.2	538
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.084	0.2	545
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.114	0.2	62
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.342	0.2	20
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.3	0.2	58
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.26	0.2	15
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other	0.11	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.598	0.85	550
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.459	0.85	549
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.818	1.297	699
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.881	1.299	699
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.96	1.215	552
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.942	1.206	541
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.471	1.686	795
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.454	1.683	790
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	3.376	11.205	1328
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	3.32	10.896	1309
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	5.373	3	2117

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.384-1.42	0.238	77	0.14	1667	X-RAY DIFFRACTION	100
1.42-1.459	0.192	71	0.129	1598	X-RAY DIFFRACTION	100
1.459-1.501	0.169	79	0.125	1564	X-RAY DIFFRACTION	100
1.501-1.547	0.157	88	0.122	1518	X-RAY DIFFRACTION	100
1.547-1.598	0.217	69	0.119	1509	X-RAY DIFFRACTION	100
1.598-1.654	0.235	68	0.107	1409	X-RAY DIFFRACTION	100
1.654-1.716	0.147	93	0.11	1368	X-RAY DIFFRACTION	100
1.716-1.786	0.163	88	0.105	1309	X-RAY DIFFRACTION	100
1.786-1.866	0.189	76	0.113	1283	X-RAY DIFFRACTION	100
1.866-1.957	0.186	73	0.139	1225	X-RAY DIFFRACTION	100
1.957-2.062	0.172	43	0.13	1175	X-RAY DIFFRACTION	100
2.062-2.187	0.136	58	0.131	1116	X-RAY DIFFRACTION	100
2.187-2.338	0.194	65	0.127	1037	X-RAY DIFFRACTION	100
2.338-2.525	0.192	53	0.142	992	X-RAY DIFFRACTION	100
2.525-2.765	0.233	41	0.162	924	X-RAY DIFFRACTION	100
2.765-3.091	0.169	49	0.167	814	X-RAY DIFFRACTION	100
3.091-3.567	0.158	44	0.169	738	X-RAY DIFFRACTION	100
3.567-4.364	0.128	37	0.151	632	X-RAY DIFFRACTION	99.8507
4.364-6.152	0.175	40	0.22	501	X-RAY DIFFRACTION	100

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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