PDB-7ry7: Structure of Plasmepsin X (PM10, PMX) from Plasmodium falciparum 3D7

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7ry7

タイトル

Structure of Plasmepsin X (PM10, PMX) from Plasmodium falciparum 3D7

要素

Plasmepsin X

キーワード

HYDROLASE / SSGCID / Plasmepsin X / Plasmodium falciparum / PM10 / PMX / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease

機能・相同性

機能・相同性情報

MHC class II antigen presentation / Neutrophil degranulation / entry into host cell by a symbiont-containing vacuole / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; アスパラギン酸プロテアーゼ / protein autoprocessing / transport vesicle / protein processing / aspartic-type endopeptidase activity / lysosome / proteolysis
類似検索 - 分子機能

生物種

Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2022
タイトル: Structures of plasmepsin X from Plasmodium falciparum reveal a novel inactivation mechanism of the zymogen and molecular basis for binding of inhibitors in mature enzyme.
著者: Kesari, P. / Deshmukh, A. / Pahelkar, N. / Suryawanshi, A.B. / Rathore, I. / Mishra, V. / Dupuis, J.H. / Xiao, H. / Gustchina, A. / Abendroth, J. / Labaied, M. / Yada, R.Y. / Wlodawer, A. / ...

履歴

登録	2021年8月24日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え	2022年2月2日	ID: 6ORS
改定 1.0	2022年2月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年2月16日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / Item: _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2022年3月30日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.3	2023年10月18日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.4	2024年10月16日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7ry7.cif.gz	218.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7ry7.ent.gz	144 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7ry7.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ry/7ry7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ry/7ry7	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3psgS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	1ncd-d 1nca-d 1ncb-d 4j0d-d 4j0g-d 5bp1-d 6mpv-d 6wp7-d 4nd6-1 2vvr-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Plasmepsin X

ヘテロ分子

53.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Plasmepsin X

ヘテロ分子

A: Plasmepsin X

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
107 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	192.300, 50.880, 49.920
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 93.149, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121
Space group name Hall	C2y
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y,-z #3: x+1/2,y+1/2,z #4: -x+1/2,y+1/2,-z

#1: タンパク質

Plasmepsin X

分子量: 53018.926 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Plasmodium falciparum (isolate 3D7) (マラリア病原虫)
株: isolate 3D7 / 遺伝子: PF3D7_0808200 / プラスミド: PlfaA.17789.b.HE11 / 発現宿主:

Homo sapiens (ヒト) / 株 (発現宿主): HEK / 参照: UniProt: Q8IAS0, pepsin A

#2: 糖

ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₅NO₆ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

識別子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb	CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamine	COMMON NAME	GMML 1.0
b-D-GlcpNAc	IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	PDB-CARE 1.0
GlcNAc	SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0

#3: 化合物

ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル

分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂

#4: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 60 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

研究の焦点であるリガンドがあるか

Y

Has protein modification

Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.25 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.4 %
結晶化	温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 9.4 詳細: RigakuReagents JCSG A7 optimization screen: 100mM Tris HCl / NaOH pH 9.4, 17.86% PEG 8000: PlfaA.17789.b.HE11.PD38363 at 11.4mg/ml: cryo: 20% EG: tray: 3908603 D3: puck qpu2-2

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å

検出器

タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2019年4月18日

放射

モノクロメーター: C(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97872 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.1→50 Å / Num. obs: 28381 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 3.95 % / B_iso Wilson estimate: 57.201 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.046 / R_rim(I) all: 0.053 / Χ²: 0.87 / Net I/σ(I): 15.4

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
2.1-2.15	3.589	1.204	1.11	2079	0.654	1.41	99.6
2.15-2.21	3.987	0.994	1.54	2034	0.775	1.149	100
2.21-2.28	4.026	0.79	1.89	1985	0.885	0.912	99.6
2.28-2.35	4.018	0.58	2.55	1868	0.909	0.67	100
2.35-2.42	4.028	0.491	3.01	1888	0.932	0.567	100
2.42-2.51	4.032	0.392	3.63	1797	0.948	0.453	99.8
2.51-2.6	4.033	0.27	5.09	1734	0.977	0.312	100
2.6-2.71	4.023	0.213	6.31	1680	0.988	0.246	99.9
2.71-2.83	4.031	0.148	8.71	1634	0.992	0.171	99.9
2.83-2.97	4.016	0.104	11.94	1529	0.997	0.12	99.9
2.97-3.13	4.013	0.076	16.29	1470	0.997	0.087	99.9
3.13-3.32	3.996	0.054	22.14	1394	0.998	0.063	100
3.32-3.55	3.969	0.039	28.37	1305	0.999	0.045	99.9
3.55-3.83	3.945	0.032	35.41	1214	0.999	0.037	99.8
3.83-4.2	3.89	0.027	41	1143	0.999	0.031	99.8
4.2-4.7	3.895	0.022	47.87	1004	0.999	0.025	99.7
4.7-5.42	3.888	0.02	48.91	903	0.999	0.023	100
5.42-6.64	3.809	0.022	47.64	769	0.999	0.026	100
6.64-9.39	3.785	0.02	50.19	610	0.999	0.023	99.8
9.39-50	3.443	0.02	52.06	341	0.998	0.024	96.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHENIX	1.19 dev 4329	精密化
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
MR-Rosetta		位相決定
Coot		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3PSG

3psg

解像度: 2.1→35.26 Å / SU ML: 0.3206 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 31.1474
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2383	2120	7.49 %	0
R_work	0.206	26179	-	-
obs	0.2084	28299	99.58 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 69.97 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.1→35.26 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3222	0	22	60	3304

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0065	3317
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.7998	4512
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0536	527
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0058	576
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.867	1142

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.1-2.15	0.4631	138	0.4081	1707	X-RAY DIFFRACTION	98.98
2.15-2.2	0.3425	146	0.3605	1711	X-RAY DIFFRACTION	99.41
2.2-2.26	0.3337	157	0.3317	1717	X-RAY DIFFRACTION	99.1
2.26-2.33	0.3017	155	0.3028	1715	X-RAY DIFFRACTION	99.52
2.33-2.4	0.3384	139	0.2834	1745	X-RAY DIFFRACTION	99.79
2.4-2.49	0.3189	131	0.2767	1739	X-RAY DIFFRACTION	99.68
2.49-2.59	0.3081	161	0.2511	1712	X-RAY DIFFRACTION	99.52
2.59-2.71	0.3053	147	0.25	1728	X-RAY DIFFRACTION	99.52
2.71-2.85	0.3112	126	0.2324	1775	X-RAY DIFFRACTION	99.79
2.85-3.03	0.2808	147	0.2381	1723	X-RAY DIFFRACTION	99.63
3.03-3.26	0.2631	124	0.2177	1765	X-RAY DIFFRACTION	99.79
3.26-3.59	0.2398	139	0.1964	1763	X-RAY DIFFRACTION	99.74
3.59-4.11	0.1851	147	0.1802	1756	X-RAY DIFFRACTION	99.9
4.11-5.17	0.1909	138	0.1492	1792	X-RAY DIFFRACTION	99.79
5.17-35.26	0.2023	125	0.1907	1831	X-RAY DIFFRACTION	99.49

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.79610322586	0.104952872774	1.63239775029	1.36612393835	0.528691072546	2.04492698746	-0.142738607653	0.352052071045	0.0741300084195	-0.0313731979674	0.104582968472	-0.270881866466	-0.111323234814	0.42229836998	0.0247393743832	0.389640898478	0.0304192505048	0.0159806514331	0.510464935874	-0.0152862874002	0.504006279594	72.0501637091	8.08825381135	38.9102764778
2	2.8406388086	-0.134433628378	0.886148093161	4.76382792614	-2.62048205713	5.74396952725	-0.00757144236534	0.112418258984	0.266272803509	-0.108657358955	0.0865640562698	-0.00534330191526	-0.452468220433	0.0636435131586	-0.122563448472	0.359335496914	0.0168514712347	-0.0221921910089	0.39683936226	-0.120167403965	0.427232601497	55.551481053	9.239148509	30.3542721295
3	4.88628455839	0.615472928977	0.694382404426	3.38772306313	-0.879401960469	3.63965034069	0.0244498322321	-0.0812042309812	-0.207890426039	0.249681678003	-0.101289481783	-0.832369903943	0.124384141668	0.785227045158	0.0643772928947	0.395257529031	0.0761839481132	-0.106740160791	0.595659117119	-0.0184902172377	0.582635732152	77.2848700869	-0.711283483803	46.5484905473
4	6.75815171961	3.02899402019	2.23521098701	8.71366241771	1.14151528669	3.35432681134	-0.160036000274	-0.172375980149	-0.478063119147	0.776463653077	0.113861939489	0.136468104828	0.643709388249	-0.197224178179	0.00255857633763	0.523492587259	0.0170022614218	-0.0342972241217	0.447513742262	0.0883477650304	0.374297557469	61.6045372739	-4.29941037889	46.0142915307

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 28 through 280 )	28 - 280	1 - 158
2	2	chain 'A' and (resid 281 through 416 )	281 - 416	159 - 276
3	3	chain 'A' and (resid 417 through 544 )	417 - 544	277 - 404
4	4	chain 'A' and (resid 545 through 573 )	545 - 573	405 - 433

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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