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万見
- PDB-7rxq: Crystal structure of junctophilin-2 in complex with a CaV1.1 peptide -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7rxq
タイトルCrystal structure of junctophilin-2 in complex with a CaV1.1 peptide
要素
  • Junctophilin-2 N-terminal fragment
  • Voltage-dependent L-type calcium channel subunit alpha-1S
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / complex / membrane / ion channel
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of cardiac muscle tissue development / junctional membrane complex / positive regulation of muscle contraction / junctional sarcoplasmic reticulum membrane / phosphatidylinositol-5-phosphate binding / high voltage-gated calcium channel activity / L-type voltage-gated calcium channel complex / phosphatidic acid binding / phosphatidylinositol-3-phosphate binding / phosphatidylinositol-4-phosphate binding ...regulation of cardiac muscle tissue development / junctional membrane complex / positive regulation of muscle contraction / junctional sarcoplasmic reticulum membrane / phosphatidylinositol-5-phosphate binding / high voltage-gated calcium channel activity / L-type voltage-gated calcium channel complex / phosphatidic acid binding / phosphatidylinositol-3-phosphate binding / phosphatidylinositol-4-phosphate binding / phosphatidylinositol-3,5-bisphosphate binding / calcium ion transport into cytosol / positive regulation of ryanodine-sensitive calcium-release channel activity / cellular response to caffeine / phosphatidylserine binding / phosphatidylinositol-3,4,5-trisphosphate binding / calcium ion import across plasma membrane / voltage-gated calcium channel activity / calcium ion homeostasis / core promoter sequence-specific DNA binding / release of sequestered calcium ion into cytosol / regulation of ryanodine-sensitive calcium-release channel activity / T-tubule / phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate binding / sarcoplasmic reticulum / muscle contraction / calcium ion transmembrane transport / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / Z disc / transmembrane transporter binding / membrane => GO:0016020 / calmodulin binding / negative regulation of DNA-templated transcription / endoplasmic reticulum membrane / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / nucleus / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Junctophilin / Voltage-dependent calcium channel, L-type, alpha-1S subunit / Possible plasma membrane-binding motif in junctophilins, PIP-5-kinases and protein kinases. / MORN motif / MORN repeat / Voltage-gated calcium channel subunit alpha, C-terminal / Voltage-gated calcium channel subunit alpha, C-term / Voltage-dependent calcium channel, L-type, alpha-1 subunit / Voltage-dependent calcium channel, alpha-1 subunit, IQ domain / Voltage gated calcium channel IQ domain ...Junctophilin / Voltage-dependent calcium channel, L-type, alpha-1S subunit / Possible plasma membrane-binding motif in junctophilins, PIP-5-kinases and protein kinases. / MORN motif / MORN repeat / Voltage-gated calcium channel subunit alpha, C-terminal / Voltage-gated calcium channel subunit alpha, C-term / Voltage-dependent calcium channel, L-type, alpha-1 subunit / Voltage-dependent calcium channel, alpha-1 subunit, IQ domain / Voltage gated calcium channel IQ domain / Voltage gated calcium channel IQ domain / Voltage-dependent calcium channel, alpha-1 subunit / Voltage-dependent L-type calcium channel, IQ-associated domain / Voltage-dependent L-type calcium channel, IQ-associated / Voltage-dependent channel domain superfamily / Ion transport domain / Ion transport protein
類似検索 - ドメイン・相同性
ETHANOL / Voltage-dependent L-type calcium channel subunit alpha-1S / Junctophilin-2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.03 Å
データ登録者Yang, Z. / Panwar, P. / Van Petegem, F.
資金援助 カナダ, 1件
組織認可番号国
Canadian Institutes of Health Research (CIHR) カナダ
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2022
タイトル: Structures of the junctophilin/voltage-gated calcium channel interface reveal hot spot for cardiomyopathy mutations.
著者: Yang, Z.F. / Panwar, P. / McFarlane, C.R. / Tuinte, W.E. / Campiglio, M. / Van Petegem, F.
履歴
登録2021年8月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年2月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年3月16日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Junctophilin-2 N-terminal fragment
B: Voltage-dependent L-type calcium channel subunit alpha-1S
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,3406
ポリマ－38,0062
非ポリマー3344
水2,288127
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: isothermal titration calorimetry
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2210 Å2
ΔGint-36 kcal/mol
Surface area13810 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)116.394, 30.381, 96.679
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 115.960, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Junctophilin-2 N-terminal fragment / JP2NT


分子量: 36122.707 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: JPH2, JP2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9BR39
#2: タンパク質・ペプチド Voltage-dependent L-type calcium channel subunit alpha-1S / Calcium channel / L type / alpha-1 polypeptide / isoform 3 / skeletal muscle / Dihydropyridine ...Calcium channel / L type / alpha-1 polypeptide / isoform 3 / skeletal muscle / Dihydropyridine receptor alpha-1S subunit / DHPR / Voltage-gated calcium channel subunit alpha Cav1.1


分子量: 1883.094 Da / 分子数: 1
Fragment: EERIFRRTGGLFGQVD correspond to UNP residues 1594-1609
由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: P07293
#3: 化合物 ChemComp-EOH / ETHANOL / エタノ-ル


分子量: 46.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 127 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.02 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.17 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: PEG3350, potassium sulphate

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データ収集

回折平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 0.9794 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年2月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9794 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.03→44.34 Å / Num. obs: 19608 / % possible obs: 97.1 % / 冗長度: 3.18 % / Biso Wilson estimate: 30.08 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.052 / Rpim(I) all: 0.034 / Rrim(I) all: 0.062 / Net I/σ(I): 13.3
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) all% possible all
2.03-2.073.210.2251.89390.950.1490.27197.71
2.07-2.13.220.2082.19560.9390.1360.2597.15
2.1-2.143.130.22.39810.9460.1340.24296.37
2.14-2.192.930.1682.89540.9530.1150.20594.83
2.19-2.233.160.1563.39710.9720.1050.1996.91
2.23-2.293.30.1364.19670.9730.0890.16398.77
2.29-2.343.340.1433.99820.9730.0920.17198.59
2.34-2.413.30.1214.99820.9810.0790.14598.79
2.41-2.483.220.1125.39940.980.0730.13497.26
2.48-2.563.130.1065.89430.9790.070.12894.21
2.56-2.652.950.096.89620.9880.0610.10995.82
2.65-2.763.170.0868.29860.9870.0580.10496.57
2.76-2.883.310.07311.49670.9910.0470.08898.27
2.88-3.033.290.0631410050.9940.040.07598.24
3.03-3.223.230.05420.69880.9950.0350.06498.5
3.22-3.473.010.04823.89560.9960.0320.05894
3.47-3.823.30.04133.510140.9960.0260.04998.35
3.82-4.373.260.03934.79970.9960.0260.04798.13
4.37-5.5130.03333.710020.9990.0220.0496.53
5.51-44.353.110.03337.810620.9980.0220.0497.16

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
xia2データスケーリング
PHENIX1.19.2_4158精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
xia2データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7RW4

7rw4


解像度: 2.03→38.07 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.93 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2517 993 5.07 %0
Rwork0.2024 18593 --
obs0.2048 19586 96.78 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 131.75 Å2 / Biso mean: 44.0478 Å2 / Biso min: 13.33 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.03→38.07 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2138 0 18 127 2283
Biso mean--57.39 38.08 -
残基数----290
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 7

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.03-2.130.30361340.2542557269195
2.13-2.270.26751490.21472600274996
2.27-2.440.25491480.21452657280598
2.44-2.690.32141380.22732607274595
2.69-3.080.27971480.21932713286198
3.08-3.880.20641410.18152666280797
3.88-38.070.23951350.19012793292897
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.56520.68280.64241.84280.9155.53290.0784-0.29230.28640.0996-0.09380.0504-0.0899-0.2120.0210.2225-0.0720.01810.1421-0.02650.206-2.480610.194260.5703
21.8773-0.5978-0.13242.42791.11524.17680.28980.79880.1468-0.3962-0.57030.396-0.3718-1.15980.24570.24990.1344-0.0410.6337-0.04540.2991-9.15992.251927.31
32.99990.42820.29343.44811.38533.3211-0.53881.1059-0.0409-0.3501-0.30460.2389-0.5923-0.94530.11481.0660.3058-0.36881.8313-0.00030.4529-16.04943.46512.6053
42.0166-0.37340.2331.03091.16911.86990.15470.1149-0.05680.064-0.29760.10.1435-0.47680.03610.2323-0.05430.00390.15050.04840.2333-6.5314-0.263843.3092
55.38271.57065.41842.43361.57937.6962-0.76010.3961.3528-0.5706-0.15980.1568-0.56360.03770.82810.4562-0.0267-0.0140.34240.06790.3611-0.466217.072756.0155
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 70 )A1 - 70
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 71 through 319 )A71 - 319
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 320 through 364 )A320 - 364
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 365 through 437 )A365 - 437
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 1595 through 1609 )B0

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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