PDB-7rxl: Fab1488 in complex with the C-terminal alpha-TSR domain of P. fal...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7rxl

タイトル

Fab1488 in complex with the C-terminal alpha-TSR domain of P. falciparum

要素

Circumsporozoite protein
Fab1488 heavy chain
Fab1488 light chain

キーワード

IMMUNE SYSTEM / Malaria / Antibody / Sporozoite / Circumsporozoite protein / alpha-TSR domain

機能・相同性

機能・相同性情報

host cell surface binding / symbiont entry into host / entry into host cell by a symbiont-containing vacuole / heparan sulfate proteoglycan binding / side of membrane / cell surface / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.823 Å

データ登録者

Pholcharee, T. / Oyen, D. / Wilson, I.A.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Plos Pathog. / 年: 2022
タイトル: A novel CSP C-terminal epitope targeted by an antibody with protective activity against Plasmodium falciparum.
著者: Beutler, N. / Pholcharee, T. / Oyen, D. / Flores-Garcia, Y. / MacGill, R.S. / Garcia, E. / Calla, J. / Parren, M. / Yang, L. / Volkmuth, W. / Locke, E. / Regules, J.A. / Dutta, S. / Emerling, ...

履歴

登録	2021年8月23日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2022年3月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年4月13日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.2	2024年4月3日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.3	2024年10月16日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7rxl.cif.gz	354.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7rxl.ent.gz	290.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7rxl.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7rxl_validation.pdf.gz	453.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7rxl_full_validation.pdf.gz	457.9 KB	表示
XML形式データ	7rxl_validation.xml.gz	36.2 KB	表示
CIF形式データ	7rxl_validation.cif.gz	52.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rx/7rxl ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rx/7rxl	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7rxiC 7rxjC 7rxpC 7s0xC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6b0s-d 7rxl-2 4aei-1 6ddm-d 4aei-3 4lmq-2 4dn4-d 6a77-d 6xsn-d 3a1p-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

L: Fab1488 light chain

H: Fab1488 heavy chain

D: Fab1488 light chain

C: Fab1488 heavy chain

E: Circumsporozoite protein

F: Circumsporozoite protein

108 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

L: Fab1488 light chain

H: Fab1488 heavy chain

E: Circumsporozoite protein

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
53.9 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

D: Fab1488 light chain

C: Fab1488 heavy chain

F: Circumsporozoite protein

登録者が定義した集合体
53.9 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	40.685, 69.337, 93.214
Angle α, β, γ (deg.)	85.06, 78.14, 79.18
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

#1: 抗体	Fab1488 light chain 分子量: 22554.025 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) 発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
#2: 抗体	Fab1488 heavy chain 分子量: 23854.652 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) 発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
#3: タンパク質	Circumsporozoite protein 分子量: 7453.486 Da / 分子数: 2 Fragment: C-terminal alpha-TSR domain (UNP residues 310-375) 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Plasmodium falciparum (isolate 3D7) (マラリア病原虫) 株: isolate 3D7 / 遺伝子: PF3D7_0304600 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q7K740
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 307 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.34 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.52 %
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.9 / 詳細: 20% PEG3350, 0.2 M potassium chloride, pH 6.9

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 1.0332 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年10月28日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.82→50 Å / Num. obs: 82577 / % possible obs: 95.3 % / 冗長度: 2.6 % / CC_1/2: 0.891 / R_pim(I) all: 0.065 / R_sym value: 0.095 / Net I/σ(I): 10.6
反射シェル	解像度: 1.82→1.85 Å / Mean I/σ(I) obs: 1 / Num. unique obs: 3628 / CC_1/2: 0.63 / R_pim(I) all: 0.612 / R_sym value: 0.612 / % possible all: 84

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.14_3260: ???)	精密化
HKL-2000		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: Homology model

解像度: 1.823→39.207 Å / SU ML: 0.29 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.97 / 位相誤差: 31.78 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2553	3910	4.74 %
R_work	0.2065	-	-
obs	0.2087	82511	94.64 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.823→39.207 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7322	0	0	307	7629

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.009	7539
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.782	10299
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	10.378	5463
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.053	1161
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	1324

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.8235-1.8457	0.5349	116	0.4508	2018	X-RAY DIFFRACTION	68
1.8457-1.8691	0.471	128	0.4373	2489	X-RAY DIFFRACTION	86
1.8691-1.8937	0.4602	149	0.3923	2568	X-RAY DIFFRACTION	88
1.8937-1.9196	0.3951	147	0.3708	2783	X-RAY DIFFRACTION	93
1.9196-1.9471	0.4355	144	0.3362	2810	X-RAY DIFFRACTION	94
1.9471-1.9761	0.3577	151	0.307	2769	X-RAY DIFFRACTION	94
1.9761-2.007	0.3068	159	0.2865	2813	X-RAY DIFFRACTION	95
2.007-2.0399	0.3021	132	0.28	2885	X-RAY DIFFRACTION	96
2.0399-2.0751	0.361	132	0.2647	2749	X-RAY DIFFRACTION	95
2.0751-2.1128	0.3049	116	0.2555	2912	X-RAY DIFFRACTION	96
2.1128-2.1534	0.2934	164	0.2364	2829	X-RAY DIFFRACTION	96
2.1534-2.1974	0.283	146	0.2384	2846	X-RAY DIFFRACTION	97
2.1974-2.2452	0.3242	163	0.243	2841	X-RAY DIFFRACTION	96
2.2452-2.2974	0.3185	138	0.2458	2844	X-RAY DIFFRACTION	96
2.2974-2.3548	0.304	141	0.2275	2836	X-RAY DIFFRACTION	96
2.3548-2.4185	0.2683	155	0.218	2855	X-RAY DIFFRACTION	97
2.4185-2.4896	0.3171	147	0.2209	2872	X-RAY DIFFRACTION	97
2.4896-2.57	0.27	140	0.2116	2920	X-RAY DIFFRACTION	97
2.57-2.6618	0.2865	123	0.2174	2895	X-RAY DIFFRACTION	97
2.6618-2.7684	0.2715	156	0.2104	2874	X-RAY DIFFRACTION	98
2.7684-2.8943	0.2585	150	0.2079	2889	X-RAY DIFFRACTION	97
2.8943-3.0469	0.2413	139	0.2023	2883	X-RAY DIFFRACTION	98
3.0469-3.2377	0.281	114	0.1952	2899	X-RAY DIFFRACTION	97
3.2377-3.4875	0.2049	147	0.1791	2836	X-RAY DIFFRACTION	95
3.4875-3.8382	0.2029	118	0.1731	2889	X-RAY DIFFRACTION	97
3.8382-4.393	0.1717	132	0.1436	2943	X-RAY DIFFRACTION	98
4.393-5.5322	0.1503	134	0.1414	2928	X-RAY DIFFRACTION	98
5.5322-39.207	0.2196	129	0.1849	2926	X-RAY DIFFRACTION	98

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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