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- PDB-7rwi: Mycobacterium tuberculosis RNA polymerase sigma L holoenzyme open... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7rwi
タイトルMycobacterium tuberculosis RNA polymerase sigma L holoenzyme open promoter complex containing TNP-2198
要素
  • (DNA-directed RNA polymerase subunit ...) x 4
  • NT DNA
  • RNA polymerase sigma factor
  • T DNA
キーワードTRANSCRIPTION/INHIBITOR / Mycobacterium tuberculosis / RNA polymerase / transcription inhibitor / TNP-2198 / open promoter complex / TRANSCRIPTION-INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


sigma factor activity / DNA-directed RNA polymerase complex / : / : / : / : / : / : / DNA-templated transcription initiation / DNA-directed RNA polymerase activity ...sigma factor activity / DNA-directed RNA polymerase complex / : / : / : / : / : / : / DNA-templated transcription initiation / DNA-directed RNA polymerase activity / ribonucleoside binding / DNA-directed RNA polymerase / protein dimerization activity / response to antibiotic / DNA-templated transcription / magnesium ion binding / DNA binding / zinc ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
RNA polymerase sigma factor 70, ECF, conserved site / Sigma-70 factors ECF subfamily signature. / RNA polymerase sigma-70 like / RNA polymerase Rpb1, domain 3 / RNA polymerase Rpb1 funnel domain / Enzyme I; Chain A, domain 2 / Topoisomerase I; Chain A, domain 4 / DNA-directed RNA polymerase, insert domain / RNA Polymerase Alpha Subunit; Chain A, domain 2 / RNA polymerase sigma-70 region 4 ...RNA polymerase sigma factor 70, ECF, conserved site / Sigma-70 factors ECF subfamily signature. / RNA polymerase sigma-70 like / RNA polymerase Rpb1, domain 3 / RNA polymerase Rpb1 funnel domain / Enzyme I; Chain A, domain 2 / Topoisomerase I; Chain A, domain 4 / DNA-directed RNA polymerase, insert domain / RNA Polymerase Alpha Subunit; Chain A, domain 2 / RNA polymerase sigma-70 region 4 / Sigma-70, region 4 / RNA polymerase sigma-70 region 2 / RNA polymerase sigma-70 like domain / Sigma-70 region 2 / RNA polymerase sigma factor, region 2 / RNA polymerase sigma factor, region 3/4-like / DNA-directed RNA polymerase, omega subunit / DNA-directed RNA polymerase, subunit beta-prime, bacterial type / DNA-directed RNA polymerase, beta subunit, external 1 domain superfamily / DNA-directed RNA polymerase, beta subunit, external 1 domain / RNA polymerase beta subunit external 1 domain / RNA polymerase, alpha subunit, C-terminal / Bacterial RNA polymerase, alpha chain C terminal domain / DNA-directed RNA polymerase, alpha subunit / DNA-directed RNA polymerase beta subunit, bacterial-type / Beta Complex / DNA-directed RNA polymerase, subunit beta-prime / RNA polymerase Rpb6 / RNA polymerase, subunit omega/Rpo6/RPB6 / RNA polymerase Rpb6 / RNA polymerase Rpb2, domain 2 superfamily / RNA polymerase Rpb1, domain 3 superfamily / RPB6/omega subunit-like superfamily / DNA-directed RNA polymerase, insert domain / DNA-directed RNA polymerase, RpoA/D/Rpb3-type / RNA polymerase Rpb3/RpoA insert domain / RNA polymerase Rpb3/Rpb11 dimerisation domain / RNA polymerases D / RNA polymerase Rpb1, clamp domain superfamily / RNA polymerase Rpb1, domain 3 / RNA polymerase Rpb1, domain 3 / RNA polymerase Rpb1, domain 1 / RNA polymerase, beta subunit, protrusion / RNA polymerase beta subunit / RNA polymerase Rpb1, domain 1 / RNA polymerase, alpha subunit / RNA polymerase Rpb1, domain 5 / RNA polymerase Rpb1, domain 4 / DNA-directed RNA polymerase, insert domain superfamily / RNA polymerase Rpb1, domain 2 / RNA polymerase Rpb1, domain 5 / RNA polymerase Rpb1, domain 4 / RNA polymerase Rpb2, domain 2 / RNA polymerase Rpb2, domain 2 / RNA polymerase, RBP11-like subunit / RNA polymerase, N-terminal / RNA polymerase Rpb1, funnel domain superfamily / RNA polymerase I subunit A N-terminus / RNA polymerase, beta subunit, conserved site / RNA polymerase Rpb2, domain 7 / RNA polymerase Rpb2, domain 3 / RNA polymerase Rpb2, OB-fold / RNA polymerase Rpb2, domain 7 / RNA polymerase Rpb2, domain 3 / RNA polymerases beta chain signature. / DNA-directed RNA polymerase, subunit 2, hybrid-binding domain / DNA-directed RNA polymerase, subunit 2 / DNA-directed RNA polymerase, subunit 2, hybrid-binding domain superfamily / RNA polymerase Rpb2, domain 6 / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-7US / DNA / DNA (> 10) / DNA-directed RNA polymerase subunit omega / RNA polymerase sigma factor / DNA-directed RNA polymerase subunit beta' / DNA-directed RNA polymerase subunit alpha / DNA-directed RNA polymerase subunit beta
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.7 Å
データ登録者Molodtsov, V. / Ebright, R.H.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS) 米国
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2022
タイトル: Design, Synthesis, and Characterization of TNP-2198, a Dual-Targeted Rifamycin-Nitroimidazole Conjugate with Potent Activity against Microaerophilic and Anaerobic Bacterial Pathogens.
著者: Ma, Z. / He, S. / Yuan, Y. / Zhuang, Z. / Liu, Y. / Wang, H. / Chen, J. / Xu, X. / Ding, C. / Molodtsov, V. / Lin, W. / Robertson, G.T. / Weiss, W.J. / Pulse, M. / Nguyen, P. / Duncan, L. / ...著者: Ma, Z. / He, S. / Yuan, Y. / Zhuang, Z. / Liu, Y. / Wang, H. / Chen, J. / Xu, X. / Ding, C. / Molodtsov, V. / Lin, W. / Robertson, G.T. / Weiss, W.J. / Pulse, M. / Nguyen, P. / Duncan, L. / Doyle, T. / Ebright, R.H. / Lynch, A.S.
履歴
登録2021年8月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年3月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年4月6日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha
B: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha
C: DNA-directed RNA polymerase subunit beta
D: DNA-directed RNA polymerase subunit beta'
E: DNA-directed RNA polymerase subunit omega
F: RNA polymerase sigma factor
G: T DNA
H: NT DNA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)400,3309
ポリマ－399,3808
非ポリマー9501
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)142.773, 160.613, 238.646
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1(chain "A" and (resid 2 through 5 or (resid 6...
d_2ens_1(chain "B" and resid 2 through 226)

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg label comp-IDEnd label comp-IDLabel asym-IDLabel seq-ID
d_11ens_1LEUASNA1 - 225
d_21ens_1LEUASNB2 - 226

NCS oper: (Code: givenMatrix: (-0.881237687082, -0.239462391804, 0.407526565734), (-0.425011018795, 0.0241315914238, -0.904866454345), (0.206847220842, -0.970605702233, -0.123039822915)ベクター: - ...NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.881237687082, -0.239462391804, 0.407526565734), (-0.425011018795, 0.0241315914238, -0.904866454345), (0.206847220842, -0.970605702233, -0.123039822915)
ベクター: -46.3664855685, -2.47706231436, 13.1864265985)

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要素

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DNA-directed RNA polymerase subunit ... , 4種, 5分子 ABCDE

#1: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase subunit alpha / RNAP subunit alpha / RNA polymerase subunit alpha / Transcriptase subunit alpha


分子量: 37745.328 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
遺伝子: rpoA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A5U8D3, DNA-directed RNA polymerase
#2: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase subunit beta / RNAP subunit beta / RNA polymerase subunit beta / Transcriptase subunit beta


分子量: 130018.828 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
遺伝子: rpoB / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P9WGY8, DNA-directed RNA polymerase
#3: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase subunit beta' / RNAP subunit beta' / RNA polymerase subunit beta' / Transcriptase subunit beta'


分子量: 146968.969 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
遺伝子: rpoC, rpoC_1, rpoC_2, DKC2_0716, ERS007665_00591, ERS023446_00410, ERS031537_00289, ERS124361_01694, EUB02_01475, EUB03_00860, EUB11_05575, SAMEA2682835_07420, SAMEA2682864_01702
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A045J9E2, DNA-directed RNA polymerase
#4: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase subunit omega / RNAP omega subunit / RNA polymerase omega subunit / Transcriptase subunit omega


分子量: 11851.140 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
遺伝子: rpoZ, DKC2_1480, DSI35_24025, ERS007657_03145, ERS007661_02963, ERS007663_02972, ERS007665_03743, ERS007670_03615, ERS007679_02942, ERS007681_04445, ERS007722_03066, ERS007741_03196, ...遺伝子: rpoZ, DKC2_1480, DSI35_24025, ERS007657_03145, ERS007661_02963, ERS007663_02972, ERS007665_03743, ERS007670_03615, ERS007679_02942, ERS007681_04445, ERS007722_03066, ERS007741_03196, ERS023446_03677, ERS024213_01369, ERS024276_01577, ERS027644_00478, ERS027646_01439, ERS027651_03169, ERS027653_00843, ERS027659_01429, ERS027661_02200, ERS027666_04715, ERS031537_03443, EU767_08910, EU768_15085, EU769_05250, EU770_14555, EU771_05130, EU773_14340, EU774_06465, EU775_07590, EU776_17830, EU777_06800, EUB02_12495, EUB03_09550, EUB06_03645, EUB07_12165, EUB08_05285, EUB09_00425, EUB10_04215, EUB11_10790, EUB13_01060, EUB14_01055, EUB16_00425, SAMEA2682864_01599, SAMEA2683035_01133
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A045H2R3, DNA-directed RNA polymerase

-
DNA鎖 , 2種, 2分子 GH

#6: DNA鎖 T DNA


分子量: 7113.571 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#7: DNA鎖 NT DNA


分子量: 8373.381 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

-
タンパク質 / 非ポリマー , 2種, 2分子 F

#5: タンパク質 RNA polymerase sigma factor


分子量: 19563.074 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
遺伝子: sigL, sigX, DKC2_0784, DSI35_13315, ERS007657_01744, ERS007661_01946, ERS007670_03245, ERS007672_04865, ERS007688_03724, ERS007722_03570, ERS007731_02151, ERS007741_04102, ERS023446_03871, ...遺伝子: sigL, sigX, DKC2_0784, DSI35_13315, ERS007657_01744, ERS007661_01946, ERS007670_03245, ERS007672_04865, ERS007688_03724, ERS007722_03570, ERS007731_02151, ERS007741_04102, ERS023446_03871, ERS024213_03781, ERS027644_01708, ERS027646_03649, ERS027651_00554, ERS027654_02031, ERS027659_03608, ERS027661_02428, ERS027666_03497, ERS031537_01383, ERS124361_02832, EU767_20440, EU768_17405, EU769_19535, EU770_10565, EU771_18640, EU773_15915, EU774_01235, EU775_01235, EU776_08285, EU777_18775, EUB02_13395, EUB03_01225, EUB07_01225, EUB08_01615, EUB09_12390, EUB10_16580, EUB11_05940, EUB12_18145, EUB13_14065, EUB14_03980, EUB16_03020, SAMEA2682835_06130, SAMEA2682864_01771, SAMEA2683035_02456
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A045IR27
#8: 化合物 ChemComp-7US / (3aM,9S,10bP,14S,15R,16S,17R,18R,19R,20S,21S,25R)-6,18,20-trihydroxy-14-methoxy-7,9,15,17,19,21,25-heptamethyl-1'-[2-(2-methyl-5-nitro-1H-imidazol-1-yl)ethyl]-5,10,26-trioxo-3,5,9,10-tetrahydrospiro[9,4-(epoxypentadecanoimino)furo[2',3':7,8]naphtho[1,2-d]imidazole-2,4'-piperidin]-16-yl acetate


分子量: 950.085 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C48H67N7O13

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.09 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 100 mM sodium citrate tribasic dihydrate, pH 5.6, 200 mM sodium acetate, 10% PEG4000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年11月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.7→48.71 Å / Num. obs: 57449 / % possible obs: 97.3 % / 冗長度: 13.5 % / Biso Wilson estimate: 132.07 Å2 / CC1/2: 0.997 / Net I/σ(I): 2.3
反射 シェル解像度: 3.7→3.76 Å / Num. unique obs: 5560 / CC1/2: 0.787 / % possible all: 98.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19_4092精密化
PHENIX1.19_4092精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 6DVE

6dve


解像度: 3.7→48.71 Å / SU ML: 0.4277 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 26.0015
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2451 1997 3.48 %
Rwork0.208 55365 -
obs0.2093 57362 97.06 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 167.57 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.7→48.71 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数24038 797 68 0 24903
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.004425416
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.621734628
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.05953944
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00534423
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.21979660
Refine LS restraints NCSタイプ: Torsion NCS / Rms dev position: 3.29229098934 Å
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.7-3.80.3311390.29763875X-RAY DIFFRACTION96.58
3.8-3.90.33111430.27583997X-RAY DIFFRACTION99
3.9-4.010.27531440.24983974X-RAY DIFFRACTION98.82
4.01-4.140.2481440.22983972X-RAY DIFFRACTION99.06
4.14-4.290.2521420.19753958X-RAY DIFFRACTION97.97
4.29-4.460.2571320.19173658X-RAY DIFFRACTION90.35
4.46-4.660.22181430.17533972X-RAY DIFFRACTION98.37
4.66-4.910.22511450.18384010X-RAY DIFFRACTION99.28
4.91-5.220.24771460.1964034X-RAY DIFFRACTION99.43
5.22-5.620.24931430.19633972X-RAY DIFFRACTION97.72
5.62-6.180.2531380.21463826X-RAY DIFFRACTION93.12
6.19-7.080.23511480.21214072X-RAY DIFFRACTION99.6
7.08-8.910.21311410.20353922X-RAY DIFFRACTION94.01
8.91-48.710.24371490.20354123X-RAY DIFFRACTION95.81
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -6.65478663537 Å / Origin y: 1.75374614162 Å / Origin z: -21.7081076955 Å
111213212223313233
T0.96222162816 Å20.0594385956809 Å2-0.033774459567 Å2-0.825456148496 Å20.0500406082096 Å2--0.805973208222 Å2
L0.674807520575 °20.155372299149 °2-0.225721252958 °2-0.456109405523 °2-0.189523786092 °2--0.515298410905 °2
S0.0205563122524 Å °0.103854997012 Å °0.175529016035 Å °-0.103727530441 Å °-0.0702534718948 Å °0.00250052174197 Å °-0.31998593602 Å °0.0408340051633 Å °0.0378602819186 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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