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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6tye | ||||||
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タイトル | Crystal structure of MTB sigma L transcription initiation complex with 5 nt long RNA primer | ||||||
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![]() | TRANSCRIPTION / tuberculosis / initiation / sigma finger displacement | ||||||
機能・相同性 | ![]() Antimicrobial action and antimicrobial resistance in Mtb / sigma factor activity / bacterial-type RNA polymerase core enzyme binding / cytosolic DNA-directed RNA polymerase complex / DNA-directed RNA polymerase complex / peptidoglycan-based cell wall / DNA-templated transcription initiation / ribonucleoside binding / : / : ...Antimicrobial action and antimicrobial resistance in Mtb / sigma factor activity / bacterial-type RNA polymerase core enzyme binding / cytosolic DNA-directed RNA polymerase complex / DNA-directed RNA polymerase complex / peptidoglycan-based cell wall / DNA-templated transcription initiation / ribonucleoside binding / : / : / : / : / : / : / DNA-directed RNA polymerase / protein dimerization activity / response to antibiotic / regulation of DNA-templated transcription / magnesium ion binding / DNA binding / zinc ion binding / plasma membrane / cytosol / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Molodtsov, V. / Ebright, R.H. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: RNA extension drives a stepwise displacement of an initiation-factor structural module in initial transcription. 著者: Li, L. / Molodtsov, V. / Lin, W. / Ebright, R.H. / Zhang, Y. #1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2012 タイトル: Towards automated crystallographic structure refinement with phenix.refine. 著者: Afonine, P.V. / Grosse-Kunstleve, R.W. / Echols, N. / Headd, J.J. / Moriarty, N.W. / Mustyakimov, M. / Terwilliger, T.C. / Urzhumtsev, A. / Zwart, P.H. / Adams, P.D. #2: ジャーナル: Acta Crystallogr D Biol Crystallogr / 年: 2010 タイトル: PHENIX: a comprehensive Python-based system for macromolecular structure solution. 著者: Paul D Adams / Pavel V Afonine / Gábor Bunkóczi / Vincent B Chen / Ian W Davis / Nathaniel Echols / Jeffrey J Headd / Li-Wei Hung / Gary J Kapral / Ralf W Grosse-Kunstleve / Airlie J McCoy ...著者: Paul D Adams / Pavel V Afonine / Gábor Bunkóczi / Vincent B Chen / Ian W Davis / Nathaniel Echols / Jeffrey J Headd / Li-Wei Hung / Gary J Kapral / Ralf W Grosse-Kunstleve / Airlie J McCoy / Nigel W Moriarty / Robert Oeffner / Randy J Read / David C Richardson / Jane S Richardson / Thomas C Terwilliger / Peter H Zwart / ![]() 要旨: Macromolecular X-ray crystallography is routinely applied to understand biological processes at a molecular level. However, significant time and effort are still required to solve and complete many ...Macromolecular X-ray crystallography is routinely applied to understand biological processes at a molecular level. However, significant time and effort are still required to solve and complete many of these structures because of the need for manual interpretation of complex numerical data using many software packages and the repeated use of interactive three-dimensional graphics. PHENIX has been developed to provide a comprehensive system for macromolecular crystallographic structure solution with an emphasis on the automation of all procedures. This has relied on the development of algorithms that minimize or eliminate subjective input, the development of algorithms that automate procedures that are traditionally performed by hand and, finally, the development of a framework that allows a tight integration between the algorithms. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 1.8 MB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 1.5 MB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 6konC ![]() 6kooC ![]() 6kopC ![]() 6koqC ![]() 6kqdC ![]() 6kqeC ![]() 6kqfC ![]() 6kqgC ![]() 6kqhC ![]() 6kqlC ![]() 6kqmC ![]() 6kqnC ![]() 6l74C ![]() 6ltsC ![]() 6tyfC ![]() 6tygC ![]() 6dvcS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
-DNA鎖 , 2種, 2分子 GH
#2: DNA鎖 | 分子量: 5252.411 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) ![]() ![]() |
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#3: DNA鎖 | 分子量: 8373.381 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) ![]() ![]() |
-DNA-directed RNA polymerase subunit ... , 4種, 5分子 ABCDE
#5: タンパク質 | 分子量: 37745.328 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: rpoA / 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: A5U8D3, UniProt: P9WGZ1*PLUS, DNA-directed RNA polymerase #6: タンパク質 | | 分子量: 130018.828 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: rpoB / 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: P9WGY8, UniProt: P9WGY9*PLUS, DNA-directed RNA polymerase #7: タンパク質 | | 分子量: 146968.969 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: rpoC, ERS027656_00588 / 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: A0A0E8TXU5, UniProt: P9WGY7*PLUS, DNA-directed RNA polymerase #8: タンパク質 | | 分子量: 11851.140 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: rpoZ, DKC2_1480, DSI35_24025, ERS007657_03145, ERS007661_02963, ERS007663_02972, ERS007665_03743, ERS007670_03615, ERS007679_02942, ERS007681_04445, ERS007722_03066, ERS007741_03196, ...遺伝子: rpoZ, DKC2_1480, DSI35_24025, ERS007657_03145, ERS007661_02963, ERS007663_02972, ERS007665_03743, ERS007670_03615, ERS007679_02942, ERS007681_04445, ERS007722_03066, ERS007741_03196, ERS023446_03677, ERS024213_01369, ERS024276_01577, ERS027644_00478, ERS027646_01439, ERS027651_03169, ERS027653_00843, ERS027659_01429, ERS027661_02200, ERS027666_04715, ERS031537_03443, EU767_08910, EU768_15085, EU769_05250, EU770_14555, EU771_05130, EU773_14340, EU774_06465, EU775_07590, EU776_17830, EU777_06800, EUB02_12495, EUB03_09550, EUB06_03645, EUB07_12165, EUB08_05285, EUB09_00425, EUB10_04215, EUB11_10790, EUB13_01060, EUB14_01055, EUB16_00425, SAMEA2682864_01599, SAMEA2683035_01133 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: A0A045H2R3, UniProt: P9WGY5*PLUS, DNA-directed RNA polymerase |
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-タンパク質 / RNA鎖 , 2種, 2分子 FI
#1: タンパク質 | 分子量: 19563.074 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: sigL, sigX, DKC2_0784, DSI35_13315, ERS007657_01744, ERS007661_01946, ERS007670_03245, ERS007672_04865, ERS007688_03724, ERS007722_03570, ERS007731_02151, ERS007741_04102, ERS023446_03871, ...遺伝子: sigL, sigX, DKC2_0784, DSI35_13315, ERS007657_01744, ERS007661_01946, ERS007670_03245, ERS007672_04865, ERS007688_03724, ERS007722_03570, ERS007731_02151, ERS007741_04102, ERS023446_03871, ERS024213_03781, ERS027644_01708, ERS027646_03649, ERS027651_00554, ERS027654_02031, ERS027659_03608, ERS027661_02428, ERS027666_03497, ERS031537_01383, ERS124361_02832, EU767_20440, EU768_17405, EU769_19535, EU770_10565, EU771_18640, EU773_15915, EU774_01235, EU775_01235, EU776_08285, EU777_18775, EUB02_13395, EUB03_01225, EUB07_01225, EUB08_01615, EUB09_12390, EUB10_16580, EUB11_05940, EUB12_18145, EUB13_14065, EUB14_03980, EUB16_03020, SAMEA2682835_06130, SAMEA2682864_01771, SAMEA2683035_02456 発現宿主: ![]() ![]() |
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#4: RNA鎖 | 分子量: 1545.984 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) ![]() ![]() |
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.73 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.9 % |
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: 100 mM sodium citrate tribasic dihydrate, pH 5.6, 200 mM sodium acetate, and 10% PEG4000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年7月10日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9792 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.79→48.02 Å / Num. obs: 42832 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 9 % / Biso Wilson estimate: 60.21 Å2 / CC1/2: 0.879 / Net I/σ(I): 9.1 |
反射 シェル | 解像度: 3.83→3.94 Å / Num. unique obs: 3288 / CC1/2: 0.879 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 6DVC 解像度: 3.79→48.016 Å / SU ML: 0.41 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 27.67 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.79→48.016 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: 3.1559 Å / Origin y: -7.7327 Å / Origin z: -15.4971 Å
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精密化 TLSグループ | Selection details: all |