PDB-7rw7: Crystal structure of human methionine adenosyltransferase 2A (MAT...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7rw7

タイトル

Crystal structure of human methionine adenosyltransferase 2A (MAT2A) in complex with SAM and allosteric inhibitor Compound 9

要素

S-adenosylmethionine synthase isoform type-2

キーワード

TRANSFERASE/INHIBITOR / METHIONINE ADENOSYLTRANSFERASE / SAM / ALLOSTERIC INHIBITOR / TRANSFERASE / TRANSFERASE-INHIBITOR COMPLEX

機能・相同性

機能・相同性情報

methionine adenosyltransferase complex / methionine adenosyltransferase / methionine adenosyltransferase activity / S-adenosylmethionine biosynthetic process / protein heterooligomerization / Methylation / cellular response to methionine / protein hexamerization / small molecule binding / one-carbon metabolic process ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.19 Å

データ登録者

Jin, L. / Padyana, A.K.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2022
タイトル: Leveraging Structure-Based Drug Design to Identify Next-Generation MAT2A Inhibitors, Including Brain-Penetrant and Peripherally Efficacious Leads.
著者: Li, M. / Konteatis, Z. / Nagaraja, N. / Chen, Y. / Zhou, S. / Ma, G. / Gross, S. / Marjon, K. / Hyer, M.L. / Mandley, E. / Lein, M. / Padyana, A.K. / Jin, L. / Tong, S. / Peters, R. / Murtie, ...

履歴

登録	2021年8月19日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2022年3月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年3月30日	Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.2	2022年4月6日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.3	2023年10月18日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

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PDB形式	pdb7rw7.ent.gz	161.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7rw7.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	7rw7_validation.pdf.gz	1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7rw7_full_validation.pdf.gz	1 MB	表示
XML形式データ	7rw7_validation.xml.gz	25.6 KB	表示
CIF形式データ	7rw7_validation.cif.gz	41.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rw/7rw7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rw/7rw7	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	7rw5C 7rwgC 7rwhC 2p02S 7kcc C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#139 - 2011年7月 DNAメチルトランスフェラーゼ (DNA Methyltransferase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: S-adenosylmethionine synthase isoform type-2

ヘテロ分子

45.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: S-adenosylmethionine synthase isoform type-2

ヘテロ分子

A: S-adenosylmethionine synthase isoform type-2

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
90.2 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	68.102, 93.997, 116.356
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	23
Space group name H-M	I222
Space group name Hall	I22
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x,-y,-z #3: -x,y,-z #4: -x,-y,z #5: x+1/2,y+1/2,z+1/2 #6: x+1/2,-y+1/2,-z+1/2 #7: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2 #8: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-525- HOH
2	1	A-651- HOH
3	1	A-869- HOH

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質	S-adenosylmethionine synthase isoform type-2 / AdoMet synthase 2 / Methionine adenosyltransferase 2 / MAT 2 / Methionine adenosyltransferase II / MAT-II 分子量: 43807.703 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MAT2A, AMS2, MATA2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P31153, methionine adenosyltransferase

#1: タンパク質

S-adenosylmethionine synthase isoform type-2 / AdoMet synthase 2 / Methionine adenosyltransferase 2 / MAT 2 / Methionine adenosyltransferase II / MAT-II

分子量: 43807.703 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MAT2A, AMS2, MATA2 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P31153, methionine adenosyltransferase

-
非ポリマー , 6種, 787分子

#2: 化合物	ChemComp-SAM / S-ADENOSYLMETHIONINE 分子量: 398.437 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₅H₂₂N₆O₅S
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#5: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#6: 化合物	ChemComp-7UB / (3'R)-2-[(cyclopropylmethyl)amino]-6-(4-methoxyphenyl)-1'-[(1H-pyrazol-5-yl)methyl]-5,6-dihydro-7H-spiro[pyrido[4,3-d]pyrimidine-8,3'-pyrrolidin]-7-one 分子量: 459.543 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₅H₂₉N₇O₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 778 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.13 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.13 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: 0.2 M LiCl, 0.1 M Tris pH 8.0, 16%-22% PEG6000, 10% Ethylene Glycol

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.97853 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年6月2日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97853 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.19→50 Å / Num. obs: 117325 / % possible obs: 98.31 % / 冗長度: 3.7 % / B_iso Wilson estimate: 8.96 Å² / R_merge(I) obs: 0.239 / Net I/σ(I): 10.5
反射シェル	解像度: 1.19→1.23 Å / 冗長度: 3.5 % / R_merge(I) obs: 0.55 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique obs: 11605 / % possible all: 98.58

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.19.2_4158	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2P02

2p02

解像度: 1.19→47 Å / SU ML: 0.1142 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 21.1873
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2356	5846	4.99 %
R_work	0.1992	111368	-
obs	0.201	117214	98.29 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 14.71 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.19→47 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2976	0	86	778	3840

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0136	3264
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.6705	4436
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.1082	483
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0111	578
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	19.7088	1259

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.19-1.2	0.2532	185	0.234	3561	X-RAY DIFFRACTION	95.66
1.2-1.22	0.2636	218	0.2237	3712	X-RAY DIFFRACTION	99.75
1.22-1.23	0.2534	201	0.2285	3701	X-RAY DIFFRACTION	99.72
1.23-1.25	0.2249	194	0.2176	3758	X-RAY DIFFRACTION	99.75
1.25-1.26	0.2329	211	0.2126	3737	X-RAY DIFFRACTION	99.62
1.26-1.28	0.2419	232	0.2115	3697	X-RAY DIFFRACTION	99.67
1.28-1.3	0.2416	196	0.2094	3712	X-RAY DIFFRACTION	99.52
1.3-1.32	0.2436	200	0.1998	3687	X-RAY DIFFRACTION	99.13
1.32-1.34	0.2377	202	0.1983	3709	X-RAY DIFFRACTION	99.04
1.34-1.36	0.2242	168	0.2012	3782	X-RAY DIFFRACTION	99.5
1.36-1.39	0.2145	200	0.1903	3735	X-RAY DIFFRACTION	99.72
1.39-1.41	0.2467	208	0.1945	3723	X-RAY DIFFRACTION	99.67
1.41-1.44	0.2253	203	0.1838	3737	X-RAY DIFFRACTION	99.49
1.44-1.47	0.2301	192	0.1868	3753	X-RAY DIFFRACTION	99.3
1.47-1.5	0.2116	164	0.1829	3709	X-RAY DIFFRACTION	99.08
1.5-1.53	0.2216	212	0.1798	3708	X-RAY DIFFRACTION	98.84
1.53-1.57	0.2001	186	0.1767	3751	X-RAY DIFFRACTION	99.04
1.57-1.61	0.2197	198	0.18	3728	X-RAY DIFFRACTION	99.32
1.61-1.66	0.2209	182	0.1776	3762	X-RAY DIFFRACTION	98.92
1.66-1.72	0.2172	210	0.1823	3728	X-RAY DIFFRACTION	99.39
1.72-1.78	0.2184	198	0.1837	3714	X-RAY DIFFRACTION	98.91
1.78-1.85	0.2264	187	0.1832	3723	X-RAY DIFFRACTION	98.27
1.85-1.93	0.2168	145	0.1893	3758	X-RAY DIFFRACTION	98.16
1.93-2.03	0.2332	185	0.1905	3716	X-RAY DIFFRACTION	97.82
2.03-2.16	0.2292	202	0.2009	3724	X-RAY DIFFRACTION	97.73
2.16-2.33	0.2209	204	0.2009	3679	X-RAY DIFFRACTION	97.03
2.33-2.56	0.2411	179	0.2081	3729	X-RAY DIFFRACTION	97.33
2.56-2.93	0.2576	193	0.2108	3633	X-RAY DIFFRACTION	94.63
2.93-3.7	0.2622	194	0.2029	3673	X-RAY DIFFRACTION	95.25
3.7-47	0.2435	197	0.2149	3629	X-RAY DIFFRACTION	90.32

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.686127343176	-0.113799170554	0.441014527423	0.46655260381	0.0610739095005	1.03902147299	-0.0410164422693	0.0339871538148	0.0444481530127	-0.0129264694714	0.0157021186014	-0.0202400936985	-0.0846109212998	0.0167164615453	0.0855202779332	0.0636383737125	-0.0102315864456	0.00496336429923	0.050554703836	0.00685910860461	0.0663481885943	5.48168146725	9.69218228577	-24.2078012369
2	0.444783430074	-0.394112712313	-0.315216312235	0.906765566233	0.165363711571	0.578030593979	-0.035314809903	-0.0147208120652	-0.0374630643444	0.0717613274972	0.0237287014288	-0.0464556390886	-0.00419494350948	0.0692259266837	0.00223719447684	0.0777850492297	0.00696929727328	-0.00398984832834	0.0787587373863	-0.0122640848182	0.0800244150837	12.353311203	0.525584996063	-9.11058172782
3	0.727892259233	-0.662652670315	0.107358974281	1.76652635644	-0.0550268245987	0.825999282685	-0.0477036934749	-0.015165007383	0.138454966543	0.0647011606318	0.0366581320271	-0.102352970999	-0.0427716782438	0.152361378509	-0.00482196201691	0.0932359797469	-0.0064792158993	-0.0113728150907	0.100382992311	-0.00260949303162	0.0859985322975	7.40101706285	15.9130002365	-5.62887623139
4	0.123185953781	-0.128233228754	0.00442053333833	0.468022195191	-0.0763978062463	0.268525485096	-0.000443927863531	0.00308563091036	0.0251042232389	-0.00603711025111	-0.0107277031446	-0.0539980783144	0.011090074604	0.0370554760818	0.0155377499061	0.0634912177062	-0.00738370283282	-0.000226649524139	0.081670354007	0.00404208618244	0.085995239205	11.8231120705	2.11681300898	-23.6695594037
5	0.484222581657	-0.176505303608	-0.0534369627126	0.871298468184	0.391866003464	0.892028462617	0.0183872468923	0.00805854759829	0.0838393677356	-0.0324662250762	-0.00704443391786	-0.00844266053886	-0.113231570796	-0.042803073243	-2.96711796904E-5	0.0687605704788	-0.000199933588642	-0.00153224981185	0.0631360097995	0.0123542491912	0.0839368458119	-3.68859969636	22.9900013631	-28.8786964521
6	0.808056896653	-0.0664603870284	-0.133321819557	0.689571747204	-0.295092455242	0.841995078302	0.00358600591156	0.0674941214986	0.101366006862	-0.0258468329417	0.0475738029977	0.0250636480719	-0.0944855137958	-0.054829269884	-0.057982876865	0.0761339021409	-0.00438038636009	-0.00124763940844	0.0512157331862	-0.00896121022189	0.0772165149004	-5.55474906379	22.0694654386	-26.8844732752
7	0.420763131839	-0.0985598202696	0.117226291033	0.225856604707	-0.114185061833	0.370753245638	0.00741349613674	0.0476431301666	0.0230522509525	-0.058020422031	-0.0112847172101	-0.0237540732049	-0.0147231465433	0.0523183863512	0.00737928788424	0.0779132054248	-0.00171597224542	0.00782954563636	0.0667300696497	0.00174584669971	0.069879411313	11.4570405061	-0.786738967397	-34.8857342341
8	1.38931354956	-0.473465704211	0.853459756607	0.855876214206	-0.675376491466	4.47904561335	0.0531657031617	0.167778635087	-0.066241242941	-0.16113743761	-0.0142409041043	-0.0451188740478	0.263978347651	0.103232635721	-0.0526790424564	0.101141264702	-0.00385006276485	0.0240956698373	0.0914944134233	0.00285716541007	0.114375483966	20.6702563489	-5.61376323753	-40.1053326201
9	0.938321953202	-0.019282611083	0.170025792568	0.897560203136	-0.125792146307	1.31481837034	0.00373363621086	0.0461560934448	0.120170820915	-0.0613296065485	-0.0220993260831	-0.114664079342	-0.126106178126	0.130968062555	-0.0123969143315	0.0782876372198	-0.0148820240196	0.00992944481082	0.0763249540394	0.00328679353399	0.0991447242537	18.8263604047	7.69803962524	-29.2824513037

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 13 through 48 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 49 through 78 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 79 through 104 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 105 through 169 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 170 through 224 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 225 through 262 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 263 through 341 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 342 through 364 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 365 through 395 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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