PDB-7rwg: "Crystal structure of human methionine adenosyltransferase 2A (MA...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7rwg

タイトル

"Crystal structure of human methionine adenosyltransferase 2A (MAT2A) in complex with SAM and allosteric inhibitor AGI-43192

要素

S-adenosylmethionine synthase isoform type-2

キーワード

TRANSFERASE/INHIBITOR / METHIONINE ADENOSYLTRANSFERASE / SAM / ALLOSTERIC INHIBITOR / TRANSFERASE / TRANSFERASE-INHIBITOR COMPLEX

機能・相同性

機能・相同性情報

methionine adenosyltransferase complex / methionine adenosyltransferase / methionine adenosyltransferase activity / S-adenosylmethionine biosynthetic process / protein heterooligomerization / Methylation / cellular response to methionine / protein hexamerization / small molecule binding / positive regulation of TORC1 signaling ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 0.97 Å

データ登録者

Jin, L. / Padyana, A.K.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2022
タイトル: Leveraging Structure-Based Drug Design to Identify Next-Generation MAT2A Inhibitors, Including Brain-Penetrant and Peripherally Efficacious Leads.
著者: Li, M. / Konteatis, Z. / Nagaraja, N. / Chen, Y. / Zhou, S. / Ma, G. / Gross, S. / Marjon, K. / Hyer, M.L. / Mandley, E. / Lein, M. / Padyana, A.K. / Jin, L. / Tong, S. / Peters, R. / Murtie, ...

履歴

登録	2021年8月19日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2022年3月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年3月30日	Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.2	2022年4月6日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.3	2023年10月18日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7rwg.cif.gz	329.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7rwg.ent.gz	218.3 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rw/7rwg ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rw/7rwg	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	7rw5C 7rw7C 7rwhC 2p02S 7kcc C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#139 - 2011年7月 DNAメチルトランスフェラーゼ (DNA Methyltransferase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: S-adenosylmethionine synthase isoform type-2

ヘテロ分子

45.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: S-adenosylmethionine synthase isoform type-2

ヘテロ分子

A: S-adenosylmethionine synthase isoform type-2

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
90.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	67.990, 93.720, 116.190
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	23
Space group name H-M	I222
Space group name Hall	I22
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x,-y,-z #3: -x,y,-z #4: -x,-y,z #5: x+1/2,y+1/2,z+1/2 #6: x+1/2,-y+1/2,-z+1/2 #7: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2 #8: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-598- HOH
2	1	A-632- HOH
3	1	A-872- HOH
4	1	A-1078- HOH
5	1	A-1090- HOH

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質	S-adenosylmethionine synthase isoform type-2 / AdoMet synthase 2 / Methionine adenosyltransferase 2 / MAT 2 / Methionine adenosyltransferase II / MAT-II 分子量: 43807.703 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MAT2A, AMS2, MATA2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P31153, methionine adenosyltransferase

#1: タンパク質

S-adenosylmethionine synthase isoform type-2 / AdoMet synthase 2 / Methionine adenosyltransferase 2 / MAT 2 / Methionine adenosyltransferase II / MAT-II

分子量: 43807.703 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MAT2A, AMS2, MATA2 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P31153, methionine adenosyltransferase

-
非ポリマー , 6種, 619分子

#2: 化合物	ChemComp-SAM / S-ADENOSYLMETHIONINE 分子量: 398.437 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₅H₂₂N₆O₅S
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#5: 化合物	ChemComp-7UN / (8R)-8-(4-chlorophenyl)-6-(2-methyl-2H-indazol-5-yl)-2-[(2,2,2-trifluoroethyl)amino]-5,8-dihydropyrido[4,3-d]pyrimidin-7(6H)-one 分子量: 484.861 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₃H₁₆ClF₃N₆O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 610 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.11 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.78 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: 0.2 M LiCl, 0.1 M Tris pH 8.0, 18%-20% PEG6000, 10% Ethylene Glycol

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08B1-1 / 波長: 1.0332 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年3月7日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 0.97→46.86 Å / Num. obs: 207397 / % possible obs: 95.5 % / 冗長度: 7.6 % / B_iso Wilson estimate: 6.35 Å² / R_merge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 19.6
反射シェル	解像度: 0.97→0.99 Å / R_merge(I) obs: 0.863 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Num. unique obs: 9856 / % possible all: 91.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.19.2_4158	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2P02

2p02

解像度: 0.97→39.95 Å / SU ML: 0.0951 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 12.0123
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1357	10109	4.88 %
R_work	0.1225	196961	-
obs	0.1231	207070	95.14 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 10.94 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 0.97→39.95 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2991	0	88	610	3689

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0094	3382
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.1416	4607
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0921	495
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0098	605
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	21.2929	1290

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
0.97-0.98	0.2663	298	0.2829	6277	X-RAY DIFFRACTION	91.5
0.98-0.99	0.2705	328	0.2575	6271	X-RAY DIFFRACTION	91.81
0.99-1	0.2394	326	0.2423	6338	X-RAY DIFFRACTION	92.34
1-1.02	0.2483	310	0.2245	6332	X-RAY DIFFRACTION	92.4
1.02-1.03	0.1913	320	0.205	6361	X-RAY DIFFRACTION	92.65
1.03-1.04	0.2141	303	0.1956	6397	X-RAY DIFFRACTION	92.75
1.04-1.06	0.1949	341	0.1824	6351	X-RAY DIFFRACTION	93.14
1.06-1.08	0.205	339	0.171	6365	X-RAY DIFFRACTION	93.12
1.08-1.09	0.1677	345	0.1529	6447	X-RAY DIFFRACTION	93.62
1.09-1.11	0.1389	343	0.1423	6379	X-RAY DIFFRACTION	93.66
1.11-1.13	0.1399	325	0.1344	6459	X-RAY DIFFRACTION	94.05
1.13-1.15	0.1418	326	0.1326	6452	X-RAY DIFFRACTION	94.11
1.15-1.17	0.14	374	0.1356	6506	X-RAY DIFFRACTION	94.56
1.17-1.2	0.129	331	0.1317	6449	X-RAY DIFFRACTION	94.73
1.2-1.22	0.1486	357	0.1322	6520	X-RAY DIFFRACTION	94.59
1.22-1.25	0.1472	329	0.1269	6506	X-RAY DIFFRACTION	95.05
1.25-1.28	0.1249	359	0.1239	6596	X-RAY DIFFRACTION	95.46
1.28-1.32	0.1269	328	0.1156	6545	X-RAY DIFFRACTION	95.51
1.32-1.36	0.1327	347	0.1167	6608	X-RAY DIFFRACTION	96.04
1.36-1.4	0.1229	375	0.1138	6575	X-RAY DIFFRACTION	96.01
1.4-1.45	0.1179	335	0.1098	6672	X-RAY DIFFRACTION	96.5
1.45-1.51	0.1126	346	0.1046	6658	X-RAY DIFFRACTION	96.73
1.51-1.58	0.1086	343	0.1009	6712	X-RAY DIFFRACTION	96.98
1.58-1.66	0.1195	315	0.0996	6774	X-RAY DIFFRACTION	97.23
1.66-1.76	0.1086	330	0.0998	6734	X-RAY DIFFRACTION	97.45
1.76-1.9	0.1128	338	0.0987	6832	X-RAY DIFFRACTION	97.86
1.9-2.09	0.1107	334	0.0985	6820	X-RAY DIFFRACTION	98.11
2.09-2.39	0.1156	353	0.0992	6892	X-RAY DIFFRACTION	98.56
2.39-3.01	0.123	350	0.1052	6970	X-RAY DIFFRACTION	98.68
3.01-39.95	0.1413	361	0.1201	7163	X-RAY DIFFRACTION	98.58

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.220592720637	-0.0737059317318	0.0195804695392	0.268276867352	-0.0374763280797	0.323268547128	-0.0178981020706	-0.0024402937143	0.00862720723797	0.0206779583474	0.0113064068326	-0.0272221987127	-0.0205458797346	0.0284114196528	0.00887478506738	0.0430897535877	-0.00078226127778	8.8228148301E-5	0.0474660115221	-0.00390654552416	0.0510006446409	8.15184759452	5.84893003146	-18.2591979916
2	0.65551904279	-0.356182182818	-0.0236938196776	1.37097434327	-0.0109652954682	0.805752541328	-0.0199243625307	-0.0082496843117	0.0760113869994	0.0662287327884	0.0185022433405	-0.028034444785	-0.0420890291905	0.109346503646	0.000323636030046	0.0656097049303	-0.003430083753	-0.00563471486297	0.0717722364271	-0.00258367750604	0.0527334352879	7.39767647028	15.8570261574	-5.5689799076
3	0.176751242231	-0.0910230949179	-0.00892519042431	0.29654339044	-0.0217593529944	0.19715562727	0.00187206475433	0.00612086696698	0.0330668224014	-0.00716831140095	-0.00100717163773	-0.0130435670657	-0.0283390790372	0.00322633798158	-0.00114569716152	0.0462341361865	-0.00658217096722	-0.000431740365698	0.0511126234274	0.000871072557915	0.0568297261985	4.23634637307	12.3431144972	-26.1432084074
4	1.0297130085	0.241980171484	-0.291383062716	0.627305473339	-0.111328728807	0.951771387346	-0.0152789325981	0.101132596666	0.122772020323	-0.083493420113	0.0442727517544	0.0210653778715	-0.106078404068	0.00338054208856	0.00989286976034	0.0833288053211	-0.00214943980851	-0.000747586548188	0.0635330931452	0.0189201755878	0.0824827390329	-4.64575029294	26.4696877296	-36.1140522357
5	0.217459828385	-0.0793025545217	-0.00548895849209	0.171320100662	0.027768494713	0.164976749264	0.0047803481648	0.027220614397	0.00553037339772	-0.0264972432398	-0.00217282487331	-0.0123740127466	-0.00599906585731	0.0173601251835	-0.00104201180054	0.0486402549448	-0.00220776880913	0.00275116908161	0.0463128112499	0.00364250945851	0.04834266506	8.46712248037	1.93189913004	-31.556722795
6	0.568604229644	-0.269590541548	0.273081828055	0.357576913481	-0.263123386445	1.50751360701	0.031602884853	0.122406425361	-0.0330669338165	-0.0763868470538	-0.0193213680257	-0.00843911191048	0.104113988386	0.049628408876	-0.032072961846	0.0775250060521	0.00380871575552	0.0092285707984	0.0867749290961	0.00211666403943	0.0897788239247	21.2098386765	-5.65402400163	-39.0877027089
7	0.425208801203	0.0546803994536	0.0346232483134	0.313861993013	-0.176234988574	0.726577820491	-0.0219062549256	0.0414090884073	0.0650483199645	-0.0295745133494	0.0115027130137	-0.0890713512378	-0.0562943847998	0.0741850771561	-0.0226858548134	0.0677532571856	-0.0113379101858	0.00388796466442	0.0695952832901	0.000756321600242	0.0849245894129	18.8886814646	7.80218930362	-29.3574011801

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 12 through 78 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 79 through 104 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 105 through 224 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 225 through 244 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 245 through 341 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 342 through 364 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 365 through 395 )

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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