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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7rut | ||||||
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タイトル | Structure of Human ATP:Cobalamin Adenosyltransferase R190C bound to ATP | ||||||
要素 | Corrinoid adenosyltransferase | ||||||
キーワード | TRANSFERASE / ATP:cobalamin adenosyl transferase / cobalamin / vitamin B12 / patient mutation | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Defective MMAB causes MMA, cblB type / cobalamin metabolic process / Cobalamin (Cbl) metabolism / corrinoid adenosyltransferase activity / 転移酵素; メチル基以外のアルキル基またはアリル基を移すもの; - / transferase activity, transferring alkyl or aryl (other than methyl) groups / cobalamin binding / mitochondrial matrix / ATP binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.5 Å | ||||||
データ登録者 | Mascarenhas, R. / Gouda, H. / Koutmos, M. / Banerjee, R. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2021 タイトル: Patient mutations in human ATP:cob(I)alamin adenosyltransferase differentially affect its catalytic versus chaperone functions. 著者: Gouda, H. / Mascarenhas, R. / Pillay, S. / Ruetz, M. / Koutmos, M. / Banerjee, R. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7rut.cif.gz | 470.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7rut.ent.gz | 382.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7rut.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7rut_validation.pdf.gz | 2.6 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7rut_full_validation.pdf.gz | 2.6 MB | 表示 | |
XML形式データ | 7rut_validation.xml.gz | 48.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7rut_validation.cif.gz | 69.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ru/7rut ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ru/7rut | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 6分子 ECFBAD
#1: タンパク質 | 分子量: 21666.643 Da / 分子数: 6 / 変異: R190C / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MMAB / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q96EY8, corrinoid adenosyltransferase |
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-非ポリマー , 5種, 744分子
#2: 化合物 | ChemComp-MG / #3: 化合物 | ChemComp-K / #4: 化合物 | ChemComp-ATP / #5: 化合物 | ChemComp-GOL / | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.91 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: 30% (v/v) 2-propanol, 100 mM Tris pH 8.5, and 30% (w/v) PEG 3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 1.0332 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年11月15日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.0332 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.5→47.9 Å / Num. obs: 176322 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.6 % / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 12.8 |
反射 シェル | 解像度: 1.5→1.53 Å / Rmerge(I) obs: 1.072 / Num. unique obs: 8753 / CC1/2: 0.66 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 2IDX 解像度: 1.5→40.494 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 19.29 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 172.32 Å2 / Biso mean: 31.7175 Å2 / Biso min: 13.06 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.5→40.494 Å
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / % reflection obs: 100 %
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