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- PDB-1kl7: Crystal Structure of Threonine Synthase from Yeast -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1kl7
タイトルCrystal Structure of Threonine Synthase from Yeast
要素Threonine Synthase
キーワードLYASE / threonine synthesis / pyridoxal 5-phosphate / beta-family / monomer
機能・相同性
機能・相同性情報


threonine synthase / threonine synthase activity / threonine biosynthetic process / pyridoxal phosphate binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
threonine synthase, domain 1, chain A / Threonine synthase, N-terminal domain / : / Threonine synthase, N-terminal / Threonine synthase, N-terminal domain superfamily / Threonine synthase N terminus / Threonine synthase-like / Serine/threonine dehydratase, pyridoxal-phosphate-binding site / Serine/threonine dehydratases pyridoxal-phosphate attachment site. / Rossmann fold - #1100 ...threonine synthase, domain 1, chain A / Threonine synthase, N-terminal domain / : / Threonine synthase, N-terminal / Threonine synthase, N-terminal domain superfamily / Threonine synthase N terminus / Threonine synthase-like / Serine/threonine dehydratase, pyridoxal-phosphate-binding site / Serine/threonine dehydratases pyridoxal-phosphate attachment site. / Rossmann fold - #1100 / Pyridoxal-phosphate dependent enzyme / Pyridoxal-phosphate dependent enzyme / Tryptophan synthase beta subunit-like PLP-dependent enzyme / Alpha-Beta Complex / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / Threonine synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Garrido-Franco, M. / Ehlert, S. / Messerschmidt, A. / Marinkovic, S. / Huber, R. / Laber, B. / Bourenkov, G.P. / Clausen, T.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2002
タイトル: Structure and function of threonine synthase from yeast.
著者: Garrido-Franco, M. / Ehlert, S. / Messerschmidt, A. / Marinkovic, S. / Huber, R. / Laber, B. / Bourenkov, G.P. / Clausen, T.
履歴
登録2001年12月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02002年4月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.32018年1月31日Group: Database references / カテゴリ: citation_author / Item: _citation_author.name
改定 1.42025年3月26日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Threonine Synthase
B: Threonine Synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)116,2294
ポリマ－115,7342
非ポリマー4942
水6,017334
1
A: Threonine Synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,1142
ポリマ－57,8671
非ポリマー2471
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Threonine Synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,1142
ポリマ－57,8671
非ポリマー2471
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)95.3, 51.6, 106.9
Angle α, β, γ (deg.)90, 99.6, 90
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
詳細The monomer is the functional unit of yeast threonine synthase. There are two such monomers in the asymmetric unit of the P21 crystals.

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要素

#1: タンパク質 Threonine Synthase


分子量: 57867.234 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P16120, EC: 4.2.99.2
#2: 化合物 ChemComp-PLP / PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / VITAMIN B6 Phosphate / ピリドキサ-ル5′-りん酸


分子量: 247.142 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H10NO6P
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 334 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.05 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.6
詳細: Hepes/NaOH, PEG4000, Dioxan, pH 7.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
110 mg/mlprotein1drop
20.1 MHEPES-NaOH1reservoirpH7.6
320 %PEG40001reservoir
410 %dioxane1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: MPG/DESY, HAMBURG / ビームライン: BW6 / 波長: 0.92, 0.98, 0.9874
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1999年4月28日
放射モノクロメーター: Si FILTER / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.921
20.981
30.98741
反射解像度: 2.7→20 Å / Num. all: 28542 / Num. obs: 28407 / % possible obs: 98.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / Rmerge(I) obs: 0.063 / Net I/σ(I): 16.8
反射 シェル解像度: 2.7→2.8 Å / Rmerge(I) obs: 0.172 / Mean I/σ(I) obs: 4.6 / % possible all: 97.3
反射
*PLUS
最低解像度: 20 Å / Num. obs: 54312 / Num. measured all: 145806 / Rmerge(I) obs: 0.063
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 97.3 % / Rmerge(I) obs: 0.172

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SHARP位相決定
CNS0.9精密化
DENZOデータ削減
CCP4(SCALA)データスケーリング
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.7→20 Å / Isotropic thermal model: isotropic / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2526 1381 -RANDOM
Rwork0.2009 ---
all-28386 --
obs-28386 98.8 %-
原子変位パラメータBiso mean: 43 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7930 0 30 334 8294
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it0.98
精密化
*PLUS
最低解像度: 8 Å / % reflection Rfree: 4.8 % / Rfactor obs: 0.212 / Rfactor Rfree: 0.252 / Rfactor Rwork: 0.212
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.0082
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.35

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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