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- PDB-7run: Crystal structure of phosphorylated RET tyrosine kinase domain co... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7run
タイトルCrystal structure of phosphorylated RET tyrosine kinase domain complexed with a pyrrolo[2,3-d]pyrimidine inhibitor.
要素Proto-oncogene tyrosine-protein kinase receptor Ret
キーワードTRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / tyrosine-protein kinase / inhibitor / cell adhesion / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Peyer's patch morphogenesis / positive regulation of metanephric glomerulus development / posterior midgut development / ureter maturation / embryonic epithelial tube formation / glial cell-derived neurotrophic factor receptor signaling pathway / lymphocyte migration into lymphoid organs / membrane protein proteolysis / positive regulation of peptidyl-serine phosphorylation of STAT protein / Formation of the ureteric bud ...Peyer's patch morphogenesis / positive regulation of metanephric glomerulus development / posterior midgut development / ureter maturation / embryonic epithelial tube formation / glial cell-derived neurotrophic factor receptor signaling pathway / lymphocyte migration into lymphoid organs / membrane protein proteolysis / positive regulation of peptidyl-serine phosphorylation of STAT protein / Formation of the ureteric bud / positive regulation of neuron maturation / Formation of the nephric duct / enteric nervous system development / neuron cell-cell adhesion / innervation / plasma membrane protein complex / neuron maturation / positive regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / positive regulation of cell adhesion mediated by integrin / neural crest cell migration / ureteric bud development / response to pain / regulation of axonogenesis / homophilic cell adhesion via plasma membrane adhesion molecules / positive regulation of cell size / RET signaling / regulation of cell adhesion / cellular response to retinoic acid / NPAS4 regulates expression of target genes / transmembrane receptor protein tyrosine kinase activity / axon guidance / receptor protein-tyrosine kinase / positive regulation of neuron projection development / activation of cysteine-type endopeptidase activity involved in apoptotic process / MAPK cascade / retina development in camera-type eye / signaling receptor activity / RAF/MAP kinase cascade / protein tyrosine kinase activity / positive regulation of MAPK cascade / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / early endosome / receptor complex / endosome membrane / positive regulation of cell migration / response to xenobiotic stimulus / axon / protein phosphorylation / neuronal cell body / calcium ion binding / dendrite / positive regulation of gene expression / positive regulation of DNA-templated transcription / signal transduction / ATP binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Tyrosine-protein kinase, Ret receptor / Tyrosine-protein kinase receptor Ret, cadherin like domain 3 / Ret, cadherin like domain 1 / RET, cadherin-like domain 4 / RET Cadherin like domain 1 / RET Cadherin like domain 3 / RET Cadherin like domain 4 / Cadherin domain / Cadherins domain profile. / Cadherin-like ...Tyrosine-protein kinase, Ret receptor / Tyrosine-protein kinase receptor Ret, cadherin like domain 3 / Ret, cadherin like domain 1 / RET, cadherin-like domain 4 / RET Cadherin like domain 1 / RET Cadherin like domain 3 / RET Cadherin like domain 4 / Cadherin domain / Cadherins domain profile. / Cadherin-like / Cadherin-like superfamily / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Tyrosine kinase, catalytic domain / Tyrosine protein kinases specific active-site signature. / Tyrosine-protein kinase, active site / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-7QU / Proto-oncogene tyrosine-protein kinase receptor Ret
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.51 Å
データ登録者Lee, C.C. / Spraggon, G.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
Not funded 米国
引用ジャーナル: Acs Med.Chem.Lett. / 年: 2021
タイトル: Antitarget Selectivity and Tolerability of Novel Pyrrolo[2,3- d ]pyrimidine RET Inhibitors.
著者: Mathison, C.J.N. / Yang, Y. / Nelson, J. / Huang, Z. / Jiang, J. / Chianelli, D. / Rucker, P.V. / Roland, J. / Xie, Y.F. / Epple, R. / Bursulaya, B. / Lee, C. / Gao, M.Y. / Shaffer, J. / ...著者: Mathison, C.J.N. / Yang, Y. / Nelson, J. / Huang, Z. / Jiang, J. / Chianelli, D. / Rucker, P.V. / Roland, J. / Xie, Y.F. / Epple, R. / Bursulaya, B. / Lee, C. / Gao, M.Y. / Shaffer, J. / Briones, S. / Sarkisova, Y. / Galkin, A. / Li, L. / Li, N. / Li, C. / Hua, S. / Kasibhatla, S. / Kinyamu-Akunda, J. / Kikkawa, R. / Molteni, V. / Tellew, J.E.
履歴
登録2021年8月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年1月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.22023年11月15日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Proto-oncogene tyrosine-protein kinase receptor Ret
B: Proto-oncogene tyrosine-protein kinase receptor Ret
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)78,2776
ポリマ－77,3262
非ポリマー9514
水00
1
A: Proto-oncogene tyrosine-protein kinase receptor Ret
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,1383
ポリマ－38,6631
非ポリマー4752
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Proto-oncogene tyrosine-protein kinase receptor Ret
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,1383
ポリマ－38,6631
非ポリマー4752
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)98.131, 98.131, 145.381
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number173
Space group name H-MP63
Space group name HallP6c
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x-y,x,z+1/2
#3: y,-x+y,z+1/2
#4: -y,x-y,z
#5: -x+y,-x,z
#6: -x,-y,z+1/2
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1(chain "A" and (resid 706 through 743 or (resid 744...
d_2ens_1(chain "B" and (resid 706 through 746 or (resid 747...
d_1ens_2chain "L"
d_2ens_2chain "M"

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg label comp-IDEnd label comp-IDLabel asym-IDLabel seq-ID
d_11ens_1VALARGA2 - 287
d_21ens_1VALVALB1 - 117
d_22ens_1ARGARGB120 - 288
d_11ens_2LI1LI1E
d_21ens_2LI1LI1F

NCSアンサンブル:
ID
ens_1
ens_2

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(0.999990515882, 0.00376522335237, -0.00218888980608), (0.00376334339979, -0.999992546775, -0.00086234652247), (-0.00219212041906, 0.00085410079987, -0.999997232556)-0.25544476947, 170.038122725, 7.30756932715
2given(0.997085797673, -0.068080367875, -0.0344234743847), (-0.0691646797805, -0.997112392412, -0.0313548077552), (-0.0321894260522, 0.0336443220843, -0.998915362001)6.13730668849, 168.016606154, 3.3402342037

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要素

#1: タンパク質 Proto-oncogene tyrosine-protein kinase receptor Ret / Cadherin family member 12 / Proto-oncogene c-Ret


分子量: 38662.883 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RET, CDHF12, CDHR16, PTC, RET51
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P07949, receptor protein-tyrosine kinase
#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物 ChemComp-7QU / 1-(4-{(1s,3s)-3-[4-amino-5-(3-amino-4-chlorophenyl)-7H-pyrrolo[2,3-d]pyrimidin-7-yl]cyclobutyl}piperazin-1-yl)ethan-1-one


分子量: 439.941 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C22H26ClN7O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.61 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.93 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6 / 詳細: 1.8M Ammonium sulfate, 0.1M sodium acetate pH 4.6

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.3 / 波長: 0.97648 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年1月16日
放射モノクロメーター: Single crystal, cylindrically bent, Si(220)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97648 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.5→50 Å / Num. obs: 10093 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 5.7 % / Biso Wilson estimate: 59.68 Å2 / CC1/2: 0.996 / CC star: 0.999 / Rpim(I) all: 0.051 / Rrim(I) all: 0.166 / Rsym value: 0.127 / Χ2: 1.062 / Net I/σ(I): 13.1
反射 シェル解像度: 3.5→3.63 Å / 冗長度: 5.7 % / Mean I/σ(I) obs: 1.76 / Num. unique obs: 983 / CC1/2: 0.576 / CC star: 0.855 / Rpim(I) all: 0.494 / Χ2: 0.94 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.1_4122精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6VHG

6vhg


解像度: 3.51→49.07 Å / SU ML: 0.4677 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 27.8639
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2469 475 5.29 %
Rwork0.2202 8510 -
obs0.2219 8985 89.98 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 62.98 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.51→49.07 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4545 0 64 0 4609
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00224716
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.64916398
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.044690
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0037850
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.18921777
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプRms dev position (Å)
ens_1d_2AX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.613484016783
ens_2d_2BX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS1.19940298501
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.51-4.010.31791130.2692194X-RAY DIFFRACTION69.91
4.01-5.060.24671810.19343135X-RAY DIFFRACTION100
5.06-49.070.21511810.22083181X-RAY DIFFRACTION99.79
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.2011411007-0.7333542240710.5101379359261.887444790151.252341014622.187637745960.3921386752380.461638708723-0.17783683928-0.259916999475-0.00891074780834-0.5480782828740.2650719539920.796576573651-0.3360963985210.4456889983410.5732465620910.1942942540980.3508625120010.135059178090.785798856588-13.832004960561.37586822321.10765941035
21.898022873680.171255877486-0.007444182534641.52327501617-0.07994295111371.032188357860.0897890430883-0.16614601849-0.1748683158720.0239930277675-0.0536944733369-0.02330074075880.3007679177190.013219665764-0.03255777211420.1300699708850.4391575662250.08331481437220.1340758619170.417396321260.771565025221-25.349099845267.36418348515.12698477064
30.585700236005-0.0848580320533-0.1766733802022.13597038311-1.553098336982.3245887824-0.0166878112914-0.150815230553-0.07191695149740.1790526279680.0394832685071-0.3467419824970.1299741387420.1813844532430.09827675306440.3280692854820.5245808659160.07433691601490.6626607081040.2700292889650.721686242114-10.828916180171.25646234017.00965549228
41.13350198026-0.3615180169380.4474127608082.400950839350.3389850976611.414237399240.0175838359829-0.323598133016-0.04292535139260.5834992974620.241086930774-0.067532723930.2926020486710.2661698744330.004091185902150.2781935808830.3375720240850.1677221332970.6160256082730.268053231760.613890290483-19.492104114673.375637474118.7149107347
51.944862679941.021098701870.8846478247634.387837473580.9797649495415.33775176235-0.22485935679-0.0735774253941-0.07992151136260.1990684991830.357647564019-0.528966383713-0.3557608138911.20117764829-0.03224370810570.2934122843430.189699779266-0.09213969437940.6650178584260.1539357329020.490516183977-12.489519445387.904754477319.9779491881
63.311747839321.77654597198-0.09465860398037.227318986730.8590293057147.90650944329-0.210410956466-0.3862652552710.6765895445740.5453941613540.1638989605960.406817101398-1.225612559710.663317860568-0.1126526084370.739425761880.0628640408751-0.1339289548580.690789871081-0.1661838821490.574310389644-15.833087574797.343682055826.6684260993
72.615890305930.5538568977821.423213118734.481081557811.459386865513.724129462750.119451244052-1.03895937729-0.3230279675231.457002538720.0934847828203-0.4474707301280.1427105739360.4962184513590.0142541875580.9020214379320.0966802843627-0.1952112885660.8808283020630.1606579101420.407167983333-15.884862280683.149305735.534799991
80.8764640005241.15716018782-0.07531927044542.387412238010.8313673540981.236670207590.102784748012-0.2940102976490.0573415879340.0318636552490.0771321642218-0.444003220558-0.3756643324150.713174018582-0.1911469478150.191560456784-0.492968290548-0.1234460965680.3487739007680.3088252889671.19508002887-17.5621290996104.8096907634.99534952733
91.223314708821.50941312245-0.8541611832932.38085467334-1.124473780622.73465238331-0.1321164896960.1633341403220.4450907937460.164549733479-0.05730660597390.0640952238151-0.4348162435080.0923904415178-0.05453448001130.27256307523-0.238366142212-0.0505825922840.3311982064210.1452965542830.698652694924-24.9291139462105.486326311.82006783672
100.3447701399430.507428807796-0.2540080033681.96565152204-1.052375891351.27220964985-0.04258221563050.196200056981-0.0107577160123-0.1297089173240.068541551502-0.505249749497-0.06776670513370.1871991760110.2055752564490.188238192048-0.560309478342-0.1251771866060.6547390638120.3733075539180.829061578903-10.818101046798.69632203050.301698438961
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133.29697147621-1.29129481158-0.8320482716794.96197175610.6790025914514.6508608675-0.1821372510460.598226384253-0.407721374577-0.9232460456220.0933520752152-0.3879230466990.4700321744460.7080387004190.2067188027580.452833997794-0.1638967524510.1790464071230.6715625033310.09592677050290.480494848353-14.063840314281.8359784857-19.0870638919
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 705 through 726 )AA705 - 7261 - 22
22chain 'A' and (resid 727 through 765 )AA727 - 76523 - 61
33chain 'A' and (resid 766 through 781 )AA766 - 78162 - 77
44chain 'A' and (resid 782 through 906 )AA782 - 90678 - 181
55chain 'A' and (resid 907 through 956 )AA907 - 956182 - 231
66chain 'A' and (resid 957 through 977 )AA957 - 977232 - 252
77chain 'A' and (resid 978 through 1012 )AA978 - 1012253 - 287
88chain 'B' and (resid 706 through 736 )BB706 - 7361 - 31
99chain 'B' and (resid 737 through 765 )BB737 - 76532 - 60
1010chain 'B' and (resid 766 through 781 )BB766 - 78161 - 76
1111chain 'B' and (resid 782 through 847 )BB782 - 84777 - 123
1212chain 'B' and (resid 848 through 906 )BB848 - 906124 - 182
1313chain 'B' and (resid 907 through 1012 )BB907 - 1012183 - 288

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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