PDB-7run: Crystal structure of phosphorylated RET tyrosine kinase domain co...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7run

タイトル

Crystal structure of phosphorylated RET tyrosine kinase domain complexed with a pyrrolo[2,3-d]pyrimidine inhibitor.

要素

Proto-oncogene tyrosine-protein kinase receptor Ret

キーワード

TRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / tyrosine-protein kinase / inhibitor / cell adhesion / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex

機能・相同性

機能・相同性情報

Peyer's patch morphogenesis / GDF15-GFRAL signaling pathway / positive regulation of metanephric glomerulus development / ureter maturation / embryonic epithelial tube formation / glial cell-derived neurotrophic factor receptor signaling pathway / lymphocyte migration into lymphoid organs / posterior midgut development / membrane protein proteolysis / Formation of the ureteric bud ...Peyer's patch morphogenesis / GDF15-GFRAL signaling pathway / positive regulation of metanephric glomerulus development / ureter maturation / embryonic epithelial tube formation / glial cell-derived neurotrophic factor receptor signaling pathway / lymphocyte migration into lymphoid organs / posterior midgut development / membrane protein proteolysis / Formation of the ureteric bud / positive regulation of neuron maturation / neuron cell-cell adhesion / Formation of the nephric duct / enteric nervous system development / plasma membrane protein complex / innervation / neuron maturation / positive regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / positive regulation of cell adhesion mediated by integrin / neural crest cell migration / ureteric bud development / regulation of axonogenesis / response to pain / homophilic cell adhesion via plasma membrane adhesion molecules / RET signaling / positive regulation of cell size / regulation of cell adhesion / cellular response to retinoic acid / transmembrane receptor protein tyrosine kinase activity / NPAS4 regulates expression of target genes / axon guidance / cell surface receptor protein tyrosine kinase signaling pathway / placental growth factor receptor activity / insulin receptor activity / vascular endothelial growth factor receptor activity / hepatocyte growth factor receptor activity / macrophage colony-stimulating factor receptor activity / platelet-derived growth factor alpha-receptor activity / platelet-derived growth factor beta-receptor activity / stem cell factor receptor activity / boss receptor activity / protein tyrosine kinase collagen receptor activity / brain-derived neurotrophic factor receptor activity / transmembrane-ephrin receptor activity / GPI-linked ephrin receptor activity / epidermal growth factor receptor activity / fibroblast growth factor receptor activity / insulin-like growth factor receptor activity / receptor protein-tyrosine kinase / positive regulation of neuron projection development / MAPK cascade / signaling receptor activity / retina development in camera-type eye / RAF/MAP kinase cascade / protein tyrosine kinase activity / early endosome / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / receptor complex / positive regulation of MAPK cascade / endosome membrane / positive regulation of cell migration / protein phosphorylation / response to xenobiotic stimulus / axon / neuronal cell body / dendrite / calcium ion binding / positive regulation of gene expression / positive regulation of DNA-templated transcription / signal transduction / ATP binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.51 Å

データ登録者

Lee, C.C. / Spraggon, G.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Acs Med.Chem.Lett. / 年: 2021
タイトル: Antitarget Selectivity and Tolerability of Novel Pyrrolo[2,3- d ]pyrimidine RET Inhibitors.
著者: Mathison, C.J.N. / Yang, Y. / Nelson, J. / Huang, Z. / Jiang, J. / Chianelli, D. / Rucker, P.V. / Roland, J. / Xie, Y.F. / Epple, R. / Bursulaya, B. / Lee, C. / Gao, M.Y. / Shaffer, J. / ...

履歴

登録	2021年8月17日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2022年1月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月18日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.2	2023年11月15日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2
改定 1.3	2024年11月6日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7run.cif.gz	296.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7run.ent.gz	200.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7run.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ru/7run ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ru/7run	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	6vhgS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6jzd-d 6ne7-d 6fek-d 5wim-d 2x2k-d 1pvv-d 4daw-d 7kia-1 3lcs-d 3roy-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#99 - 2008年3月カドヘリン (Cadherin) 類似性 (4) #148 - 2012年4月 Rasタンパク質 (Ras Protein) 類似性 (1) #43 - 2003年7月 Srcチロシンキナーゼ (Src Tyrosine Kinase) 類似性 (1) #60 - 2004年12月ユビキチン (Ubiquitin) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Proto-oncogene tyrosine-protein kinase receptor Ret

B: Proto-oncogene tyrosine-protein kinase receptor Ret

ヘテロ分子

78.3 kDa, 2 ポリマー
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1

A: Proto-oncogene tyrosine-protein kinase receptor Ret

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
39.1 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Proto-oncogene tyrosine-protein kinase receptor Ret

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
39.1 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	98.131, 98.131, 145.381
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	173
Space group name H-M	P6₃
Space group name Hall	P6c
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x-y,x,z+1/2 #3: y,-x+y,z+1/2 #4: -y,x-y,z #5: -x+y,-x,z #6: -x,-y,z+1/2

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
d_1	ens_1	(chain "A" and (resid 706 through 743 or (resid 744...
d_2	ens_1	(chain "B" and (resid 706 through 746 or (resid 747...
d_1	ens_2	chain "L"
d_2	ens_2	chain "M"

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Beg label comp-ID	End label comp-ID	Label asym-ID	Label seq-ID
d_1	1	ens_1	VAL	ARG	A	2 - 287
d_2	1	ens_1	VAL	VAL	B	1 - 117
d_2	2	ens_1	ARG	ARG	B	120 - 288
d_1	1	ens_2	LI1	LI1	E
d_2	1	ens_2	LI1	LI1	F

NCSアンサンブル:

ID
ens_1
ens_2

NCS oper:

ID	Code	Matrix	ベクター
1	given	(0.999990515882, 0.00376522335237, -0.00218888980608), (0.00376334339979, -0.999992546775, -0.00086234652247), (-0.00219212041906, 0.00085410079987, -0.999997232556)	-0.25544476947, 170.038122725, 7.30756932715
2	given	(0.997085797673, -0.068080367875, -0.0344234743847), (-0.0691646797805, -0.997112392412, -0.0313548077552), (-0.0321894260522, 0.0336443220843, -0.998915362001)	6.13730668849, 168.016606154, 3.3402342037

#1: タンパク質	Proto-oncogene tyrosine-protein kinase receptor Ret / Cadherin family member 12 / Proto-oncogene c-Ret 分子量: 38662.883 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RET, CDHF12, CDHR16, PTC, RET51 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: P07949, receptor protein-tyrosine kinase
#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物	ChemComp-7QU / 1-(4-{(1s,3s)-3-[4-amino-5-(3-amino-4-chlorophenyl)-7H-pyrrolo[2,3-d]pyrimidin-7-yl]cyclobutyl}piperazin-1-yl)ethan-1-one 分子量: 439.941 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₂H₂₆ClN₇O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.61 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.93 %
結晶化	温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6 / 詳細: 1.8M Ammonium sulfate, 0.1M sodium acetate pH 4.6

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.3 / 波長: 0.97648 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年1月16日
放射	モノクロメーター: Single crystal, cylindrically bent, Si(220) プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97648 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.5→50 Å / Num. obs: 10093 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 5.7 % / B_iso Wilson estimate: 59.68 Å² / CC_1/2: 0.996 / CC star: 0.999 / R_pim(I) all: 0.051 / R_rim(I) all: 0.166 / R_sym value: 0.127 / Χ²: 1.062 / Net I/σ(I): 13.1
反射シェル	解像度: 3.5→3.63 Å / 冗長度: 5.7 % / Mean I/σ(I) obs: 1.76 / Num. unique obs: 983 / CC_1/2: 0.576 / CC star: 0.855 / R_pim(I) all: 0.494 / Χ²: 0.94 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.19.1_4122	精密化
HKL-2000		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
REFMAC		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6VHG

6vhg

解像度: 3.51→49.07 Å / SU ML: 0.4677 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 27.8639
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2469	475	5.29 %
R_work	0.2202	8510	-
obs	0.2219	8985	89.98 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 62.98 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.51→49.07 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4545	0	64	0	4609

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0022	4716
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.6491	6398
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.044	690
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0037	850
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.1892	1777

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)
ens_1	d_2	A	X-RAY DIFFRACTION	Torsion NCS	0.613484016783
ens_2	d_2	B	X-RAY DIFFRACTION	Torsion NCS	1.19940298501

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
3.51-4.01	0.3179	113	0.269	2194	X-RAY DIFFRACTION	69.91
4.01-5.06	0.2467	181	0.1934	3135	X-RAY DIFFRACTION	100
5.06-49.07	0.2151	181	0.2208	3181	X-RAY DIFFRACTION	99.79

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.2011411007	-0.733354224071	0.510137935926	1.88744479015	1.25234101462	2.18763774596	0.392138675238	0.461638708723	-0.17783683928	-0.259916999475	-0.00891074780834	-0.548078282874	0.265071953992	0.796576573651	-0.336096398521	0.445688998341	0.573246562091	0.194294254098	0.350862512001	0.13505917809	0.785798856588	-13.8320049605	61.3758682232	1.10765941035
2	1.89802287368	0.171255877486	-0.00744418253464	1.52327501617	-0.0799429511137	1.03218835786	0.0897890430883	-0.16614601849	-0.174868315872	0.0239930277675	-0.0536944733369	-0.0233007407588	0.300767917719	0.013219665764	-0.0325577721142	0.130069970885	0.439157566225	0.0833148143722	0.134075861917	0.41739632126	0.771565025221	-25.3490998452	67.3641834851	5.12698477064
3	0.585700236005	-0.0848580320533	-0.176673380202	2.13597038311	-1.55309833698	2.3245887824	-0.0166878112914	-0.150815230553	-0.0719169514974	0.179052627968	0.0394832685071	-0.346741982497	0.129974138742	0.181384453243	0.0982767530644	0.328069285482	0.524580865916	0.0743369160149	0.662660708104	0.270029288965	0.721686242114	-10.8289161801	71.2564623401	7.00965549228
4	1.13350198026	-0.361518016938	0.447412760808	2.40095083935	0.338985097661	1.41423739924	0.0175838359829	-0.323598133016	-0.0429253513926	0.583499297462	0.241086930774	-0.06753272393	0.292602048671	0.266169874433	0.00409118590215	0.278193580883	0.337572024085	0.167722133297	0.616025608273	0.26805323176	0.613890290483	-19.4921041146	73.3756374741	18.7149107347
5	1.94486267994	1.02109870187	0.884647824763	4.38783747358	0.979764949541	5.33775176235	-0.22485935679	-0.0735774253941	-0.0799215113626	0.199068499183	0.357647564019	-0.528966383713	-0.355760813891	1.20117764829	-0.0322437081057	0.293412284343	0.189699779266	-0.0921396943794	0.665017858426	0.153935732902	0.490516183977	-12.4895194453	87.9047544773	19.9779491881
6	3.31174783932	1.77654597198	-0.0946586039803	7.22731898673	0.859029305714	7.90650944329	-0.210410956466	-0.386265255271	0.676589544574	0.545394161354	0.163898960596	0.406817101398	-1.22561255971	0.663317860568	-0.112652608437	0.73942576188	0.0628640408751	-0.133928954858	0.690789871081	-0.166183882149	0.574310389644	-15.8330875747	97.3436820558	26.6684260993
7	2.61589030593	0.553856897782	1.42321311873	4.48108155781	1.45938686551	3.72412946275	0.119451244052	-1.03895937729	-0.323027967523	1.45700253872	0.0934847828203	-0.447470730128	0.142710573936	0.496218451359	0.014254187558	0.902021437932	0.0966802843627	-0.195211288566	0.880828302063	0.160657910142	0.407167983333	-15.8848622806	83.1493057	35.534799991
8	0.876464000524	1.15716018782	-0.0753192704454	2.38741223801	0.831367354098	1.23667020759	0.102784748012	-0.294010297649	0.057341587934	0.031863655249	0.0771321642218	-0.444003220558	-0.375664332415	0.713174018582	-0.191146947815	0.191560456784	-0.492968290548	-0.123446096568	0.348773900768	0.308825288967	1.19508002887	-17.5621290996	104.809690763	4.99534952733
9	1.22331470882	1.50941312245	-0.854161183293	2.38085467334	-1.12447378062	2.73465238331	-0.132116489696	0.163334140322	0.445090793746	0.164549733479	-0.0573066059739	0.0640952238151	-0.434816243508	0.0923904415178	-0.0545344800113	0.27256307523	-0.238366142212	-0.050582592284	0.331198206421	0.145296554283	0.698652694924	-24.9291139462	105.48632631	1.82006783672
10	0.344770139943	0.507428807796	-0.254008003368	1.96565152204	-1.05237589135	1.27220964985	-0.0425822156305	0.196200056981	-0.0107577160123	-0.129708917324	0.068541551502	-0.505249749497	-0.0677667051337	0.187199176011	0.205575256449	0.188238192048	-0.560309478342	-0.125177186606	0.654739063812	0.373307553918	0.829061578903	-10.8181010467	98.6963220305	0.301698438961
11	0.755633862373	-0.55711425806	-1.16872475352	1.13513738534	0.433629207929	2.15733511117	-0.012483661954	0.316609693017	-0.0499888791007	-0.2264659723	0.101174866899	0.332334736885	-0.157875850674	-0.0560215615984	0.0632684103184	0.199573826024	-0.349529402826	-0.21912870365	0.432417320437	0.327755342324	0.854519031582	-25.7453736021	98.1794309325	-8.14405378041
12	2.381942845	0.0771686702337	-0.117962094026	4.38987562355	-0.205685799984	2.33956810311	-0.291135797538	0.351004788663	0.501745071805	-0.770850952474	0.228425677164	-0.356616023344	-0.303845604195	0.660277563266	-0.0284635279493	0.322695405948	-0.259859852085	0.00287020806927	0.717100001774	0.161790466417	0.561836503343	-14.8731086073	95.1572085818	-13.9031651888
13	3.29697147621	-1.29129481158	-0.832048271679	4.9619717561	0.679002591451	4.6508608675	-0.182137251046	0.598226384253	-0.407721374577	-0.923246045622	0.0933520752152	-0.387923046699	0.470032174446	0.708038700419	0.206718802758	0.452833997794	-0.163896752451	0.179046407123	0.671562503331	0.0959267705029	0.480494848353	-14.0638403142	81.8359784857	-19.0870638919

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 705 through 726 )	A	A	705 - 726	1 - 22
2	2	chain 'A' and (resid 727 through 765 )	A	A	727 - 765	23 - 61
3	3	chain 'A' and (resid 766 through 781 )	A	A	766 - 781	62 - 77
4	4	chain 'A' and (resid 782 through 906 )	A	A	782 - 906	78 - 181
5	5	chain 'A' and (resid 907 through 956 )	A	A	907 - 956	182 - 231
6	6	chain 'A' and (resid 957 through 977 )	A	A	957 - 977	232 - 252
7	7	chain 'A' and (resid 978 through 1012 )	A	A	978 - 1012	253 - 287
8	8	chain 'B' and (resid 706 through 736 )	B	B	706 - 736	1 - 31
9	9	chain 'B' and (resid 737 through 765 )	B	B	737 - 765	32 - 60
10	10	chain 'B' and (resid 766 through 781 )	B	B	766 - 781	61 - 76
11	11	chain 'B' and (resid 782 through 847 )	B	B	782 - 847	77 - 123
12	12	chain 'B' and (resid 848 through 906 )	B	B	848 - 906	124 - 182
13	13	chain 'B' and (resid 907 through 1012 )	B	B	907 - 1012	183 - 288

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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