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- PDB-7rum: Endolysin from Escherichia coli O157:H7 phage FTEbC1, LysT84 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7rum
タイトルEndolysin from Escherichia coli O157:H7 phage FTEbC1, LysT84
要素Endolysin
キーワードHYDROLASE / Endolysin / peptidoglycan hydrolase / bacteriophage
機能・相同性N-acetylmuramidase / N-acetylmuramidase / PGBD superfamily / Peptidoglycan binding-like / Putative peptidoglycan binding domain / PGBD-like superfamily / Endolysin
機能・相同性情報
生物種Salmonella phage GEC_vB_GOT (ファージ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.99 Å
データ登録者Love, M.J. / Billington, C. / Dobson, R.C.J.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Biochem.J. / 年: 2022
タイトル: The structure and function of modular Escherichia coli O157:H7 bacteriophage FTBEc1 endolysin, LysT84: defining a new endolysin catalytic subfamily.
著者: Love, M.J. / Coombes, D. / Ismail, S. / Billington, C. / Dobson, R.C.J.
履歴
登録2021年8月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年2月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.22024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Endolysin
B: Endolysin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,8836
ポリマ－62,5152
非ポリマー3684
水1,56787
1
A: Endolysin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,4423
ポリマ－31,2571
非ポリマー1842
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Endolysin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,4423
ポリマ－31,2571
非ポリマー1842
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)106.928, 106.928, 369.259
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number179
Space group name H-MP6522
Space group name HallP652(x,y,z+1/12)
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x-y,x,z+5/6
#3: y,-x+y,z+1/6
#4: -y,x-y,z+2/3
#5: -x+y,-x,z+1/3
#6: x-y,-y,-z
#7: -x,-x+y,-z+1/3
#8: -x,-y,z+1/2
#9: y,x,-z+2/3
#10: -y,-x,-z+1/6
#11: -x+y,y,-z+1/2
#12: x,x-y,-z+5/6
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-442-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1(chain "A" and ((resid 4 and (name N or name...
d_2ens_1(chain "B" and (resid 4 through 102 or (resid 103...

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg label comp-IDEnd label comp-IDLabel asym-IDLabel seq-ID
d_11ens_1LEUCYSA3 - 263
d_12ens_1GOLGOLB
d_13ens_1GOLGOLC
d_21ens_1LEUCYSD1 - 261
d_22ens_1GOLGOLE
d_23ens_1GOLGOLF

NCS oper: (Code: givenMatrix: (0.872399463877, -0.488645226443, -0.0120423461758), (-0.488789308071, -0.872230163196, -0.0173076493567), (-0.00204639733111, 0.0209853540746, -0.999777688875) ...NCS oper: (Code: given
Matrix: (0.872399463877, -0.488645226443, -0.0120423461758), (-0.488789308071, -0.872230163196, -0.0173076493567), (-0.00204639733111, 0.0209853540746, -0.999777688875)
ベクター: -13.7299008751, -53.3952271406, 30.5211066145)

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要素

#1: タンパク質 Endolysin


分子量: 31257.457 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Salmonella phage GEC_vB_GOT (ファージ)
遺伝子: GECvBGOT_gp079c / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A7S9SQH6
#2: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 87 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 5.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 76.89 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: Morpheus I condition F3: 0.12 M monosaccharides [0.2 M D-glucose; 0.2 M D-mannose; 0.2 M D-galactose; 0.2 M L-fucose; 0.2 M D-xylose; 0.2 M N-acetyl-D-glucosamine] 0.1 M buffer System 1 [1.0 ...詳細: Morpheus I condition F3: 0.12 M monosaccharides [0.2 M D-glucose; 0.2 M D-mannose; 0.2 M D-galactose; 0.2 M L-fucose; 0.2 M D-xylose; 0.2 M N-acetyl-D-glucosamine] 0.1 M buffer System 1 [1.0 M imidazole; MES monohydrate (acid) pH 6.5], 30% v/v Precipitant Mix 3 [40% v/v glycerol; 20% w/v PEG 4000

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9537 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年3月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.99→49.04 Å / Num. obs: 26401 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 18.5 % / CC1/2: 0.974 / Rmerge(I) obs: 0.521 / Rpim(I) all: 0.124 / Rrim(I) all: 0.535 / Net I/σ(I): 6.6 / Num. measured all: 487418 / Scaling rejects: 92
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / % possible all: 99.5

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs
2.99-3.1717.13.4037019841150.5540.8413.5091.1
8.97-49.04160.0921857311640.9710.0240.09519.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19-40精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5NM7

5nm7


解像度: 2.99→49.04 Å / SU ML: 0.3929 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.92 / 位相誤差: 25.8838
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2722 1333 5.07 %
Rwork0.2326 24967 -
obs0.2346 26300 99.91 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 62.27 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.99→49.04 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3982 0 24 87 4093
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00244078
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.51875489
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0362588
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0036715
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d4.8405572
Refine LS restraints NCSタイプ: Torsion NCS / Rms dev position: 0.837109117449 Å
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.99-3.10.36771460.32612374X-RAY DIFFRACTION99.17
3.1-3.220.35681210.2882444X-RAY DIFFRACTION99.96
3.22-3.370.31471190.27632464X-RAY DIFFRACTION100
3.37-3.550.31861400.26342424X-RAY DIFFRACTION100
3.55-3.770.2451220.21572468X-RAY DIFFRACTION100
3.77-4.060.22881320.20292466X-RAY DIFFRACTION100
4.06-4.470.2551270.18892506X-RAY DIFFRACTION100
4.47-5.110.22991300.20192519X-RAY DIFFRACTION100
5.11-6.440.26311370.25172557X-RAY DIFFRACTION100
6.44-49.040.27851590.23712745X-RAY DIFFRACTION99.93
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -23.3299402913 Å / Origin y: -22.4033130523 Å / Origin z: 15.3999379554 Å
111213212223313233
T0.492319157485 Å2-0.068743535923 Å20.0298864400155 Å2-0.374155485416 Å20.00644330453844 Å2--0.36059261656 Å2
L0.171165469785 °20.416683425279 °2-0.0877904786441 °2-1.60845690596 °2-0.186628853267 °2--0.283921935736 °2
S-0.0338100869412 Å °-0.0404568563684 Å °-0.0557299424043 Å °-0.279243822295 Å °-0.0535423901427 Å °-0.00106583896971 Å °0.120704026267 Å °-0.145946171837 Å °0.0713956668813 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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