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- PDB-7rtq: Sterol 14alpha demethylase (CYP51) from Naegleria fowleri in comp... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7rtq
タイトルSterol 14alpha demethylase (CYP51) from Naegleria fowleri in complex with an inhibitor R)-N-(1-(3,4'-difluorobiphenyl-4-yl)-2-(1H-imidazol-1-yl)ethyl)-4-(5-phenyl-1,3,4-oxadiazol-2-yl)benzamide
要素Protein CYP51
キーワードOXIDOREDUCTASE / CYTOCHROME P450 / CYP51 / sterol 14 alpha- demethylase
機能・相同性
機能・相同性情報


oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen / monooxygenase activity / iron ion binding / heme binding
類似検索 - 分子機能
: / Cytochrome P450, E-class, group IV / Cytochrome P450, conserved site / Cytochrome P450 cysteine heme-iron ligand signature. / Cytochrome P450 / Cytochrome P450 superfamily / Cytochrome P450
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-7PW / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / CYP51, sterol 14alpha-demethylase
類似検索 - 構成要素
生物種Naegleria fowleri (フォーラーネグレリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.11 Å
データ登録者Lepesheva, G.I. / Hargrove, T.Y. / Wawrzak, Z.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM067871 米国
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2021
タイトル: Relaxed Substrate Requirements of Sterol 14 alpha-Demethylase from Naegleria fowleri Are Accompanied by Resistance to Inhibition.
著者: Hargrove, T.Y. / Wawrzak, Z. / Rachakonda, G. / Nes, W.D. / Villalta, F. / Guengerich, F.P. / Lepesheva, G.I.
履歴
登録2021年8月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年11月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年1月19日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Protein CYP51
B: Protein CYP51
C: Protein CYP51
D: Protein CYP51
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)218,96812
ポリマ－214,2404
非ポリマー4,7288
水16,952941
1
A: Protein CYP51
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,7423
ポリマ－53,5601
非ポリマー1,1822
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Protein CYP51
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,7423
ポリマ－53,5601
非ポリマー1,1822
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Protein CYP51
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,7423
ポリマ－53,5601
非ポリマー1,1822
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: Protein CYP51
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,7423
ポリマ－53,5601
非ポリマー1,1822
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)75.062, 75.223, 105.953
Angle α, β, γ (deg.)89.490, 74.630, 63.980
Int Tables number1
Space group name H-MP1
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13A
23D
14B
24C
15B
25D
16C
26D

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: LYS / Beg label comp-ID: LYS / End auth comp-ID: LYS / End label comp-ID: LYS / Refine code: _ / Auth seq-ID: 35 - 483 / Label seq-ID: 10 - 458

Dom-IDEns-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
11AA
21BB
12AA
22CC
13AA
23DD
14BB
24CC
15BB
25DD
16CC
26DD

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6

-
要素

#1: タンパク質
Protein CYP51


分子量: 53559.992 Da / 分子数: 4 / 断片: 6 His tag added to the C-terminus / 変異: N33K, E34L / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Naegleria fowleri (フォーラーネグレリア)
遺伝子: NF0102700 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): HMS-174 / 参照: UniProt: A0A2H4A2U9
#2: 化合物
ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#3: 化合物
ChemComp-7PW / N-[(1R)-2-(1H-imidazol-1-yl)-1-(3,4',5-trifluoro[1,1'-biphenyl]-4-yl)ethyl]-4-(5-phenyl-1,3,4-oxadiazol-2-yl)benzamide


分子量: 565.545 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C32H22F3N5O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 941 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 47 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.34 mM n-Dodecyl-beta-D-maltoside, 5.54 mM TCEP, 15% PEG 3350 (w/v), 5% isopropanol , 0.1M HEPES

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97856 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2021年7月22日 / 詳細: Be lens
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97856 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.11→67.08 Å / Num. obs: 113996 / % possible obs: 96.8 % / 冗長度: 3.3 % / Biso Wilson estimate: 23.3 Å2 / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.073 / Rpim(I) all: 0.073 / Rrim(I) all: 0.099 / Net I/σ(I): 8.6
反射 シェル解像度: 2.11→2.2 Å / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.414 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Num. unique obs: 16740 / CC1/2: 0.778 / Rpim(I) all: 0.339 / Rrim(I) all: 0.613 / % possible all: 97

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
MOSFLMデータ削減
Aimlessデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3g1q

3g1q


解像度: 2.11→64.63 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.93 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.916 / SU B: 13.738 / SU ML: 0.155 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.2 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2373 5725 5.2 %RANDOM
Rwork0.2113 ---
obs0.2127 105350 96.81 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 126.85 Å2 / Biso mean: 28.549 Å2 / Biso min: 8.16 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.14 Å2-0.03 Å20.08 Å2
2--0.1 Å20.02 Å2
3---0.01 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.11→64.63 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数14468 0 508 941 15917
Biso mean--18.75 35.45 -
残基数----1796
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.01315356
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0170.01714708
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4491.7120780
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.521.61333956
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.16351792
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.05121.458768
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.707152784
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.15415112
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.070.21908
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0140.0216884
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.020.023500
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr3.916330064
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A151760.03
12B151760.03
21A151580.03
22C151580.03
31A151740.03
32D151740.03
41B151850.03
42C151850.03
51B151720.04
52D151720.04
61C151650.04
62D151650.04
LS精密化 シェル解像度: 2.11→2.165 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.329 423 -
Rwork0.311 7826 -
all-8249 -
obs--97.08 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.48090.0107-0.09270.4747-0.15490.3792-0.00860.0265-0.07170.00270.066-0.00630.0398-0.0584-0.05740.0884-0.0267-0.02370.020.00720.030721.423228.998121.918
20.47190.0659-0.01360.41130.24680.34770.01340.0194-0.02940.0330.02380.01520.05130.0016-0.03720.0554-0.0088-0.03230.00430.00740.028518.1961-10.95849.3642
30.52270.16720.06410.39930.1780.4065-0.03080.05770.04720.00590.05450.0256-0.06650.0542-0.02370.0724-0.0203-0.03890.01620.01230.04348.5779-45.364170.8529
40.3875-0.025-0.11260.5422-0.10510.41370.01590.02470.00090.06880.0372-0.0492-0.08690.0142-0.05320.0803-0.0193-0.03230.01360.00430.04040.0339-0.08810.3363
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A35 - 502
2X-RAY DIFFRACTION2B35 - 502
3X-RAY DIFFRACTION3C35 - 502
4X-RAY DIFFRACTION4D35 - 502

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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