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- PDB-7rt9: Crystal structures of human PYY and NPY -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7rt9
タイトルCrystal structures of human PYY and NPY
要素
  • 4A3B2-A Fab heavy chain
  • 4A3B2-A Fab light chain
  • Peptide YY
キーワードHORMONE/IMMUNE SYSTEM / peptide hormone C-terminal amidation helix antibody / HORMONE / HORMONE-IMMUNE SYSTEM complex
機能・相同性
機能・相同性情報


neuropeptide Y receptor binding / intestinal epithelial cell differentiation / neuropeptide hormone activity / feeding behavior / neuropeptide signaling pathway / Peptide ligand-binding receptors / G protein-coupled receptor binding / hormone activity / G alpha (i) signalling events / extracellular space / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Pancreatic hormone-like / Pancreatic hormone-like, conserved site / Pancreatic hormone peptide / Pancreatic hormone family signature. / Pancreatic hormone family profile. / Pancreatic hormones / neuropeptide F / peptide YY family / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Langley, D.B. / Christ, D.
資金援助 オーストラリア, 1件
組織認可番号国
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia) オーストラリア
引用ジャーナル: Neuropeptides / 年: 2022
タイトル: Crystal structures of human neuropeptide Y (NPY) and peptide YY (PYY).
著者: Langley, D.B. / Schofield, P. / Jackson, J. / Herzog, H. / Christ, D.
履歴
登録2021年8月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年3月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年4月3日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.22024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 4A3B2-A Fab heavy chain
B: 4A3B2-A Fab light chain
C: 4A3B2-A Fab heavy chain
D: 4A3B2-A Fab light chain
Y: Peptide YY
Z: Peptide YY
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)103,9148
ポリマ－103,7296
非ポリマー1842
水10,196566
1
A: 4A3B2-A Fab heavy chain
B: 4A3B2-A Fab light chain
Y: Peptide YY
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,0495
ポリマ－51,8653
非ポリマー1842
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4440 Å2
ΔGint-29 kcal/mol
Surface area20420 Å2
手法PISA
2
C: 4A3B2-A Fab heavy chain
D: 4A3B2-A Fab light chain
Z: Peptide YY


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,8653
ポリマ－51,8653
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4410 Å2
ΔGint-28 kcal/mol
Surface area20780 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)76.980, 103.300, 138.350
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: 抗体 4A3B2-A Fab heavy chain


分子量: 23954.686 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体 4A3B2-A Fab light chain


分子量: 23595.240 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: タンパク質・ペプチド Peptide YY / PYY / PYY-I / Peptide tyrosine tyrosine


分子量: 4314.795 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P10082
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 566 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.55 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.7 % / 解説: Rods
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.65
詳細: Fab-PYY (~5.5 mg/mL with respect to Fab, 2.4:1 molar ratio of PYY:Fab, in 25 mM Tris (pH 7.5), 100 mM NaCl) was mixed with an equal volume (2 uL) of well solution comprising 200 mM citrate ...詳細: Fab-PYY (~5.5 mg/mL with respect to Fab, 2.4:1 molar ratio of PYY:Fab, in 25 mM Tris (pH 7.5), 100 mM NaCl) was mixed with an equal volume (2 uL) of well solution comprising 200 mM citrate (pH 6.65) and 13% (w/v) PEG1500.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9537 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年12月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→42.11 Å / Num. obs: 87134 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 6.6 % / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.12 / Rpim(I) all: 0.05 / Rrim(I) all: 0.13 / Net I/σ(I): 8.8 / Num. measured all: 571023 / Scaling rejects: 92
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / % possible all: 98.3

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs
1.9-1.935.80.52493843370.8620.2180.5482.2
10.23-42.116.40.0441846530.9990.0160.04417

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation5.61 Å42.11 Å
Translation5.61 Å42.11 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.8.0258精密化
MOSFLMデータ削減
Aimless0.5.17データスケーリング
PHASER2.5.7位相決定
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: generic Fab

解像度: 1.9→42.11 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.953 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.937 / WRfactor Rfree: 0.2058 / WRfactor Rwork: 0.1732 / FOM work R set: 0.8546 / SU B: 3.148 / SU ML: 0.09 / SU R Cruickshank DPI: 0.1299 / SU Rfree: 0.1232 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.13 / ESU R Free: 0.123 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2125 4393 5 %RANDOM
Rwork0.1793 ---
obs0.1809 82663 99.48 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 69.33 Å2 / Biso mean: 21.313 Å2 / Biso min: 8.65 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.87 Å20 Å20 Å2
2--0.66 Å20 Å2
3----1.54 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.9→42.11 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6836 0 14 566 7416
Biso mean--33.01 28.24 -
残基数----907
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0137033
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0176092
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6571.6469599
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.4161.56714143
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.8125899
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.62922.508319
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.628151005
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.1351531
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0720.2928
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.027982
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021491
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.949 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.271 311 -
Rwork0.239 5989 -
all-6300 -
obs--98.36 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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