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データを開く
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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7rt9 | ||||||
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タイトル | Crystal structures of human PYY and NPY | ||||||
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![]() | HORMONE/IMMUNE SYSTEM / peptide hormone C-terminal amidation helix antibody / ![]() | ||||||
機能・相同性 | ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Langley, D.B. / Christ, D. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Crystal structures of human neuropeptide Y (NPY) and peptide YY (PYY). 著者: Langley, D.B. / Schofield, P. / Jackson, J. / Herzog, H. / Christ, D. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 196.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 152.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: 抗体 | 分子量: 23954.686 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() #2: 抗体 | 分子量: 23595.240 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() #3: タンパク質・ペプチド | ![]() 分子量: 4314.795 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) ![]() ![]() #4: 化合物 | ![]() #5: 水 | ChemComp-HOH / | ![]() 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.55 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.7 % / 解説: Rods |
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結晶化![]() | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.65 詳細: Fab-PYY (~5.5 mg/mL with respect to Fab, 2.4:1 molar ratio of PYY:Fab, in 25 mM Tris (pH 7.5), 100 mM NaCl) was mixed with an equal volume (2 uL) of well solution comprising 200 mM citrate ...詳細: Fab-PYY (~5.5 mg/mL with respect to Fab, 2.4:1 molar ratio of PYY:Fab, in 25 mM Tris (pH 7.5), 100 mM NaCl) was mixed with an equal volume (2 uL) of well solution comprising 200 mM citrate (pH 6.65) and 13% (w/v) PEG1500. |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年12月1日 | |||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長![]() | |||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.9→42.11 Å / Num. obs: 87134 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 6.6 % / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.12 / Rpim(I) all: 0.05 / Rrim(I) all: 0.13 / Net I/σ(I): 8.8 / Num. measured all: 571023 / Scaling rejects: 92 | |||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1 / % possible all: 98.3
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-位相決定
位相決定![]() | 手法: ![]() | |||||||||
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Phasing MR | Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法![]() ![]() 開始モデル: generic Fab 解像度: 1.9→42.11 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.953 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.937 / WRfactor Rfree: 0.2058 / WRfactor Rwork: 0.1732 / FOM work R set: 0.8546 / SU B: 3.148 / SU ML: 0.09 / SU R Cruickshank DPI: 0.1299 / SU Rfree: 0.1232 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.13 / ESU R Free: 0.123 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 69.33 Å2 / Biso mean: 21.313 Å2 / Biso min: 8.65 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.9→42.11 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.9→1.949 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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