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- PDB-7rsv: Structure of the VPS34 kinase domain with compound 5 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7rsv
タイトルStructure of the VPS34 kinase domain with compound 5
要素Phosphatidylinositol 3-kinase catalytic subunit type 3
キーワードTRANSFERASE/TRANSFERASE inhibitor / VPS34 inhibitor / endosomal trafficking / authophagy / ONCOPROTEIN / TRANSFERASE-TRANSFERASE inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Toll Like Receptor 9 (TLR9) Cascade / postsynaptic endosome / Synthesis of PIPs at the late endosome membrane / phosphatidylinositol 3-kinase complex, class III / Synthesis of PIPs at the early endosome membrane / phosphatidylinositol 3-kinase complex, class III, type II / phosphatidylinositol 3-kinase complex, class III, type I / presynaptic endosome / positive regulation of protein lipidation / host-mediated activation of viral genome replication ...Toll Like Receptor 9 (TLR9) Cascade / postsynaptic endosome / Synthesis of PIPs at the late endosome membrane / phosphatidylinositol 3-kinase complex, class III / Synthesis of PIPs at the early endosome membrane / phosphatidylinositol 3-kinase complex, class III, type II / phosphatidylinositol 3-kinase complex, class III, type I / presynaptic endosome / positive regulation of protein lipidation / host-mediated activation of viral genome replication / Synthesis of PIPs at the Golgi membrane / phosphatidylinositol kinase activity / protein localization to phagophore assembly site / protein targeting to lysosome / early endosome to late endosome transport / pexophagy / phagophore assembly site / Translation of Replicase and Assembly of the Replication Transcription Complex / phosphatidylinositol-3-phosphate biosynthetic process / phosphatidylinositol 3-kinase / 1-phosphatidylinositol-3-kinase activity / Macroautophagy / phosphatidylinositol-mediated signaling / phosphatidylinositol phosphate biosynthetic process / autolysosome / synaptic vesicle endocytosis / PI3K Cascade / axoneme / autophagosome assembly / RHO GTPases Activate NADPH Oxidases / autophagosome maturation / regulation of macroautophagy / cellular response to glucose starvation / autophagosome / regulation of cytokinesis / GABA-ergic synapse / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / macroautophagy / autophagy / phagocytic vesicle membrane / endocytosis / late endosome / peroxisome / Translation of Replicase and Assembly of the Replication Transcription Complex / midbody / protein kinase activity / endosome / regulation of autophagy / cell division / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / glutamatergic synapse / ATP binding / membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Phosphatidylinositol 3-kinase, Vps34 type / C2 phosphatidylinositol 3-kinase-type domain / Phosphoinositide 3-kinase C2 / C2 phosphatidylinositol 3-kinase (PI3K)-type domain profile. / Phosphoinositide 3-kinase, region postulated to contain C2 domain / Phosphoinositide 3-kinase family, accessory domain (PIK domain) / Phosphoinositide 3-kinase family, accessory domain (PIK domain) / Phosphoinositide 3-kinase, accessory (PIK) domain superfamily / Phosphoinositide 3-kinase, accessory (PIK) domain / Phosphatidylinositol kinase ...Phosphatidylinositol 3-kinase, Vps34 type / C2 phosphatidylinositol 3-kinase-type domain / Phosphoinositide 3-kinase C2 / C2 phosphatidylinositol 3-kinase (PI3K)-type domain profile. / Phosphoinositide 3-kinase, region postulated to contain C2 domain / Phosphoinositide 3-kinase family, accessory domain (PIK domain) / Phosphoinositide 3-kinase family, accessory domain (PIK domain) / Phosphoinositide 3-kinase, accessory (PIK) domain superfamily / Phosphoinositide 3-kinase, accessory (PIK) domain / Phosphatidylinositol kinase / PIK helical domain profile. / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinases signature 1. / Phosphatidylinositol 3/4-kinase, conserved site / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinases signature 2. / Phosphatidylinositol 3-/4-kinase, catalytic domain superfamily / Phosphoinositide 3-kinase, catalytic domain / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinase / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinases catalytic domain profile. / Phosphatidylinositol 3-/4-kinase, catalytic domain / C2 domain superfamily / Armadillo-type fold / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-7IQ / Phosphatidylinositol 3-kinase catalytic subunit type 3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.78 Å
データ登録者Hu, D.X. / Patel, S. / Chen, H. / Wang, S. / Staben, S. / Dimitrova, Y.N. / Wallweber, H.A. / Lee, J.Y. / Chan, G.K.Y. / Sneeringer, C.J. ...Hu, D.X. / Patel, S. / Chen, H. / Wang, S. / Staben, S. / Dimitrova, Y.N. / Wallweber, H.A. / Lee, J.Y. / Chan, G.K.Y. / Sneeringer, C.J. / Prangley, M.S. / Moffat, J.G. / Wu, C. / Schutt, L.K. / Salphati, L. / Pang, J. / McNamara, E. / Huang, H. / Chen, Y. / Wang, Y. / Zhao, W. / Lim, J. / Murthy, A. / Siu, M.
資金援助1件
組織認可番号国
Other private
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2022
タイトル: Structure-Based Design of Potent, Selective, and Orally Bioavailable VPS34 Kinase Inhibitors.
著者: Hu, D.X. / Patel, S. / Chen, H. / Wang, S. / Staben, S.T. / Dimitrova, Y.N. / Wallweber, H.A. / Lee, J.Y. / Chan, G.K.Y. / Sneeringer, C.J. / Prangley, M.S. / Moffat, J.G. / Wu, K.C. / ...著者: Hu, D.X. / Patel, S. / Chen, H. / Wang, S. / Staben, S.T. / Dimitrova, Y.N. / Wallweber, H.A. / Lee, J.Y. / Chan, G.K.Y. / Sneeringer, C.J. / Prangley, M.S. / Moffat, J.G. / Wu, K.C. / Schutt, L.K. / Salphati, L. / Pang, J. / McNamara, E. / Huang, H. / Chen, Y. / Wang, Y. / Zhao, W. / Lim, J. / Murthy, A. / Siu, M.
履歴
登録2021年8月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年11月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年9月14日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year
改定 1.22024年4月3日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Phosphatidylinositol 3-kinase catalytic subunit type 3
B: Phosphatidylinositol 3-kinase catalytic subunit type 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)141,09612
ポリマ－140,1522
非ポリマー94410
水15,061836
1
A: Phosphatidylinositol 3-kinase catalytic subunit type 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,6288
ポリマ－70,0761
非ポリマー5527
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Phosphatidylinositol 3-kinase catalytic subunit type 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,4674
ポリマ－70,0761
非ポリマー3913
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)64.706, 119.027, 91.287
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 108.950, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質 Phosphatidylinositol 3-kinase catalytic subunit type 3 / PI3-kinase type 3 / PI3K type 3 / PtdIns-3-kinase type 3 / Phosphatidylinositol 3-kinase p100 ...PI3-kinase type 3 / PI3K type 3 / PtdIns-3-kinase type 3 / Phosphatidylinositol 3-kinase p100 subunit / Phosphoinositide-3-kinase class 3 / hVps34


分子量: 70075.930 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PIK3C3, VPS34 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8NEB9, phosphatidylinositol 3-kinase
#2: 化合物 ChemComp-7IQ / (5aS,8aR,9S)-2-[(3R)-3-methylmorpholin-4-yl]-5,5a,6,7,8,8a-hexahydro-4H-cyclopenta[e]pyrazolo[1,5-a]pyrazin-4-one


分子量: 276.334 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H20N4O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 836 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.15 %
結晶化温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.2M Potassium/Sodium tartrate 0.1M Bis-Tris propane pH7.5, 20% PEG3350 0.7% v/v 1-butanol

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.1 / 波長: 0.97946 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年1月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97946 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.34→39.68 Å / Num. obs: 238821 / % possible obs: 69.2 % / 冗長度: 3.3 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.074 / Rpim(I) all: 0.048 / Rrim(I) all: 0.088 / Net I/σ(I): 6.7
反射 シェル解像度: 1.34→1.36 Å / 冗長度: 1.9 % / Rmerge(I) obs: 9.9 / Num. unique obs: 594 / CC1/2: 0.042 / Rpim(I) all: 23.86 / Rrim(I) all: 34.198 / % possible all: 4.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.15.2_3472精密化
Aimless0.7.4データスケーリング
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSBUILT=20190315データ削減
PHASER2.8.3位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: apo

解像度: 1.78→34.502 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.71 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2143 2363 1 %
Rwork0.1794 236458 -
obs0.1797 238821 96.71 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 156.54 Å2 / Biso mean: 34.5956 Å2 / Biso min: 20.47 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.78→34.502 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8520 0 71 844 9435
Biso mean--36.94 44.41 -
残基数----1063
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.78-1.81630.28961420.28961401198
1.8163-1.85580.29231380.28221410497
1.8558-1.8990.29491470.26791368495
1.899-1.94650.28891220.25871255687
1.9465-1.99910.30351330.24081410398
1.9991-2.05790.27741400.22731416499
2.0579-2.12430.2771480.20691426899
2.1243-2.20020.22591410.19941401298
2.2002-2.28830.22081440.19271386496
2.2883-2.39240.19651360.18231310491
2.3924-2.51850.20941400.17781425199
2.5185-2.67630.21631440.18151423899
2.6763-2.88280.2171470.18231418299
2.8828-3.17280.23281290.17811347594
3.1728-3.63140.19311340.1631433199
3.6314-4.57350.18891430.13811390497
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 8.7642 Å / Origin y: -22.9118 Å / Origin z: 7.3062 Å
111213212223313233
T0.2599 Å20.0083 Å20.0172 Å2-0.2592 Å20.0062 Å2--0.2875 Å2
L0.1147 °20.0451 °20.2363 °2--0.0039 °20.0948 °2--0.4685 °2
S0.0221 Å °-0.002 Å °-0.0361 Å °-0.0048 Å °0.0099 Å °-0.0004 Å °-0.0021 Å °-0.0096 Å °-0.0001 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA287 - 871
2X-RAY DIFFRACTION1allA901
3X-RAY DIFFRACTION1allZ2 - 3
4X-RAY DIFFRACTION1allB282 - 871
5X-RAY DIFFRACTION1allB901
6X-RAY DIFFRACTION1allX2
7X-RAY DIFFRACTION1allM1 - 876
8X-RAY DIFFRACTION1allC1 - 5

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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