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- PDB-7rsk: The crystal structure from microfluidic crystals of glycosyl hydr... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7rsk
タイトルThe crystal structure from microfluidic crystals of glycosyl hydrolase family 2 (GH2) member from Bacteroides cellulosilyticus
要素Glycosyl hydrolase family 2, sugar binding domain protein
キーワードHYDROLASE / mycrofluidic / droplet crystals / Structural Genomics / Midwest Center for Structural Genomics / PSI-Biology / MCSG
機能・相同性
機能・相同性情報


hydrolase activity, hydrolyzing O-glycosyl compounds / carbohydrate metabolic process
類似検索 - 分子機能
Glycoside hydrolase family 2, domain 5 / Glycoside hydrolase family 2 C-terminal domain 5 / Domain of unknown function DUF4982 / Domain of unknown function (DUF4982) / : / Glycoside hydrolase, family 2, active site / Glycosyl hydrolases family 2 acid/base catalyst. / Glycoside hydrolase, family 2 / Glycosyl hydrolases family 2, sugar binding domain / Glycoside hydrolase family 2, catalytic domain ...Glycoside hydrolase family 2, domain 5 / Glycoside hydrolase family 2 C-terminal domain 5 / Domain of unknown function DUF4982 / Domain of unknown function (DUF4982) / : / Glycoside hydrolase, family 2, active site / Glycosyl hydrolases family 2 acid/base catalyst. / Glycoside hydrolase, family 2 / Glycosyl hydrolases family 2, sugar binding domain / Glycoside hydrolase family 2, catalytic domain / Glycosyl hydrolases family 2, sugar binding domain / Glycosyl hydrolases family 2, TIM barrel domain / Glycoside hydrolase, family 2, immunoglobulin-like beta-sandwich / Glycosyl hydrolases family 2 / Beta-Galactosidase/glucuronidase domain superfamily / Galactose-binding domain-like / Galactose-binding-like domain superfamily / Glycosidases / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / Glycoside hydrolase superfamily / Jelly Rolls / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Glycosyl hydrolase family 2, sugar binding domain protein
類似検索 - 構成要素
生物種Bacteroides cellulosilyticus DSM 14838 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Kim, Y. / Nocek, B. / Endres, M. / Joachimiak, G. / Johnson, J. / Babnigg, G. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS) 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: The crystal structure from microfluidic crystals of glycosyl hydrolase family 2 (GH2) member from Bacteroides cellulosilyticus
著者: Kim, Y. / Nocek, B. / Endres, M. / Joachimiak, G. / Johnson, J. / Babnigg, G. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
履歴
登録2021年8月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年8月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.22023年11月15日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2
改定 1.32024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glycosyl hydrolase family 2, sugar binding domain protein
B: Glycosyl hydrolase family 2, sugar binding domain protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)176,0332
ポリマ－176,0332
非ポリマー00
水3,675204
1
A: Glycosyl hydrolase family 2, sugar binding domain protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)88,0161
ポリマ－88,0161
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Glycosyl hydrolase family 2, sugar binding domain protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)88,0161
ポリマ－88,0161
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)58.228, 231.147, 67.558
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 109.018, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

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要素

#1: 抗体 Glycosyl hydrolase family 2, sugar binding domain protein


分子量: 88016.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacteroides cellulosilyticus DSM 14838 (バクテリア)
遺伝子: BACCELL_00063 / プラスミド: pMCSG68 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Gold / 参照: UniProt: E2N721
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 204 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.87 %
結晶化温度: 289 K / 手法: microfluidic / pH: 8 / 詳細: 0.2 M potassium chloride and 20% (w/v) PEG3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97918 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年8月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→50 Å / Num. obs: 57327 / % possible obs: 87.3 % / 冗長度: 3.9 % / Biso Wilson estimate: 35.76 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.165 / Net I/σ(I): 8.9
反射 シェル解像度: 2.4→2.44 Å / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.858 / Mean I/σ(I) obs: 1.75 / Num. unique obs: 2796 / CC1/2: 0.447 / % possible all: 84.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19_4092精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
HKL-3000位相決定
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDBID 6B6L

6b6l


解像度: 2.4→39.86 Å / SU ML: 0.244 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.43 / 位相誤差: 22.6485
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2204 2685 4.94 %
Rwork0.1831 51664 -
obs0.1849 54349 82.8 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 40.73 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→39.86 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12302 0 0 204 12506
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.001612604
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.482417134
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04371860
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0032218
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.37874522
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.4-2.440.35221110.27571856X-RAY DIFFRACTION56.83
2.44-2.490.30911190.27512047X-RAY DIFFRACTION63.35
2.49-2.540.31681110.26612332X-RAY DIFFRACTION69.96
2.54-2.60.31951240.25982466X-RAY DIFFRACTION75.64
2.6-2.660.30321540.25292599X-RAY DIFFRACTION80.05
2.66-2.720.2961380.24932681X-RAY DIFFRACTION81.71
2.72-2.80.26481400.24782804X-RAY DIFFRACTION85.16
2.8-2.880.26441510.24282802X-RAY DIFFRACTION86.5
2.88-2.970.28991640.22952777X-RAY DIFFRACTION85.59
2.97-3.080.2771580.21672838X-RAY DIFFRACTION85.53
3.08-3.20.2351450.21932843X-RAY DIFFRACTION86.58
3.2-3.350.25771540.20322805X-RAY DIFFRACTION86.29
3.35-3.520.20871220.18452874X-RAY DIFFRACTION86.89
3.52-3.740.20581310.1622868X-RAY DIFFRACTION87.13
3.74-4.030.17971510.1552886X-RAY DIFFRACTION87.55
4.03-4.440.17041580.14312965X-RAY DIFFRACTION90.1
4.44-5.080.1741520.13223014X-RAY DIFFRACTION91.66
5.08-6.390.18181630.15573113X-RAY DIFFRACTION94.27
6.4-39.860.16541390.14513094X-RAY DIFFRACTION92.56
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.184313864350.2787211073150.1748199075251.324168383940.1177503842461.599166545040.0120644574557-0.126878632971-0.3063927202750.0481762187256-0.00668814338816-0.1209233080340.445751542220.06586857733670.0162341470430.2653470050150.05601313378930.07377011729960.2375985313820.0602608118610.2250523533365.34265511358-42.577708911732.5667426376
20.3903931944860.0814672938879-0.1144552124150.471620388834-0.1460456141931.02383281953-0.0441761766770.00113015348791-0.0105077191936-0.0127721786740.006364171168160.08443098476530.0433203669104-0.0605336840210.03647109456210.153435270459-0.01963444567010.002339978203290.229767682982-0.003386181000130.186486077079-3.78384128429-20.73583084719.3772374209
30.5989547218640.0746939021429-0.3329144634081.064460102560.03588946058231.231764603620.004259634893310.01186390011430.19615226805-0.2297377403290.01652715173890.114286981856-0.3385642458980.0141671601668-0.01957633582530.335758839434-0.0201498483419-0.09060458839060.2062982999320.03524147467090.35824110739.6264853041944.552239978815.0222775355
40.568057653028-0.02067746005190.02694386576471.296083727420.08997604595420.712782180653-0.0804310056695-0.0541084420810.03388652187370.08193831589690.0711070817199-0.0865728580742-0.1038453566620.1399923164740.001860722477660.1895855116-0.0321439938985-0.04067576263470.2011332218390.009842387398390.26993122330920.84532827828.379187331323.637852591
50.5578432112620.317855236518-0.08584753330381.474806988060.3918321384680.857040593747-0.1023141661540.1159263178020.0801676137291-0.2476344446920.0933768051151-0.0283756405257-0.1154375081360.07415682779080.01773738900290.250623826658-0.0461099360106-0.04078931310240.2345215137480.04737057362080.27351934630716.823024369911.04617390730.537799644845
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 25 through 274 )AA25 - 2741 - 250
22chain 'A' and (resid 275 through 799 )AA275 - 799251 - 775
33chain 'B' and (resid 25 through 274 )BB25 - 2741 - 250
44chain 'B' and (resid 275 through 514 )BB275 - 514251 - 490
55chain 'B' and (resid 515 through 799 )BB515 - 799491 - 775

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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