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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7rr4 | ||||||
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タイトル | Structure of Deep-Sea Phage NrS-1 Primase-Polymerase N300 in complex with magnesium and pyrophosphate | ||||||
![]() | Primase | ||||||
![]() | REPLICATION / primpol / denovo / polymerase / nrspol | ||||||
機能・相同性 | ![]() viral DNA genome replication / helicase activity / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの / transferase activity / DNA helicase / DNA replication / DNA-directed DNA polymerase / hydrolase activity / ATP binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Wang, L. / Yu, C. / Sliz, P. | ||||||
資金援助 | 1件
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![]() | ![]() タイトル: Molecular Dissection of the Primase and Polymerase Activities of Deep-Sea Phage NrS-1 Primase-Polymerase 著者: Huang, F. / Lu, X. / Yu, C. / Sliz, P. / Wang, L. / Zhu, B. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 84.9 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 50.1 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 7rr3S S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 32549.818 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 発現宿主: ![]() ![]() | ||||||
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#2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-PPV / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.66 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.71 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.5 詳細: 800 mM sodium phosphate monobasic, 1200 mM potassium phosphate dibasic, and 100 mM sodium acetate (pH 4.5) |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年10月1日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.979 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.86→51.34 Å / Num. obs: 26979 / % possible obs: 98.29 % / 冗長度: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 38.66 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.09634 / Net I/σ(I): 12.8 |
反射 シェル | 解像度: 1.86→1.93 Å / Rmerge(I) obs: 1.175 / Num. unique obs: 2708 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 7RR3 解像度: 1.86→51.34 Å / SU ML: 0.2667 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 29.6638 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 48.09 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.86→51.34 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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